216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0063 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0063  flagellar basal body L-ring protein  100 
 
 
220 aa  447  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3965  flagellar basal body L-ring protein  80 
 
 
220 aa  364  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3462  flagellar basal body L-ring protein  79.55 
 
 
220 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0069  flagellar basal body L-ring protein  82.49 
 
 
224 aa  358  5e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.320449  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3645  flagellar basal body L-ring protein  82.21 
 
 
219 aa  350  7e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.651179  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000734  flagellar L-ring protein FlgH  53.42 
 
 
223 aa  234  9e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04915  flagellar basal body L-ring protein  53.42 
 
 
229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0645  flagellar basal body L-ring protein  47.06 
 
 
221 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0221  flagellar basal body L-ring protein  46.61 
 
 
221 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0212  flagellar basal body L-ring protein  50.72 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.144203  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3365  flagellar basal body L-ring protein  53.4 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3572  flagellar basal body L-ring protein  52.28 
 
 
232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0269  flagellar basal body L-ring protein  54.75 
 
 
221 aa  191  8e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.884119 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1503  flagellar basal body L-ring protein  45.29 
 
 
231 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3945  flagellar basal body L-ring protein  45.13 
 
 
231 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3725  flagellar basal body L-ring protein  45.58 
 
 
231 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1471  flagellar basal body L-ring protein  45.13 
 
 
231 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0240352  normal  0.68969 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4384  flagellar basal body L-ring protein  44.69 
 
 
231 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3474  flagellar basal body L-ring protein  47.32 
 
 
237 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.214373  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1941  flagellar L-ring protein FlgH  46.43 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50420  flagellar basal body L-ring protein  44.25 
 
 
231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.664762  hitchhiker  0.000989473 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1770  flagellar L-ring protein  44.93 
 
 
230 aa  181  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2207  Hpt sensor hybrid histidine kinase  43.89 
 
 
230 aa  180  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4294  flagellar basal body L-ring protein  43.81 
 
 
231 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2844  flagellar basal body L-ring protein  45.02 
 
 
240 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0173222  normal  0.127078 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0932  flagellar L-ring protein  44.64 
 
 
232 aa  178  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1483  flagellar basal body L-ring protein  39.66 
 
 
236 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0615716  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1108  flagellar L-ring protein  43.46 
 
 
230 aa  169  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1223  flagellar L-ring protein  44.78 
 
 
229 aa  168  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1900  flagellar basal body L-ring protein  45.63 
 
 
230 aa  168  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0652089 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1230  flagellar basal body L-ring protein  47.3 
 
 
230 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1230  flagellar basal body L-ring protein  47.3 
 
 
230 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4677  flagellar basal body L-ring protein  43.5 
 
 
221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039617 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02922  flagellar basal body L-ring protein  40.71 
 
 
226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3094  flagellar basal body L-ring protein  41.3 
 
 
230 aa  161  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2372  flagellar L-ring protein  40 
 
 
234 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2312  flagellar basal body L-ring protein  40.61 
 
 
224 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1167  flagellar basal body L-ring protein  39.74 
 
 
224 aa  154  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0558946  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0899  flagellar L-ring protein  40.69 
 
 
224 aa  152  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0243  flagellar basal body L-ring protein  43.44 
 
 
218 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1351  flagellar basal body L-ring protein  39.65 
 
 
234 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1603  flagellar basal body L-ring protein  39.3 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153327  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1335  flagellar basal body L-ring protein  36.6 
 
 
224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.599387  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1786  flagellar basal body L-ring protein  43.5 
 
 
261 aa  144  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0190  flagellar basal body L-ring protein  45.83 
 
 
217 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3081  flagellar basal body L-ring protein  38.81 
 
 
229 aa  144  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01293  flagellar basal body L-ring protein  42 
 
 
260 aa  142  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1346  flagellar basal body L-ring protein  37.12 
 
 
217 aa  142  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2332  flagellar basal body L-ring protein  44.1 
 
 
261 aa  141  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2956  flagellar basal body L-ring protein  39.7 
 
 
224 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.656972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1422  flagellar basal body L-ring protein  39.7 
 
 
224 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.474859  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2941  flagellar basal body L-ring protein  39.7 
 
 
224 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3094  flagellar basal body L-ring protein  39.7 
 
 
224 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06160  flagellar basal body L-ring protein  43.69 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0479545  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01006  flagellar basal body L-ring protein  43.69 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0741742  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3577  flagellar L-ring protein  41.81 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.116399  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004167  flagellar L-ring protein FlgH  41.5 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1309  flagellar basal body L-ring protein  35.93 
 
 
224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1265  flagellar basal body L-ring protein  38.35 
 
 
224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2591  flagellar basal body L-ring protein  40 
 
 
224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3243  flagellar basal body L-ring protein  36.89 
 
 
224 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1327  flagellar basal body L-ring protein  36.89 
 
 
224 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.821167  normal  0.0823128 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2918  flagellar L-ring protein  37.85 
 
 
225 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0212055  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1468  flagellar L-ring protein  36.09 
 
 
250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1265  flagellar L-ring protein  40.1 
 
 
227 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.2865  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0514  flagellar L-ring protein  34.01 
 
 
228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.100607  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24060  Flagellar L-ring protein  36.76 
 
 
232 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1327  flagellar basal body L-ring protein  37.09 
 
 
230 aa  125  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0146  flagellar basal body L-ring protein  33.93 
 
 
234 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.818813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0755  flagellar L-ring protein  33.18 
 
 
219 aa  122  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1972  flagellar L-ring protein  35.35 
 
 
224 aa  120  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1713  flagellar L-ring protein  41.04 
 
 
222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.640514  normal  0.230942 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2929  flagellar basal body L-ring protein  35.18 
 
 
229 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1559  flagellar basal body L-ring protein  32.89 
 
 
239 aa  119  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.602881  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0077  flagellar L-ring protein  41.04 
 
 
222 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.461386  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1666  flagellar L-ring protein  39.78 
 
 
222 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3064  flagellar basal body L-ring protein  35.18 
 
 
229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3740  flagellar basal body L-ring protein  35.78 
 
 
237 aa  118  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.736999  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3014  flagellar basal body L-ring protein  34.17 
 
 
229 aa  117  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.574242  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3708  flagellar L-ring protein  32.57 
 
 
247 aa  117  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.388309 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4785  flagellar L-ring protein  32.57 
 
 
247 aa  117  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3788  flagellar basal body L-ring protein  33.93 
 
 
233 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3038  flagellar basal body L-ring protein  33.85 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2405  flagellar basal body L-ring protein  33.85 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3019  flagellar basal body L-ring protein  33.85 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0180626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1631  flagellar L-ring protein precursor FlgH  36.22 
 
 
222 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.366939  normal  0.882442 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3156  flagellar basal body L-ring protein  32.2 
 
 
234 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0449895  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0468  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
240 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3000  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
240 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.649899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2093  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
238 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0272  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
240 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0284  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
240 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.07086  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3348  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
238 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.876446  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6365  flagellar basal body L-ring protein  33.67 
 
 
230 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.820958  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2954  flagellar basal body L-ring protein  35.45 
 
 
236 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.453241 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3331  flagellar basal body L-ring protein  34.97 
 
 
222 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3067  flagellar basal-body L-ring protein  35.68 
 
 
224 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0731995  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4193  flagellar L-ring protein  32.13 
 
 
227 aa  114  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1154  flagellar biosynthesis, basal-body outer-membrane L (lipopolysaccharide layer) ring protein  33.78 
 
 
231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2812  flagellar L-ring protein  29.34 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.36471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>