42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2899 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 68 aa  136  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2316  Cro/CI family transcriptional regulator  76.56 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.723017  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49660  hypothetical protein  61.54 
 
 		 70 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000595514  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4807  helix-turn-helix domain-containing protein  57.81 
 
 		 74 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125806  hitchhiker  0.00510188 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0373  Cro/CI family transcriptional regulator  50 
 
 		 71 aa  83.6  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000000821993  normal  0.249392 
 
 
 
NC_011662  Tmz1t_0251  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 72 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120803  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0975  putative transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 68 aa  79.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4286  Cro/CI family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 73 aa  79.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0963  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 74 aa  75.5  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000305628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3980  transcriptional regulator  46.03 
 
 		 76 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4458  putative transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 71 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0014  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 73 aa  66.6  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127273  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0684  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 89 aa  66.2  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3657  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 79 aa  62.8  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.544629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2160  hypothetical protein  50 
 
 		 89 aa  63.2  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.419766  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1184  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1995  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000194045  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2123  hypothetical protein  35.29 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1800  Cro/CI family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2963  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.364459  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0066  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 262 aa  52.8  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1496  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000868778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4838  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5017  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0305  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00365078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2358  hypothetical protein  38.24 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081812  decreased coverage  0.0000157362 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3037  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 80 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.548242 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5453  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.816575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0418  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 77 aa  44.3  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000007588  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6190  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 68 aa  43.5  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.876157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71330  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 68 aa  43.5  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2649  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 80 aa  43.5  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5459  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0131549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0764  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 79 aa  42  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0359167  normal  0.203575 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2262  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 68 aa  41.2  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.914675  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0218  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  34.48 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1951  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 82 aa  40.8  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0335085 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3923  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 58 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.551914  normal  0.0534893 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0630  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 		 69 aa  40.4  0.008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.054738  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0918  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3005  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 71 aa  40  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1539  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 71 aa  40  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0419417 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>