98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0688 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0505  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  72.67 
 
 		 452 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3604  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  68.64 
 
 		 469 aa  676    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.357303  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2363  cytochrome c552  68.69 
 
 		 477 aa  642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000178461  hitchhiker  0.000909202 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0688  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  100 
 
 		 464 aa  974    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1228  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  72.71 
 
 		 469 aa  736    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0609624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3036  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  69.71 
 
 		 469 aa  676    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306753  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0622  cytochrome c552  44.1 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0658  cytochrome c552  41.87 
 
 		 473 aa  382  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.034848  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4536  cytochrome c552  44.18 
 
 		 478 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.490866  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4620  cytochrome c552  44.4 
 
 		 478 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.597684  normal  0.388303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4622  cytochrome c552  44.4 
 
 		 478 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3363  cytochrome c552  41.63 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.328864  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0659  cytochrome c552  41.63 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000892238  normal  0.264438 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4529  cytochrome c552  44.18 
 
 		 478 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.895576 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4671  cytochrome c552  44.18 
 
 		 478 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2735  cytochrome c552  42.61 
 
 		 472 aa  381  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2432  cytochrome c552  41.99 
 
 		 477 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0844  cytochrome c552  42.32 
 
 		 466 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000415815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0648  cytochrome c552  41.06 
 
 		 467 aa  375  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0169797  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3922  formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3957  cytochrome c552  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4532  cytochrome c552  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4591  cytochrome c552  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03902  hypothetical protein  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4626  cytochrome c552  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4315  cytochrome c552  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03942  nitrite reductase, formate-dependent, cytochrome  42.83 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5575  cytochrome c552  42.83 
 
 		 478 aa  372  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0931  cytochrome c552  41.77 
 
 		 466 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0972  cytochrome c552  41.48 
 
 		 466 aa  364  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3711  cytochrome c552  41.04 
 
 		 467 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000131094  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3652  cytochrome c552  40.82 
 
 		 467 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00563536  hitchhiker  0.0000468517 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3834  cytochrome c552  40.82 
 
 		 467 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  normal  0.0322806 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0794  cytochrome c552  40.6 
 
 		 467 aa  358  8e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00711776  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0685  cytochrome c552  40.22 
 
 		 467 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000162376  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3980  cytochrome c552  40.74 
 
 		 467 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2812  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  41.8 
 
 		 466 aa  352  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1997  cytochrome c552  39.87 
 
 		 478 aa  348  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02727  cytochrome c552  40.13 
 
 		 469 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0831  cytochrome c552  41.46 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.01441  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003114  cytochrome c552 precursor  39.92 
 
 		 475 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1820  cytochrome c552  36.62 
 
 		 498 aa  296  4e-79  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1101  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  34.67 
 
 		 488 aa  287  2.9999999999999996e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3744  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.73 
 
 		 573 aa  278  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0707  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  35.02 
 
 		 515 aa  270  4e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000210974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3653  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.21 
 
 		 517 aa  261  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3631  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.51 
 
 		 480 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000140973  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1521  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.74 
 
 		 416 aa  190  5.999999999999999e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0701  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.01 
 
 		 427 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0529  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.34 
 
 		 401 aa  182  2e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4234  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.23 
 
 		 434 aa  179  9e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2385  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.71 
 
 		 524 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1490  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.21 
 
 		 529 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2097  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.47 
 
 		 520 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.397309  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0964  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.77 
 
 		 515 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.142807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2333  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.32 
 
 		 524 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114103 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0081  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.7 
 
 		 527 aa  161  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.304883  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0910  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  32.96 
 
 		 490 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1374  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.96 
 
 		 536 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0960  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.39 
 
 		 490 aa  156  9e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.230878  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0963  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.39 
 
 		 490 aa  156  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0955  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.53 
 
 		 489 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2586  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.34 
 
 		 445 aa  141  3e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00414644  normal  0.0377964 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4608  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.49 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2150  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.71 
 
 		 492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2866  cytochrome c nitrite reductase  28 
 
 		 478 aa  134  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1359  cytochrome c552  24.3 
 
 		 610 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1296  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.47 
 
 		 483 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000757773 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1546  cytochrome c552  24.9 
 
 		 610 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.421407  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0341  cytochrome c552  24.75 
 
 		 610 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0605023  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2070  cytochrome c552  27.82 
 
 		 492 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1980  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.62 
 
 		 476 aa  129  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.439301 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2929  cytochrome c552  27.95 
 
 		 483 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1024  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA  24.05 
 
 		 605 aa  123  7e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.140418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0211  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.43 
 
 		 483 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000324038  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0665  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.37 
 
 		 484 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00225794  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1892  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26.21 
 
 		 469 aa  118  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000066915  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3705  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.34 
 
 		 513 aa  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08100  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  26.99 
 
 		 485 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.158297  hitchhiker  0.0000000773325 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1244  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  25.33 
 
 		 607 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0296  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  27.29 
 
 		 485 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000171973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1042  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  25.22 
 
 		 482 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0722076  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2902  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  28.39 
 
 		 556 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0151335  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2987  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.39 
 
 		 557 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.1283  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3154  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA, putative  27.81 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3092  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.08 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0129  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  23.86 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13420  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  26.93 
 
 		 476 aa  107  6e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2946  cytochrome c family protein  24.83 
 
 		 538 aa  106  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1061  cytochrome c family protein  23.66 
 
 		 541 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.409799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0294  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  25.96 
 
 		 488 aa  104  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000431436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2398  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26.48 
 
 		 496 aa  104  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.890073 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1277  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  24.38 
 
 		 538 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4004  formate-dependent nitrite reductase periplasmic cytochrome c552 subunit-like protein  23.57 
 
 		 536 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00066664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1200  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  23.15 
 
 		 487 aa  96.3  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.849928  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0357  cytochrome c family protein  23.33 
 
 		 533 aa  94.7  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.412865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2999  cytochrome c family protein  23.74 
 
 		 534 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00460  hypothetical protein  29.1 
 
 		 442 aa  63.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>