43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0317 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0317  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  541  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282593 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4604  hypothetical protein  55.98 
 
 		 270 aa  265  5e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0889286 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3519  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  47.11 
 
 		 257 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0334  hypothetical protein  48.53 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0333  hypothetical protein  46.98 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4376  hypothetical protein  49.03 
 
 		 276 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3684  hypothetical protein  46.98 
 
 		 272 aa  178  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0332  hypothetical protein  49.5 
 
 		 267 aa  178  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0342  hypothetical protein  46.12 
 
 		 272 aa  178  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0438  hypothetical protein  47.14 
 
 		 255 aa  178  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0339  hypothetical protein  48.8 
 
 		 271 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0342  hypothetical protein  48.8 
 
 		 271 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0455674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3896  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  46.04 
 
 		 248 aa  175  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0344  hypothetical protein  36.1 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3387  hypothetical protein  33.66 
 
 		 243 aa  105  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00776  putative signal peptide protein  30.98 
 
 		 210 aa  99.4  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0935  hypothetical protein  29.56 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0698  putative signal peptide protein  28.65 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.694204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3056  conserved hypothetical signal peptide protein  27.17 
 
 		 228 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00817533  normal  0.285808 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4081  putative signal peptide protein  29.24 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3692  putative signal peptide protein  27.43 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.378144 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4769  conserved hypothetical signal peptide protein  27.43 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3606  putative signal peptide protein  29.3 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004072  putative transmembrane protein  29.28 
 
 		 206 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0430  hypothetical protein  29.26 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5101  hypothetical protein  28.72 
 
 		 204 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3915  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.3 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0708883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0120  hypothetical protein  31.03 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000151321  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0431  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.35 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11559  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4576  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  28.79 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2754  hypothetical protein  31.22 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.217605  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2095  putative outer membrane protein  27.17 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4385  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  25.86 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729066  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03850  hypothetical protein  25.58 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.267163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0897  putative outer-membrane lipoprotein carrier protein  27.32 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.199535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3893  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.46 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.722126 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1085  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  26.22 
 
 		 208 aa  53.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3881  hypothetical protein  22.89 
 
 		 187 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1495  hypothetical protein  26.16 
 
 		 188 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.635359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4808  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.9 
 
 		 201 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3930  putative transmembrane protein  22.78 
 
 		 202 aa  45.8  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0974  hypothetical protein  22.56 
 
 		 173 aa  44.3  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1986  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  21.76 
 
 		 210 aa  43.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>