94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1034 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1034  PPE repeat-containing protein  100 
 
 
886 aa  1811    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.313591  normal  0.411811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0505  PPE repeat-containing protein  42.02 
 
 
891 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0966  hypothetical protein  42.48 
 
 
709 aa  539  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000682742  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1811  hypothetical protein  43.32 
 
 
661 aa  528  1e-148  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.032061  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1970  hypothetical protein  41.54 
 
 
734 aa  503  1e-141  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0728  hypothetical protein  41.96 
 
 
667 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0879674  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13263  hypothetical protein  36.44 
 
 
1093 aa  353  7e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.970861  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05520  hypothetical protein  32.84 
 
 
742 aa  348  3e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4197  peptidase domain protein  36.19 
 
 
1063 aa  317  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000751128  normal  0.547659 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0798  proprotein convertase, P  34.42 
 
 
886 aa  299  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1586  hypothetical protein  31.66 
 
 
852 aa  292  2e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4153  hypothetical protein  33.33 
 
 
863 aa  207  8e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0157419  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0359  peptidase M12B ADAM/reprolysin  27.41 
 
 
1008 aa  113  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.199443  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0358  peptidase M12B ADAM/reprolysin  24.29 
 
 
783 aa  81.6  0.00000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.556061  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  39.87 
 
 
4848 aa  80.9  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  44.55 
 
 
2816 aa  76.3  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  37.31 
 
 
1597 aa  72  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  32.7 
 
 
2522 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  35.71 
 
 
892 aa  69.3  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  47.31 
 
 
2114 aa  68.6  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0357  hypothetical protein  23.36 
 
 
998 aa  68.2  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.525924  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0223  fibronectin, type III  30.31 
 
 
1911 aa  67.4  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  35.67 
 
 
3544 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.99 
 
 
3699 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  34.02 
 
 
3699 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  32.99 
 
 
2503 aa  66.2  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  38.24 
 
 
3474 aa  65.5  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  39.82 
 
 
3816 aa  64.3  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  32.08 
 
 
4978 aa  63.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.53 
 
 
994 aa  61.6  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  35.29 
 
 
721 aa  61.2  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  31.54 
 
 
3191 aa  61.6  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  31.2 
 
 
3089 aa  61.6  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004053  hypothetical protein  30.81 
 
 
994 aa  60.1  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000445976  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.02 
 
 
3363 aa  59.7  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  35.82 
 
 
3477 aa  59.7  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3550  fibronectin, type III domain-containing protein  40 
 
 
2476 aa  59.7  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0359  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  40 
 
 
846 aa  58.5  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.59 
 
 
850 aa  58.2  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.82 
 
 
761 aa  56.6  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  30.58 
 
 
1269 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  42.57 
 
 
1367 aa  56.2  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2554  proprotein convertase, P  38.57 
 
 
1363 aa  56.2  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1102  ATPase  35.61 
 
 
2848 aa  55.5  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.456945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  34.48 
 
 
1215 aa  54.7  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2085  cysteine-rich repeat protein  32.39 
 
 
715 aa  54.7  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.164104  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  34.48 
 
 
1215 aa  54.7  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0798  hypothetical protein  35.34 
 
 
1538 aa  54.3  0.000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  36.19 
 
 
1268 aa  53.9  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.71 
 
 
2346 aa  53.5  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  30.88 
 
 
1269 aa  53.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2599  hypothetical protein  39.44 
 
 
1061 aa  53.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0018117  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  34.41 
 
 
2768 aa  53.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  32.43 
 
 
2839 aa  52.4  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  36.43 
 
 
1502 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0528  peptidase M11, gametolysin  32.32 
 
 
653 aa  52  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1048  hypothetical protein  36.84 
 
 
1126 aa  52  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00227105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3224  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.74 
 
 
369 aa  52  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1642  peptidase M11, gametolysin  43.33 
 
 
1022 aa  52  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3369  hypothetical protein  42.62 
 
 
722 aa  51.6  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2246  VCBS  34.31 
 
 
5769 aa  51.6  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  32.22 
 
 
5745 aa  51.2  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0577  outer membrane adhesin like proteiin  30.11 
 
 
2074 aa  51.2  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144033 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1330  Fibronectin type III domain protein  38.78 
 
 
2056 aa  50.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000696723 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02378  hypothetical protein  30.66 
 
 
814 aa  50.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0054  hypothetical protein  29.41 
 
 
2353 aa  49.7  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3150  lipoprotein  42.86 
 
 
2670 aa  49.7  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3174  dystroglycan-type cadherin domain-containing protein  31.25 
 
 
2715 aa  49.3  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  37.78 
 
 
8321 aa  49.7  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1773  peptidase M11 gametolysin  35.21 
 
 
1027 aa  49.7  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0237  hypothetical protein  30.5 
 
 
1006 aa  49.3  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0211048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3858  hypothetical protein  37.93 
 
 
539 aa  49.3  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.997252  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1890  integrin, beta chain-like  37.5 
 
 
663 aa  48.5  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  30.57 
 
 
2767 aa  48.9  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5260  hypothetical protein  39.33 
 
 
1879 aa  48.5  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  37.14 
 
 
1066 aa  48.1  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  36.46 
 
 
1394 aa  48.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  33.61 
 
 
2807 aa  47.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6410  hypothetical protein  36.46 
 
 
1781 aa  47.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.885103  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  36.21 
 
 
2153 aa  47.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0115  putative hemagglutinin-related protein  34.45 
 
 
1672 aa  46.6  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.44 
 
 
4122 aa  45.8  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  38.96 
 
 
1752 aa  45.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3503  hypothetical protein  36.08 
 
 
653 aa  45.8  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3783  outer membrane adhesin like proteiin  29.86 
 
 
1215 aa  45.4  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2716  hypothetical protein  43.04 
 
 
516 aa  45.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3660  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.86 
 
 
1215 aa  45.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1286  fibronectin, type III domain-containing protein  35.79 
 
 
2051 aa  45.4  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  38.96 
 
 
16322 aa  45.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.03 
 
 
1884 aa  45.1  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  26.98 
 
 
1512 aa  45.1  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5368  outer membrane adhesin like protein  27.44 
 
 
3927 aa  44.7  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  39.71 
 
 
1712 aa  44.3  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2342  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.64 
 
 
2812 aa  44.3  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000136287 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>