More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0759 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0759  30S ribosomal protein S18  100 
 
 
75 aa  155  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  hitchhiker  0.000000223269 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4210  30S ribosomal protein S18  100 
 
 
75 aa  155  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.882361  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3584  30S ribosomal protein S18  100 
 
 
75 aa  155  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.173791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  98.67 
 
 
75 aa  153  7e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  0.0000000101296 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3641  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000922351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3928  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0743  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000702658  hitchhiker  0.000126667 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000506389  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3258  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000185776  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0689  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00223713  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  97.33 
 
 
75 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0517  30S ribosomal protein S18  96 
 
 
75 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.370813  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  96 
 
 
75 aa  150  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3349  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  149  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000024458  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3421  ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  148  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04069  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3791  ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00509801  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4789  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0963003  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4735  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3811  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0521651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4811  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0274683  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4753  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0729519  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0373  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0319671  normal  0.0301658 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3590  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.307968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5717  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.375297  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4672  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.998059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3433  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00939921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4661  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.13301  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0796  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000510602  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4763  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4671  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00669693  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4446  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0776  30S ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000892175  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04031  hypothetical protein  94.67 
 
 
75 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0572  ribosomal protein S18  94.67 
 
 
75 aa  145  2.0000000000000003e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.504032  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0682  30S ribosomal protein S18  93.33 
 
 
75 aa  144  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3782  30S ribosomal protein S18  93.33 
 
 
75 aa  144  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3637  30S ribosomal protein S18  93.33 
 
 
75 aa  144  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0448  30S ribosomal protein S18  93.33 
 
 
75 aa  144  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435788 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1436  30S ribosomal protein S18  92 
 
 
75 aa  142  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00709518  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0584  30S ribosomal protein S18  83.78 
 
 
74 aa  134  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.501506  hitchhiker  6.40936e-16 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0656  30S ribosomal protein S18  82.43 
 
 
74 aa  131  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1338  30S ribosomal protein S18  78.67 
 
 
76 aa  127  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0621321  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1031  30S ribosomal protein S18  78.67 
 
 
76 aa  127  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1363  ribosomal protein S18  80 
 
 
75 aa  126  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.143055  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  79.73 
 
 
74 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1641  30S ribosomal protein S18  77.33 
 
 
75 aa  125  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0283547  normal  0.0346788 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2588  30S ribosomal protein S18  72.97 
 
 
76 aa  123  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.752864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00745  30S ribosomal protein S18  71.62 
 
 
76 aa  122  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.613411  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2037  ribosomal protein S18  70.67 
 
 
76 aa  118  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.166902  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1934  ribosomal protein S18  71.62 
 
 
74 aa  117  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.250727  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2051  30S ribosomal protein S18  67.57 
 
 
76 aa  117  7e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.255921  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2132  30S ribosomal protein S18  67.57 
 
 
76 aa  117  7e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157171  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1549  30S ribosomal protein S18  70.67 
 
 
75 aa  116  9e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1434  30S ribosomal protein S18  70.67 
 
 
75 aa  116  9e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2779  30S ribosomal protein S18  89.33 
 
 
75 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000612799  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0417  ribosomal protein S18  90.77 
 
 
75 aa  115  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002334  SSU ribosomal protein S18p  88 
 
 
75 aa  115  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.134261  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00021  30S ribosomal protein S18  88 
 
 
75 aa  115  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03777  30S ribosomal protein S18  87.1 
 
 
75 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3667  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  113  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0312817  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1949  30S ribosomal protein S18  68.57 
 
 
94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.879875  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2103  30S ribosomal protein S18  70 
 
 
95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.499514  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2764  30S ribosomal protein S18  86.89 
 
 
75 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1086  30S ribosomal protein S18  70.42 
 
 
73 aa  110  5e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000857615  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0928  30S ribosomal protein S18  70.42 
 
 
73 aa  110  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0375041  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1328  30S ribosomal protein S18  65.33 
 
 
75 aa  110  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.52927  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0913  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.317596 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0004  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0418254  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2250  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.231321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1402  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27665  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1402  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.494221  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2414  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.398519  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1895  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00156223  hitchhiker  0.0000000574659 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5172  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1781  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.708911  normal  0.881884 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2289  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189033  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2181  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6207  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1809  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.356271  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1166  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329961  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1893  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.910904  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1872  30S ribosomal protein S18  69.01 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.582114  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1218  SSU ribosomal protein S18P  67.61 
 
 
91 aa  107  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.386116 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2004  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
92 aa  107  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1977  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
92 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.402888  normal  0.0959108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0221  ribosomal protein S18  81.97 
 
 
74 aa  107  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1184  30S ribosomal protein S18  66.2 
 
 
95 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0394823  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1309  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
92 aa  105  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5729  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
92 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237828  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2454  30S ribosomal protein S18  66.2 
 
 
91 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0427357  normal  0.323715 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3745  30S ribosomal protein S18  77.42 
 
 
75 aa  106  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00458678  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3214  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
93 aa  106  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1245  30S ribosomal protein S18  66.2 
 
 
95 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0202382  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2567  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
93 aa  106  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1528  30S ribosomal protein S18  64.79 
 
 
96 aa  105  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0286405  normal  0.130689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1820  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 
93 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.179313  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2195  30S ribosomal protein S18  63.38 
 
 
94 aa  104  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00559271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>