39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0570 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3723  Ig domain-containing protein  54.25 
 
 
826 aa  829    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00549605  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0570  Ig domain-containing protein  100 
 
 
851 aa  1710    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.131384 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0510  Ig domain-containing protein  58.76 
 
 
836 aa  910    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0592  Ig domain-containing protein  56.59 
 
 
840 aa  871    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3807  Ig domain-containing protein  60.81 
 
 
837 aa  929    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3742  Ig domain-containing protein  59.79 
 
 
851 aa  939    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3633  Ig domain-containing protein  57.72 
 
 
829 aa  883    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0531  Ig domain-containing protein  61.43 
 
 
834 aa  959    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33736  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0493  Ig domain-containing protein  57.36 
 
 
829 aa  876    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3457  Ig domain-containing protein  57.26 
 
 
829 aa  872    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4080  hypothetical protein  61.61 
 
 
826 aa  917    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0536  Ig domain protein group 1 domain protein  59.81 
 
 
836 aa  928    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4390  Ig domain-containing protein  61.86 
 
 
843 aa  985    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3069  hypothetical protein  55.45 
 
 
830 aa  848    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0191  Ig-like, group 1  37.2 
 
 
811 aa  485  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000536098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1320  Ig-like, group 1  31.57 
 
 
821 aa  247  8e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00729266  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1533  Ig domain-containing protein  32.48 
 
 
807 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000967383  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1853  Ig domain protein group 1 domain protein  31.57 
 
 
817 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.498276  hitchhiker  0.000000271075 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2480  Ig domain-containing protein  31.72 
 
 
820 aa  219  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.311981  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2330  Ig-like, group 1  31.71 
 
 
818 aa  218  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2226  Ig domain-containing protein  29.73 
 
 
819 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4101  Ig domain-containing protein  31.83 
 
 
676 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2843  Ig domain-containing protein  33.51 
 
 
838 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000356214  decreased coverage  0.00000000529133 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2498  Ig domain-containing protein  30.91 
 
 
835 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.284109  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2252  Ig domain-containing protein  33.33 
 
 
851 aa  196  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2611  Ig domain-containing protein  28.2 
 
 
1209 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0062709 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1949  invasin domain-containing protein  28.53 
 
 
1237 aa  191  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2491  Ig domain-containing protein  28.2 
 
 
1209 aa  191  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2663  Ig-like, group 1  30.63 
 
 
638 aa  190  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000158035 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1195  intimin/invasin family protein  30.62 
 
 
878 aa  189  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1801  Ig domain-containing protein  30.08 
 
 
837 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0716764  hitchhiker  0.0000241302 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0314  hypothetical protein  32.18 
 
 
651 aa  181  5.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.358502  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1658  Ig domain-containing protein  29.52 
 
 
1224 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377498  hitchhiker  0.000563606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1583  Ig domain-containing protein  29.52 
 
 
1224 aa  173  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.61768  normal  0.0651551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1727  Ig domain-containing protein  29.64 
 
 
1224 aa  169  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.252949  normal  0.106608 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0783  hypothetical protein  33.51 
 
 
476 aa  150  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.628796  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2695  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit, glutamine-dependent  32.46 
 
 
366 aa  132  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000319474  decreased coverage  0.000345849 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0677  hypothetical protein  31.18 
 
 
638 aa  124  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.123416 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0935  hypothetical protein  30.43 
 
 
498 aa  72  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.421015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>