More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1168 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1367  chorismate mutase/prephenate dehydratase  68.69 
 
 		 671 aa  947    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1220  chorismate mutase  67.96 
 
 		 664 aa  924    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950276  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1264  chorismate mutase  68.52 
 
 		 664 aa  930    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.728983  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1263  chorismate mutase  84.14 
 
 		 662 aa  1133    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1177  chorismate mutase  68.92 
 
 		 659 aa  930    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3093  chorismate mutase  68.37 
 
 		 664 aa  935    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1059  chorismate mutase  74.45 
 
 		 657 aa  996    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.850871  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1168  chorismate mutase  100 
 
 		 662 aa  1360    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2747  chorismate mutase  62.04 
 
 		 662 aa  813    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1297  chorismate mutase  67.92 
 
 		 664 aa  929    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2828  prephenate dehydratase / chorismate mutase  68.05 
 
 		 667 aa  931    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2910  prephenate dehydratase / chorismate mutase  68.35 
 
 		 667 aa  934    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2913  chorismate mutase  66.27 
 
 		 648 aa  890    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1072  chorismate mutase  73.26 
 
 		 654 aa  986    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3007  chorismate mutase / prephenate dehydratase  68.5 
 
 		 667 aa  932    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0898  prephenate dehydratase / chorismate mutase / phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  66.27 
 
 		 659 aa  897    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.983271 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1221  chorismate mutase/prephenate dehydratase  59.34 
 
 		 391 aa  484  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02488  fused chorismate mutase P/prephenate dehydratase  55.7 
 
 		 386 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.610433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1075  chorismate mutase  55.7 
 
 		 386 aa  443  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2986  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.7 
 
 		 386 aa  442  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000154451  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3838  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.7 
 
 		 386 aa  443  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000574807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02452  hypothetical protein  55.7 
 
 		 386 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.699641  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.25 
 
 		 396 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2756  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.7 
 
 		 386 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  8.8068e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2883  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.7 
 
 		 386 aa  442  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0920297  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1084  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.7 
 
 		 386 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165593  hitchhiker  0.00000412255 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.81 
 
 		 386 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.28 
 
 		 393 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2751  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.44 
 
 		 386 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000608431  normal  0.0711319 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0661  P-protein (includes: chorismate mutase and prephenate dehydratase)  54.07 
 
 		 391 aa  441  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.54 
 
 		 386 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  57.89 
 
 		 393 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.64 
 
 		 393 aa  430  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  55.04 
 
 		 392 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  54.07 
 
 		 399 aa  425  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.06 
 
 		 386 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.34961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.06 
 
 		 386 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.151676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2811  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.06 
 
 		 386 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2861  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.06 
 
 		 386 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0154655 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  52.85 
 
 		 391 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2994  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.81 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3218  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.84 
 
 		 385 aa  419  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.631051  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3482  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.84 
 
 		 385 aa  419  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.335091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3355  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.84 
 
 		 385 aa  418  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.4 
 
 		 392 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.76 
 
 		 385 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0365  chorismate mutase / prephenate dehydratase  47.38 
 
 		 385 aa  385  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0036667  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  35.79 
 
 		 384 aa  281  2e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  32.09 
 
 		 358 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.35 
 
 		 358 aa  195  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.09 
 
 		 358 aa  195  2e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 379 aa  192  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  33.16 
 
 		 359 aa  187  7e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2375  chorismate mutase  28.61 
 
 		 378 aa  187  7e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0741  chorismate mutase  31.99 
 
 		 360 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2793  chorismate mutase  30.87 
 
 		 360 aa  186  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163655 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  32.71 
 
 		 359 aa  184  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1792  chorismate mutase / prephenate dehydratase  30.93 
 
 		 360 aa  184  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027177 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10160  monofunctional chorismate mutase, clade 2  30.73 
 
 		 403 aa  183  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000617885  hitchhiker  0.000000765088 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  31.69 
 
 		 359 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  31.43 
 
 		 359 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  31 
 
 		 382 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3006  chorismate mutase  32.53 
 
 		 360 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.224868  normal  0.0525817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  32.53 
 
 		 360 aa  178  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  28.88 
 
 		 356 aa  177  7e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0783  prephenate dehydratase  31.13 
 
 		 380 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0961  chorismate mutase  30.95 
 
 		 374 aa  176  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  31.64 
 
 		 387 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3724  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  34.49 
 
 		 632 aa  176  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2885  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0432  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0950  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2997  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.99 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0198  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2948  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.457884  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2575  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.28 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  30.91 
 
 		 356 aa  172  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  30.36 
 
 		 358 aa  169  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3487  prephenate dehydratase  29.57 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  33.45 
 
 		 288 aa  167  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  29.65 
 
 		 371 aa  168  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2608  chorismate mutase/prephenate dehydratase  30.91 
 
 		 358 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  29.65 
 
 		 371 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1569  chorismate mutase  35.13 
 
 		 360 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.203479  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1207  chorismate mutase  31.4 
 
 		 371 aa  166  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.196084  normal  0.0297935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3121  chorismate mutase  29.53 
 
 		 365 aa  166  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0293375 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  31.99 
 
 		 377 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  29.26 
 
 		 355 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  35.97 
 
 		 298 aa  166  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1617  chorismate mutase  31.1 
 
 		 373 aa  165  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  34.28 
 
 		 285 aa  165  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  31.54 
 
 		 279 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2241  prephenate dehydratase / chorismate mutase  30.87 
 
 		 370 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  29.32 
 
 		 355 aa  164  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  33.7 
 
 		 293 aa  163  8.000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2809  prephenate dehydratase  31.55 
 
 		 372 aa  163  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2583  prephenate dehydratase  31.22 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  29.27 
 
 		 371 aa  162  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3282  chorismate mutase  30.4 
 
 		 366 aa  162  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0668525  normal  0.62913 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>