84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6356 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009622  Smed_6356  putative cytochrome c oxidase subunit III protein  100 
 
 
198 aa  394  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2349  putative cytochrome c oxidase subunit III protein  59.79 
 
 
213 aa  232  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0094  putative cytochrome c oxidase subunit III protein  56.28 
 
 
216 aa  223  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2989  putative cytochrome c oxidase subunit III protein  55.9 
 
 
212 aa  217  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.181607  normal  0.0485026 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5828  cytochrome c oxidase subunit III  49 
 
 
200 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0695  putative cytochrome c oxidase subunit I  52.08 
 
 
201 aa  189  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5242  cytochrome c oxidase subunit III  48 
 
 
200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4793  cytochrome c oxidase, subunit I  45.83 
 
 
874 aa  175  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153175  normal  0.530231 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0168  putative cytochrome c oxidase subunit I  45.88 
 
 
877 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.606404  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1447  cytochrome c oxidase, subunit III  30.69 
 
 
203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.703222  normal  0.345478 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2028  cytochrome c oxidase subunit III  31.58 
 
 
214 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000242871 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2185  putative cytochrome c oxidase, subunit III  32.31 
 
 
217 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0357507 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0081  putative cytochrome c oxidase subunit III  31.38 
 
 
217 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379927  normal  0.0255884 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0458  putative cytochrome c oxidase subunit I  27.75 
 
 
201 aa  65.5  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1293  cytochrome c oxidase, subunit I  31.22 
 
 
879 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377928  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6538  cytochrome c oxidase, subunit I  31.22 
 
 
879 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5489  cytochrome c oxidase subunit III  30 
 
 
208 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324839  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6573  cytochrome c oxidase, subunit I  29.79 
 
 
882 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0983225  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6287  cytochrome c oxidase, subunit I  29.79 
 
 
879 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.171761  normal  0.0477153 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0782  cytochrome c oxidase, subunit III:cytochrome c oxidase, subunit I  26.46 
 
 
974 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0770  cytochrome c oxidase, subunit I/subunit III  26.46 
 
 
962 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0944  cytochrome C oxidase subunit I  25.93 
 
 
950 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5501  cytochrome c oxidase, subunit I  33.52 
 
 
876 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0931338 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  25.29 
 
 
207 aa  54.3  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0569  cytochrome c oxidase subunit III  23.56 
 
 
205 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0586  Cytochrome-c oxidase  23.56 
 
 
205 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1900  Cytochrome-c oxidase  24.71 
 
 
208 aa  52  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.910491  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1756  cytochrome c oxidase subunit III  26.97 
 
 
209 aa  51.6  0.000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4387  Cytochrome-c oxidase  27.27 
 
 
293 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0606  cytochrome c oxidase subunit III  27.51 
 
 
201 aa  50.1  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.184913  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0882  cytochrome c oxidase, subunit III  25 
 
 
293 aa  49.3  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4300  cytochrome c oxidase subunit III  21.39 
 
 
204 aa  49.7  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246716  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0296  cytochrome c oxidase, subunit III  27.34 
 
 
286 aa  48.9  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04411  cytochrome c oxidase, subunit III  26.97 
 
 
206 aa  49.3  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.738181  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1641  cytochrome c oxidase subunit III  26.52 
 
 
284 aa  49.3  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0942479  normal  0.989825 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3575  cytochrome c oxidase  22.67 
 
 
206 aa  49.3  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3044  cytochrome c oxidase, subunit III  25 
 
 
288 aa  48.5  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00173082  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06401  cytochrome c oxidase, subunit III  25.84 
 
 
207 aa  48.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0898782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1249  cytochrome c oxidase, subunit III  25 
 
 
293 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.147299  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05061  cytochrome c oxidase, subunit III  23 
 
 
200 aa  46.6  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  25.41 
 
 
195 aa  47  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.204507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0918  cytochrome c oxidase, subunit III  25.84 
 
