95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6489 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6489  autoinducer synthesis protein  100 
 
 		 119 aa  241  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191421  normal  0.837558 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9270  putative autoinducer synthesis protein  63.87 
 
 		 212 aa  150  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8335  putative autoinducer synthesis protein  62.18 
 
 		 212 aa  148  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.613519  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5375  putative autoinducer synthesis protein  57.63 
 
 		 206 aa  140  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0563585  normal  0.248437 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4570  putative autoinducer synthesis protein  60.5 
 
 		 207 aa  137  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5481  putative autoinducer synthesis protein  54.62 
 
 		 208 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0259  autoinducer synthesis protein TraI (conjugation factor synthetase)  46.49 
 
 		 211 aa  94.7  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0941  autoinducer synthesis protein  41.23 
 
 		 212 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1889  autoinducer synthesis protein  42.62 
 
 		 214 aa  89.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.889914  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1710  autoinducer synthesis protein  39.67 
 
 		 210 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0765757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1560  autoinducer synthesis protein  38.33 
 
 		 214 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.766209  normal  0.485309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0123  autoinducer synthesis protein  38.84 
 
 		 210 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4437  autoinducer synthesis protein  53.85 
 
 		 195 aa  84.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1760  autoinducer synthesis protein  38.84 
 
 		 210 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4275  autoinducer synthesis protein  52.22 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.722573  normal  0.550742 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0608  putative autoinducer synthesis protein  49.44 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3897  autoinducer synthesis protein LasI  46.15 
 
 		 201 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156305  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45940  autoinducer synthesis protein LasI  46.15 
 
 		 201 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2929  autoinducer synthesis protein  40.45 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.71548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2668  autoinducer synthesis protein  40.45 
 
 		 221 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.637117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2390  autoinducer synthesis protein  42.86 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0957  autoinducer synthesis protein LuxI  36 
 
 		 193 aa  70.5  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375651  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0415  putative autoinducer synthesis protein  41.18 
 
 		 249 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0361  autoinducer synthesis protein  37.93 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.2275  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0965  Acyl-homoserine-lactone synthase  34.95 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.397594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3498  phospholipid/glycerol acyltransferase  33.88 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.364609 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1666  autoinducer synthesis protein  38.27 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.852162 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1999  autoinducer synthesis protein  38.27 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.556283  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2851  autoinducer synthetase  38.46 
 
 		 206 aa  60.8  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3286  autoinducer synthesis protein SOLI  36.27 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.498186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5028  autoinducer synthesis protein  35.09 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548856 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6053  autoinducer synthesis protein  28.21 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5808  Acyl-homoserine-lactone synthase  34.02 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.167675  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5823  autoinducer synthesis protein  27.35 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2483  N-acylhomoserine lactone synthase  33.33 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1293  autoinducer synthase BpsI  33.33 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.133764  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1221  autoinducer synthase BpsI  33.33 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.653596  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4513  autoinducer synthesis protein  35.96 
 
 		 211 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1347  autoinducer synthetase family protein  33.33 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0331  autoinducer synthase BpsI  33.33 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0609  autoinducer synthase BpsI  33.33 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4976  autoinducer synthesis protein  35.96 
 
 		 211 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.283809 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0960  autoinducer synthase BpsI  33.33 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3811  autoinducer synthesis protein  29.75 
 
 		 211 aa  57  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0126  autoinducer synthesis protein  35.29 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1512  N-acyl homoserine lactone synthase  33.68 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0575581  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01928  autoinducer synthase  33.33 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.697337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5196  autoinducer synthesis protein  38.64 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2312  autoinducer synthesis protein  32.77 
 
 		 200 aa  54.3  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.362295  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1577  autoinducer synthetase  26.96 
 
 		 206 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.24654  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0145  N-acylhomoserine lactone synthase  26.96 
 
 		 206 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0460086  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1658  autoinducer synthetase  26.96 
 
