204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_R0025 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  94.83 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0082  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000538289  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0030  tRNA-Asn  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000864029  hitchhiker  0.00000418087 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0031  tRNA-Asn  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000781489  hitchhiker  0.000000692381 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  85.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  85.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  85.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  85.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  85.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  85.51 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0047  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479856  normal  0.63722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0048  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.645355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0049  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.666985 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0050  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0006  tRNA-Lys  94.59 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0008  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.40155  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  94.44 
 
 
73 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  86.67 
 
 
73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  94.44 
 
 
73 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  88.46 
 
 
73 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07689  tRNA-Phe  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.754049  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.13 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0051  tRNA-Phe  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00174909  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  83.78 
 
 
76 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>