More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1504 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1504  transcriptional regulator PhoU  100 
 
 		 236 aa  481  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.682781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3165  transcriptional regulator PhoU  96.61 
 
 		 236 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2742  transcriptional regulator PhoU  94.49 
 
 		 236 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.498773  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2581  transcriptional regulator PhoU  88.94 
 
 		 236 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2815  transcriptional regulator PhoU  88.89 
 
 		 236 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1541  transcriptional regulator PhoU  88.89 
 
 		 236 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.756719  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1536  transcriptional regulator PhoU  88.89 
 
 		 236 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.726746  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1569  transcriptional regulator PhoU  88.89 
 
 		 236 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.289815  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2557  transcriptional regulator PhoU  89.32 
 
 		 236 aa  434  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.183587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2624  transcriptional regulator PhoU  89.32 
 
 		 236 aa  434  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0192004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2731  transcriptional regulator PhoU  89.32 
 
 		 236 aa  434  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1437  transcriptional regulator PhoU  88.46 
 
 		 236 aa  434  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1726  transcriptional regulator PhoU  88.46 
 
 		 236 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1360  transcriptional regulator PhoU  89.61 
 
 		 231 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.465651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1701  transcriptional regulator PhoU  88.79 
 
 		 233 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1411  transcriptional regulator PhoU  84.32 
 
 		 236 aa  418  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.816456  normal  0.0228624 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4167  transcriptional regulator PhoU  62.98 
 
 		 240 aa  316  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4588  transcriptional regulator PhoU  63.36 
 
 		 243 aa  316  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4193  transcriptional regulator PhoU  62.98 
 
 		 240 aa  316  2e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.149526  hitchhiker  0.00684322 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4141  transcriptional regulator PhoU  62.5 
 
 		 241 aa  315  5e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4134  transcriptional regulator PhoU  62.07 
 
 		 241 aa  314  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.116669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4184  transcriptional regulator PhoU  62.07 
 
 		 241 aa  314  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.727294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4078  transcriptional regulator PhoU  62.07 
 
 		 241 aa  314  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4062  transcriptional regulator PhoU  62.07 
 
 		 241 aa  314  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4241  transcriptional regulator PhoU  62.07 
 
 		 241 aa  314  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.468604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4267  transcriptional regulator PhoU  62.93 
 
 		 243 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0016  transcriptional regulator PhoU  62.13 
 
 		 244 aa  311  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.417309  normal  0.132936 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4235  transcriptional regulator PhoU  63.2 
 
 		 238 aa  311  6.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03608  negative regulator of PhoR/PhoB two-component regulator  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4243  phosphate uptake regulator, PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4270  transcriptional regulator PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5153  transcriptional regulator PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.543817 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4204  transcriptional regulator PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03552  hypothetical protein  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4088  transcriptional regulator PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3939  transcriptional regulator PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4235  transcriptional regulator PhoU  61.64 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4003  transcriptional regulator PhoU  61.7 
 
 		 244 aa  308  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4212  transcriptional regulator PhoU  61.97 
 
 		 242 aa  306  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2451  transcriptional regulator PhoU  62.72 
 
 		 232 aa  304  7e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.509556  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004377  phosphate transport system regulatory protein PhoU  63.23 
 
 		 232 aa  299  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.174299  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01034  transcriptional regulator PhoU  61.84 
 
 		 232 aa  298  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0261  transcriptional regulator PhoU  62.33 
 
 		 236 aa  296  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.303362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3639  transcriptional regulator PhoU  58.01 
 
 		 233 aa  295  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.910146  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0092  phosphate uptake regulator, PhoU  49.36 
 
 		 246 aa  248  6e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1138  phosphate uptake regulator, PhoU  50 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.342387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2395  phosphate transporter PhoU  53.04 
 
 		 237 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0183  phosphate uptake regulator, PhoU  50.65 
 
 		 242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2448  phosphate transport system protein PhoU  51.95 
 
 		 242 aa  238  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.71201  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2649  phosphate uptake regulator, PhoU  48.73 
 
 		 241 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.436885  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0953  phosphate uptake regulator, PhoU  48.48 
 