 		 206 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0115176  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0626  autoinducer synthesis protein  35.29 
 
 		 210 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4118  autoinducer synthesis protein  34.48 
 
 		 213 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000553872  hitchhiker  0.00840845 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0959  autoinducer synthesis protein  33.61 
 
 		 210 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4583  autoinducer synthesis protein  38.03 
 
 		 202 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141788  hitchhiker  0.0000655879 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3641  autoinducer synthesis protein  32.74 
 
 		 202 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000011065  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0804  N-acyl homoserine lactone synthase  41.79 
 
 		 268 aa  51.2  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.648666  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4726  autoinducer synthesis protein  32.74 
 
 		 202 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455128  hitchhiker  0.006335 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1050  autoinducer synthesis protein  37.68 
 
 		 202 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000000830053  normal  0.1745 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5574  autoinducer synthesis protein  37.68 
 
 		 202 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000539644  hitchhiker  0.00691296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5461  autoinducer synthesis protein  32.46 
 
 		 201 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1227  N-acyl homoserine lactone synthase  27.59 
 
 		 206 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2029  autoinducer synthesis protein  30.7 
 
 		 216 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0719  N-acylhomoserine lactone synthase YtbI  31.67 
 
 		 216 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0792  autoinducer synthesis protein  31.67 
 
 		 216 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4152  autoinducer synthesis protein  35 
 
 		 211 aa  48.9  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.290737 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0701  autoinducer synthesis protein  30.51 
 
 		 208 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0098  autoinducer synthesis protein  35.87 
 
 		 205 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2526  autoinducer synthesis protein  35.48 
 
 		 208 aa  48.9  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1650  autoinducer synthesis protein RhlI  34.88 
 
 		 202 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4280  autoinducer synthesis protein  34.78 
 
 		 207 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0241247  normal  0.0105559 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2129  autoinducer synthetase BpmI  33.75 
 
 		 202 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.466862  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0700  autoinducer synthetase BpmI  33.75 
 
 		 202 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2022  autoinducer synthetase  33.75 
 
 		 202 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1577  N-acyl homoserine lactone synthase  33.75 
 
 		 202 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1621  autoinducer synthesis protein  35.29 
 
 		 226 aa  47  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.672835  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3396  autoinducer synthesis protein  30.93 
 
 		 206 aa  47  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5763  autoinducer synthesis protein  32.77 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0618  N-acylhomoserine lactone synthase  37.31 
 
 		 289 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0541466  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2216  autoinducer synthetase BpmI  37.31 
 
 		 275 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0690156  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1765  autoinducer synthesis protein  28.7 
 
 		 201 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.35237  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0322  putative autoinducer (acylhomoserine lactone) synthase  36.36 
 
 		 218 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.805046  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4148  Acyl-homoserine-lactone synthase  33.71 
 
 		 216 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4429  Acyl-homoserine-lactone synthase  33.71 
 
 		 217 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19130  autoinducer synthesis protein RhlI  34.88 
 
 		 201 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.347386  normal  0.284898 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3969  autoinducer synthesis protein  34.29 
 
 		 213 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163172  normal  0.0220737 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2589  autoinducer synthesis protein  30.83 
 
 		 208 aa  45.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1546  N-acylhomoserine lactone synthase YpsI  34.69 
 
 		 214 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1656  autoinducer synthesis protein  34.69 
 
 		 214 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0101  Acyl-homoserine-lactone synthase  33.93 
 
 		 212 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1716  N-acylhomoserine lactone synthase YpsI  34.69 
 
 		 218 aa  44.3  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0105822  hitchhiker  0.000229344 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0919  autoinducer synthesis protein  31.82 
 
 		 204 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.142092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2974  autoinducer synthesis protein  32.29 
 
 		 223 aa  41.2  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.402938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3864  autoinducer synthesis protein PsyI  32.61 
 
 		 244 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>