155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0070 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0070  SAF domain-containing protein  100 
 
 
248 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0076  SAF domain-containing protein  56.5 
 
 
254 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3652  flageller protein FlgA  48.8 
 
 
222 aa  215  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3972  SAF domain-containing protein  47.37 
 
 
245 aa  214  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3469  SAF domain-containing protein  46.33 
 
 
245 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000741  flagellar basal-body P-ring formation protein FlgA  31.15 
 
 
265 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04908  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  34.95 
 
 
265 aa  99  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4254  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  33.89 
 
 
232 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0205  SAF domain-containing protein  29.91 
 
 
281 aa  89  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.620643 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0262  lateral flagellar P-ring addition protein LfgA  29.61 
 
 
245 aa  89  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2216  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein-like  28.87 
 
 
243 aa  88.6  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0638  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27 
 
 
272 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1926  flagellar protein, putative  31.84 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.210434  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3372  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  28.33 
 
 
245 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3735  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  34.23 
 
 
250 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.410468  normal  0.976708 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3487  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  31.28 
 
 
252 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0718  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  26.1 
 
 
272 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0228  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  26.1 
 
 
282 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.531559 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1979  flageller protein FlgA  31.02 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2853  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  32.22 
 
 
252 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.765883  normal  0.33357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3955  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  34.23 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4394  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  33.56 
 
 
225 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1460  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  33.56 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1175  SAF domain-containing protein  28.35 
 
 
235 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01281  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  26.34 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0890  flageller protein FlgA  33.81 
 
 
238 aa  71.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.111285  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0523  SAF domain-containing protein  34.27 
 
 
262 aa  70.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2683  flageller protein FlgA  29.15 
 
 
235 aa  69.3  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004176  flagellar basal-body P-ring formation protein FlgA  26.35 
 
 
248 aa  68.9  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0923  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  29.69 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20740  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.75 
 
 
232 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2600  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.66 
 
 
235 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1780  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.23 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.498263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2950  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.63 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.892014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1413  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.63 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3103  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.63 
 
 
235 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.864983 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1473  putative flagellar basal-body P-ring formation protein FlgA  31.33 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3103  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  26.06 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.292219  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1256  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  30 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1326  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.94 
 
 
235 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2965  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.96 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.639269  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0970  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  23.27 
 
 
233 aa  64.7  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0940  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  22.86 
 
 
233 aa  63.5  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1953  flageller protein FlgA  26.9 
 
 
235 aa  62.8  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1795  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.54 
 
 
255 aa  62.8  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3074  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein  29 
 
 
239 aa  62.4  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1524  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  25.42 
 
 
234 aa  62  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1318  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.34 
 
 
235 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.212104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3090  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  28.07 
 
 
259 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1430  flagellar basal body P-ring formation protein FlgA  30.09 
 
 
247 aa  60.8  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0183  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  27.94 
 
 
257 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3099  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein-like protein  31.93 
 
 
236 aa  59.3  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3558  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein-like protein  23.98 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23990  Flagellar protein FlgA  27.54 
 
 
231 aa  59.7  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3253  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  28.14 
 
 
235 aa  58.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2735  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  26.12 
 
 
255 aa  57.8  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000036483 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1540  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  25.31 
 
 
255 aa  58.2  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4670  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  28.57 
 
 
252 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0417207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2321  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.5 
 
 
235 aa  57.4  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.460047  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1594  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.54 
 
 
235 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1477  flageller protein FlgA  24.48 
 
 
245 aa  57  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1948  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.2 
 
 
314 aa  57  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.68378  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1067  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein-like protein  29.85 
 
 
230 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.106649  normal  0.0500277 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1505  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  31.62 
 
 
370 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.563767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1318  flageller protein FlgA  27.45 
 
 
248 aa  55.8  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1337  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.93 
 
 
257 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.477846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2844  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.1 
 
 
360 aa  53.9  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1300  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  28.36 
 
 
235 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1158  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  23.45 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.623618  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2341  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.75 
 
 
248 aa  53.9  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3788  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  33.33 
 
 
358 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.09068  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1682  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  32.5 
 
 
366 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0494541 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4419  SAF domain-containing protein  25.13 
 
 
259 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4105  SAF domain-containing protein  25 
 
 
238 aa  53.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2947  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  26.11 
 
 
424 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3845  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  26.29 
 
 
246 aa  52.8  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0020675 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1342  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.4 
 
 
235 aa  52.4  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.127049  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2925  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  28.06 
 
 
242 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6372  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.89 
 
 
320 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.682175  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0139  putative flagella basal body P-ring formation protein  25.95 
 
 
502 aa  50.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3733  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.27 
 
 
245 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3795  flagella basal body P-ring formation protein FlgA  25.14 
 
 
504 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1586  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  26.73 
 
 
219 aa  50.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06151  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.93 
 
 
214 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000222326  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3323  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.95 
 
 
254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01015  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.93 
 
 
214 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0919764  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02933  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.61 
 
 
216 aa  50.1  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.870868  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2992  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.95 
 
 
254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1908  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  28.57 
 
 
218 aa  50.1  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.669338  normal  0.182462 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2101  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.95 
 
 
254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2325  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  24.58 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.635455  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1997  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  24.58 
 
 
254 aa  50.4  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0461  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.95 
 
 
254 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2412  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.89 
 
 
310 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3026  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  27.89 
 
 
310 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.124973  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1867  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  25.56 
 
 
222 aa  49.7  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.563349  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2426  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  24.58 
 
 
269 aa  49.7  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2936  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  29.19 
 
 
418 aa  49.3  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.451433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1552  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  24.27 
 
 
222 aa  49.3  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1214  Flagellar basal body P-ring biosynthesis protein-like protein  26.79 
 
 
262 aa  48.9  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.974456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>