78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6468 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6468  hypothetical protein  100 
 
 		 266 aa  548  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0193  hypothetical protein  38.46 
 
 		 392 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5355  hypothetical protein  27.41 
 
 		 357 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00756623  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4625  nitroreductase  31.53 
 
 		 382 aa  92  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.01308 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1158  nitroreductase  30.04 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.289838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0413  NADH oxidase  31.31 
 
 		 371 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000291832  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3715  nitroreductase  32.12 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0200  nitroreductase  32.64 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0343927  normal  0.0613797 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1974  hypothetical protein  34.03 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.529303 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0581  SagB-type dehydrogenase domain protein  30.54 
 
 		 391 aa  79.7  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00313283  unclonable  0.00000422679 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24180  nitroreductase family protein  33.82 
 
 		 363 aa  78.6  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0893  nitroreductase  26.34 
 
 		 236 aa  77.4  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000576269  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1749  nitroreductase  29.38 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.774092  normal  0.0798457 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0441  nitroreductase  30.86 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0283265  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6177  nitroreductase  27.71 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1474  nitroreductase  30.3 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.027208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0691  nitroreductase  26.4 
 
 		 356 aa  72  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0780  SagB-type dehydrogenase domain protein  34.03 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0355  nitroreductase  29.07 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0765561  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4195  nitroreductase  31.69 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0243  hypothetical protein  28.19 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2555  hypothetical protein  31.29 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3018  hypothetical protein  26.17 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.35104  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0933  hypothetical protein  25.37 
 
 		 203 aa  68.2  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2630  nitroreductase family protein  24.62 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00137993  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2599  nitroreductase  29.44 
 
 		 225 aa  67  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.0000000444768  hitchhiker  0.00002147 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2329  nitroreductase  28.42 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.14975  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1424  nitroreductase  31.25 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4227  nitroreductase  29.17 
 
 		 508 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0248141  normal  0.115527 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4188  nitroreductase  29.17 
 
 		 508 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1478  nitroreductase  29.86 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1619  nitroreductase  23.81 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0543  hypothetical protein  28.04 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0819  hypothetical protein  27.59 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1590  nitroreductase  29.25 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.208638  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0637  SagB-type dehydrogenase domain protein  31.29 
 
 		 461 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1137  nitroreductase  28.57 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.33474  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1688  nitroreductase  27.52 
 
 		 249 aa  59.3  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.408494  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1547  nitroreductase  27.91 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00195434 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0958  hypothetical protein  27.08 
 
 		 246 aa  58.5  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.146916  normal  0.402436 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2755  nitroreductase  27.52 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1675  nitroreductase  30.19 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000196792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0254  nitroreductase  26.43 
 
 		 510 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.68058 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4337  hypothetical protein  27.97 
 
 		 523 aa  58.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.519761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0636  nitroreductase  27.23 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00236475  hitchhiker  0.0000377907 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0586  nitroreductase  24.17 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0318  nitroreductase  27.05 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0678  nitroreductase  29.37 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2124  hypothetical protein  28.08 
 
 		 518 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.754194  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4013  SagB-type dehydrogenase domain protein  32.67 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0997  SagB-type dehydrogenase domain protein  31.11 
 
 		 341 aa  54.3  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2962  hypothetical protein  25.94 
 
 		 207 aa  53.9  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.22169  normal  0.0766183 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5837  hypothetical protein  28.16 
 
 		 502 aa  53.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.532106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2035  nitroreductase  31.72 
 
 		 242 aa  53.1  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1730  SagB-type dehydrogenase domain-containing protein  25.87 
 
 		 509 aa  52.4  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.871344  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2154  hypothetical protein  27.01 
 
 		 510 aa  52.4  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.569069 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0348  nitroreductase  28.78 
 
 		 229 aa  52.4  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3382  nitroreductase  25.28 
 
 		 503 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0553  hypothetical protein  25.76 
 
 		 458 aa  51.2  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09420  nitroreductase  25.82 
 
 		 236 aa  50.4  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.465269 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0807  SagB-type dehydrogenase domain protein  23.36 
 
 		 229 aa  49.7  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0229  nitroreductase  27.97 
 
 		 202 aa  49.7  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.04731  normal  0.433886 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0645  hypothetical protein  27.78 
 
 		 152 aa  49.3  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0520  hypothetical protein  26.02 
 
 		 473 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2359  hypothetical protein  27.65 
 
 		 475 aa  46.6  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2426  hypothetical protein  26.8 
 
 		 284 aa  46.6  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3966  hypothetical protein  26.11 
 
 		 491 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0470  rhodanese domain-containing protein  31.54 
 
 		 656 aa  45.4  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.468272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0222  hypothetical protein  31.48 
 
 		 529 aa  44.3  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.71374  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1503  nitroreductase, putative  28.68 
 
 		 538 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.805346  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0743  nitroreductase  25.25 
 
 		 189 aa  44.3  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.203204  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1221  hypothetical protein  28.68 
 
 		 551 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102036 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1789  hypothetical protein  28.23 
 
 		 474 aa  43.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0824  nitroreductase family protein  24.43 
 
 		 205 aa  43.1  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.50926  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0354  hypothetical protein  25 
 
 		 526 aa  43.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4232  nitroreductase  28.76 
 
 		 250 aa  42.7  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1153  nitroreductase  25.98 
 
 		 247 aa  42.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2171  hypothetical protein  27.61 
 
 		 547 aa  42  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696054  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>