More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0859 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  70.29 
 
 		 454 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  69.4 
 
 		 461 aa  656    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  70.51 
 
 		 454 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0740  L-serine dehydratase 1  80.22 
 
 		 455 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  69.62 
 
 		 454 aa  658    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  69.62 
 
 		 454 aa  655    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  69.4 
 
 		 454 aa  654    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  68.51 
 
 		 454 aa  643    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  70.73 
 
 		 454 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  70.07 
 
 		 454 aa  660    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  70.29 
 
 		 454 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  68.35 
 
 		 453 aa  658    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0772  L-serine dehydratase 1  78.41 
 
 		 455 aa  751    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  68.29 
 
 		 453 aa  642    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  70.29 
 
 		 454 aa  662    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0859  L-serine ammonia-lyase  100 
 
 		 455 aa  938    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  70.07 
 
 		 454 aa  660    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  67.69 
 
 		 453 aa  651    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  68.57 
 
 		 453 aa  662    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  70.73 
 
 		 454 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  68.13 
 
 		 453 aa  651    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  70.04 
 
 		 464 aa  659    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  69.62 
 
 		 454 aa  655    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  68.07 
 
 		 454 aa  638    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0864  L-serine dehydratase 1  88.35 
 
 		 455 aa  848    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  65.85 
 
 		 453 aa  632  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  65.78 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  65.78 
 
 		 455 aa  629  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  65.78 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  66.81 
 
 		 454 aa  630  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3250  L-serine dehydratase 1  65.56 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.648772  normal  0.619841 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  65.78 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  65.78 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  65.78 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  66.59 
 
 		 455 aa  624  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  65.78 
 
 		 455 aa  625  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  65.56 
 
 		 455 aa  626  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  65.56 
 
 		 455 aa  626  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  66.52 
 
 		 454 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3179  L-serine ammonia-lyase  65.78 
 
 		 455 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.434034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  66.67 
 
 		 456 aa  617  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3131  L-serine ammonia-lyase  65.78 
 
 		 455 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  66.3 
 
 		 454 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3114  L-serine ammonia-lyase  65.78 
 
 		 455 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.6475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3194  L-serine ammonia-lyase  65.78 
 
 		 455 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  66.52 
 
 		 454 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1629  L-serine dehydratase 1  67.11 
 
 		 455 aa  615  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.815804  hitchhiker  0.00237889 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3294  L-serine ammonia-lyase  65.78 
 
 		 455 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.437484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  66.08 
 
 		 454 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  66.08 
 
 		 454 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  65.49 
 
 		 456 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  65.49 
 
 		 454 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  65.49 
 
 		 454 aa  611  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  65.34 
 
 		 456 aa  608  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  65.49 
 
 		 454 aa  609  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  65.49 
 
 		 454 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  65.49 
 
 		 454 aa  609  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  65.49 
 
 		 454 aa  611  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0591  L-serine dehydratase 1  65.27 
 
 		 454 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  65.27 
 
 		 456 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  54.8 
 
 		 458 aa  502  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  54.07 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  53.85 
 
 		 458 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  53.85 
 
 		 458 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  53.85 
 
 		 458 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3256  L-serine dehydratase 1  54.89 
 
 		 456 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  54.27 
 
 		 457 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  54.17 
 
 		 458 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  53.85 
 
 		 458 aa  491  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  54.17 
 
 		 458 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  54.17 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  54.17 
 
 		 458 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  54.17 
 
 		 458 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  53.41 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  53.63 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  53.19 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  53.96 
 
 		 468 aa  484  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  53.29 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  53.17 
 
 		 457 aa  484  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  52.85 
 
 		 458 aa  482  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  54.08 
 
 		 476 aa  481  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  53.61 
 
 		 458 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  53.17 
 
 		 460 aa  478  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  52.99 
 
 		 456 aa  476  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  54.41 
 
 		 470 aa  471  1e-132  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000749  L-serine dehydratase  53.42 
 
 		 456 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360037  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  53.52 
 
 		 458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  53.73 
 
 		 469 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  52.32 
 
 		 457 aa  471  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  50.64 
 
 		 475 aa  469  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  50.99 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  52.18 
 
 		 463 aa  467  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  52.18 
 
 		 462 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04817  L-serine deaminase  52.98 
 
 		 456 aa  464  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>