209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5992 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_5992  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
199 aa  395  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.396143  normal  0.47391 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0541  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 
192 aa  97.8  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7124  transcriptional regulator  33.33 
 
 
203 aa  85.5  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5790  hypothetical protein  29.44 
 
 
207 aa  82  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.0606988 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 
197 aa  82  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
196 aa  72  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8695  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
203 aa  72  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.650286 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2399  TetR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0482124  hitchhiker  0.0000585185 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
215 aa  67  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
198 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  33.08 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2281  regulatory protein, TetR  29.85 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.45314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2774  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 
208 aa  64.7  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 
367 aa  63.2  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5183  putative transcriptional regulator, TetR family  42.05 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0142854 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 
199 aa  62  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25180  transcriptional regulator, tetR family  45.9 
 
 
206 aa  61.6  0.000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4367  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 
201 aa  61.6  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 
197 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3937  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 
187 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00797355  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2076  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 
209 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.954712 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5475  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6767  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 
177 aa  58.9  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
196 aa  58.9  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5235  transcriptional regulator  28.43 
 
 
207 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  28.47 
 
 
199 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2687  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
202 aa  57.4  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.782088  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  25.51 
 
 
199 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0254  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 
198 aa  57.4  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.631026 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2809  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
206 aa  57  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00640157  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4308  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 
195 aa  56.6  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0100295  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3495  putative transcriptional regulator, TetR family  25.34 
 
 
177 aa  57  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 
207 aa  55.8  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25560  transcriptional regulator  35.35 
 
 
207 aa  54.7  0.0000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19310  hypothetical protein  40.35 
 
 
215 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0818404  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  26.57 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4314  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 
206 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.668708  normal  0.623722 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  25.98 
 
 
205 aa  53.5  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2529  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 
202 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000510912 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0130  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
197 aa  52.8  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.943831  normal  0.482465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8200  putative transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 
237 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  25.86 
 
 
287 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 
240 aa  52.4  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 
197 aa  52.8  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0674  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 
200 aa  52.8  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2956  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 
207 aa  52  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
308 aa  51.6  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 
202 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30040  hypothetical protein  33.33 
 
 
193 aa  51.6  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000857921  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2192  regulatory protein TetR  27.78 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 
192 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  25.2 
 
 
213 aa  50.1  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1647  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
197 aa  50.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
213 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
214 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 
211 aa  49.7  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3645  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
199 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.529358  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13760  transcriptional regulator, tetR family  33.61 
 
 
192 aa  49.7  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.484561  normal  0.0851511 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
214 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  19.71 
 
 
201 aa  49.3  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
214 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0681  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 
217 aa  48.9  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 
213 aa  48.9  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  23.88 
 
 
215 aa  48.5  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0706  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
210 aa  48.5  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.25715 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1335  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 
194 aa  48.5  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  31.65 
 
 
199 aa  48.5  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 
189 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2617  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
207 aa  48.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
214 aa  48.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
200 aa  48.1  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  29.23 
 
 
206 aa  48.1  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  30.4 
 
 
194 aa  48.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0331  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
195 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0341  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
195 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
182 aa  47.4  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1805  hypothetical protein  43.4 
 
 
202 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
238 aa  47  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  21.05 
 
 
194 aa  47  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  43.14 
 
 
215 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0161  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
221 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  36.84 
 
 
195 aa  46.2  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2800  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
201 aa  46.2  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 
214 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
208 aa  46.6  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  23.68 
 
 
207 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 
201 aa  46.2  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
189 aa  46.2  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
234 aa  45.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4713  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
218 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4799  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
218 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5312  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
235 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0775512 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5098  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
218 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1459  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
223 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.568759  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13607  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
295 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.20276 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  32.89 
 
 
186 aa  45.4  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
215 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0320  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
195 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>