 		 240 aa  238  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.627486  normal  0.0660647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6144  phosphate transporter PhoU  49.78 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70800  phosphate uptake regulatory protein PhoU  48.92 
 
 		 242 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.611464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0149  phosphate uptake regulator, PhoU  49.14 
 
 		 256 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0130  phosphate uptake regulator, PhoU  47.81 
 
 		 235 aa  231  6e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5037  hypothetical protein  49.13 
 
 		 253 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.638399  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5483  phosphate transport system protein PhoU  49.57 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48560  phosphate transport system regulatory protein PhoU  51.57 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5325  phosphate transporter PhoU  49.78 
 
 		 256 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0100793 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5233  phosphate uptake regulator, PhoU  49.78 
 
 		 256 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5372  phosphate uptake regulator, PhoU  49.78 
 
 		 256 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5611  phosphate uptake regulator, PhoU  48.48 
 
 		 253 aa  227  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.401976  normal  0.199229 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0025  phosphate uptake regulator, PhoU  47.83 
 
 		 233 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0435  phosphate uptake regulator, PhoU  48 
 
 		 235 aa  224  9e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1440  phosphate transport system protein PhoU  49.36 
 
 		 237 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1157  phosphate uptake regulator, PhoU  49.36 
 
 		 237 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.724725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3751  phosphate uptake regulator, PhoU  45.53 
 
 		 239 aa  219  3.9999999999999997e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.444301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2405  phosphate uptake regulator, PhoU  46.15 
 
 		 239 aa  218  7.999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03148  phosphate transport system regulatory protein PhoU  44.87 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1533  phosphate transporter PhoU  47.86 
 
 		 235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2163  phosphate uptake regulator, PhoU  48.7 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125702  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3314  phosphate uptake regulator, PhoU  45.89 
 
 		 233 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00113393  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4413  phosphate uptake regulator, PhoU  45.41 
 
 		 236 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2181  phosphate uptake regulator PhoU  47.64 
 
 		 234 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3264  phosphate uptake regulator, PhoU  45.99 
 
 		 239 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2630  phosphate uptake regulator, PhoU  47.14 
 
 		 233 aa  211  5.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608204  normal  0.109033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2202  phosphate uptake regulator, PhoU  47.14 
 
 		 234 aa  211  9e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.246879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2022  phosphate uptake regulator, PhoU  45.3 
 
 		 237 aa  210  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1270  phosphate uptake regulator, PhoU  46.05 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482464  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2315  phosphate uptake regulator, PhoU  45.73 
 
 		 233 aa  210  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3625  phosphate uptake regulator, PhoU  48.89 
 
 		 240 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3566  phosphate uptake regulator, PhoU  46.43 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1714  phosphate uptake regulator, PhoU  44.87 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0605857  normal  0.609426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0579  phosphate uptake regulator, PhoU  47.64 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2854  phosphate uptake regulator, PhoU  46.49 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2256  phosphate uptake regulator, PhoU  46.26 
 
 		 233 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0952502  normal  0.407318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1276  phosphate uptake regulator, PhoU  46.09 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1658  phosphate uptake regulator, PhoU  47.16 
 
 		 235 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.764338 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2769  phosphate transport system regulatory protein PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.338608  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0886  phosphate uptake regulator, PhoU  45.18 
 
 		 234 aa  202  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.257388  normal  0.0383148 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2810  phosphate uptake regulator, PhoU  45.45 
 
 		 234 aa  203  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0823  phosphate uptake regulator, PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1275  phosphate uptake regulator, PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1289  phosphate uptake regulator, PhoU  46.52 
 
 		 233 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.498595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1304  phosphate uptake regulator, PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537167  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2368  phosphate uptake regulator, PhoU  44.78 
 
 		 233 aa  202  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1193  phosphate uptake regulator, PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.132592  normal  0.461227 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1181  phosphate uptake regulator, PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.449533  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1622  phosphate transport system regulatory protein PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  201  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1489  phosphate transport system regulatory protein PhoU  45.49 
 
 		 234 aa  201  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>