More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5333 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_5333  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
216 aa  424  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0755  putative transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 
210 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0429  transcriptional regulator, TetR family  41.42 
 
 
207 aa  94  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5576  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 
216 aa  87.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.440854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0209  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.234614  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4980  regulatory protein TetR  39.01 
 
 
190 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.432657  normal  0.695564 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0208  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
193 aa  75.9  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.168668  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2994  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
231 aa  70.9  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2776  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1275  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 
193 aa  68.9  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0714777  normal  0.0115307 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 
215 aa  68.6  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3660  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
199 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.880035  normal  0.502238 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5092  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
209 aa  65.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.193405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14890  transcriptional regulator, tetR family  31.11 
 
 
204 aa  63.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0325223  normal  0.0343336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4085  putative transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 
232 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750305  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6422  putative transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 
216 aa  62.8  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790445 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8649  regulatory protein TetR  32.99 
 
 
185 aa  62.4  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
212 aa  62  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8493  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 
180 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.996543 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5863  transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 
186 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602897  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0484  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
186 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0495  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
186 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.595524 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3360  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 
209 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0120997  normal  0.690483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0473  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
186 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0240  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
180 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.477242  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5597  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
189 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5998  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
189 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000044097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0665  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
179 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.950622  normal  0.396489 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2768  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 
192 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.373276  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1967  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 
198 aa  54.3  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0188577  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7432  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 
216 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2000  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
201 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.669557 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5083  putative transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2574  transcriptional regulator, TetR family  34.75 
 
 
204 aa  53.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1327  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
198 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188368  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 
213 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 
209 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  46.27 
 
 
196 aa  52.4  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3217  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
207 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3012  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 
219 aa  52.4  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 
208 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
255 aa  52.4  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 
199 aa  52.4  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  33.81 
 
 
207 aa  52.4  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
196 aa  52.4  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 
205 aa  52  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4863  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 
207 aa  52  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.878301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
207 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
197 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
206 aa  50.1  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0144  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
192 aa  50.8  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  45.61 
 
 
206 aa  49.7  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
194 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20280  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 
213 aa  49.3  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.612683  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  49.3 
 
 
250 aa  49.3  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  49.3 
 
 
250 aa  49.3  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
205 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1993  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 
202 aa  49.7  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00019531  normal  0.0761383 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
206 aa  48.9  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1301  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
205 aa  48.5  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.365782  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
212 aa  48.5  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1772  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 
202 aa  48.5  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.706828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
196 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 
192 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2770  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
195 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 
188 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3240  putative transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 
201 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00194759  normal  0.442697 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  47.62 
 
 
188 aa  47.8  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
194 aa  47.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
216 aa  47.8  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
209 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1372  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 
221 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
217 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
206 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
212 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  25.55 
 
 
197 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  25.55 
 
 
197 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
228 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 
192 aa  47.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  43.28 
 
 
212 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2459  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 
198 aa  47.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.285748  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  25.55 
 
 
197 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  25.55 
 
 
197 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 
209 aa  47.4  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  26.61 
 
 
202 aa  46.6  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 
229 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27620  transcriptional regulator  39.02 
 
 
208 aa  46.6  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.475426  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4564  nucleoid occlusion protein  25.71 
 
 
197 aa  46.2  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000269162  unclonable  0.0000000294752 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 
217 aa  46.2  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
266 aa  46.2  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
194 aa  46.2  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
203 aa  45.8  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0928  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 
184 aa  46.2  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312785  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3840  nucleoid occlusion protein  27.01 
 
 
197 aa  46.2  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00664895  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0828  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 
275 aa  45.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
187 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3604  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
204 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657199  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
217 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  29.66 
 
 
242 aa  45.8  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.603144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>