 
273 aa  47  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.163295  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3903  cytochrome c oxidase, subunit III  25.76 
 
 
294 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0637958  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1144  cytochrome c oxidase subunit III  22.76 
 
 
268 aa  46.6  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0276  cytochrome c oxidase, subunit III  22.16 
 
 
204 aa  46.2  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.0430335 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3823  cytochrome c oxidase subunit III  25.76 
 
 
293 aa  46.2  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.267917 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3177  putative cytochrome C oxidase subunit III transmembrane protein  25 
 
 
293 aa  46.2  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00203621  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2070  cytochrome c oxidase subunit III  23.3 
 
 
204 aa  45.8  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2855  cytochrome c oxidase subunit III  24.31 
 
 
293 aa  45.8  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.205261  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3532  cytochrome c oxidase, subunit III  24.31 
 
 
293 aa  45.8  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.671052  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0549  cytochrome c oxidase subunit III  27.27 
 
 
285 aa  45.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  normal 
 
 
-
 
NC_014250  Aazo_5355  cytochrome c oxidase  24.28 
 
 
229 aa  45.4  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0265  cytochrome c oxidase subunit III  24.32 
 
 
286 aa  45.1  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1828  cytochrome c oxidase subunit III  26.62 
 
 
198 aa  44.7  0.0009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4167  putative cytochrome c oxidase, subunit III  27.27 
 
 
285 aa  44.3  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437515  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4243  cytochrome c oxidase, subunit III  22.41 
 
 
293 aa  44.3  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.373816  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12120  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  29 
 
 
212 aa  43.1  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0237313  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0305  cytochrome c oxidase subunit III  27.13 
 
 
283 aa  43.5  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.418473  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2639  cytochrome c oxidase  22.09 
 
 
198 aa  43.9  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04991  cytochrome c oxidase, subunit III  23.46 
 
 
200 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.487367  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1041  Cytochrome-c oxidase  25.14 
 
 
294 aa  43.5  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1775  cytochrome c oxidase, subunit III  27.22 
 
 
201 aa  43.9  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.556435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0187  cytochrome c oxidase, subunit III  22.11 
 
 
284 aa  42.7  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0440  cytochrome c oxidase subunit III  23.15 
 
 
208 aa  42.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4317  cytochrome c oxidase, subunit III  23.31 
 
 
274 aa  43.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0577944  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3956  cytochrome c oxidase subunit III  22.94 
 
 
210 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0367  cytochrome C oxidase subunit III transmembrane protein  26.67 
 
 
286 aa  42.4  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3135  Cytochrome-c oxidase  21.79 
 
 
208 aa  42.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0120  cytochrome c oxidase, subunit III  22.52 
 
 
295 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532779  normal  0.0155575 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04981  cytochrome c oxidase, subunit III  27.22 
 
 
201 aa  42.7  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.174019 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  22.54 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3575  cytochrome c oxidase subunit III  21.43 
 
 
222 aa  42.4  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515089  normal  0.0102703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  20.93 
 
 
208 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1936  cytochrome c oxidase, subunit III  25.76 
 
 
284 aa  42  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.140644  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3340  Cytochrome-c oxidase  26 
 
 
208 aa  42  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6172  cytochrome c oxidase, subunit III  24.62 
 
 
285 aa  42  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3658  cytochrome c oxidase subunit III  19.84 
 
 
200 aa  42  0.006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0242  cytochrome c oxidase subunit III  26.52 
 
 
286 aa  41.6  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0155178 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04681  cytochrome c oxidase, subunit III  24.72 
 
 
200 aa  41.6  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1383  cytochrome c oxidase, subunit III  23.48 
 
 
293 aa  41.6  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0679531  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0223  cytochrome c oxidase subunit III  26.52 
 
 
286 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.591162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  21.85 
 
 
295 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0106  cytochrome c oxidase, subunit III  21.85 
 
 
295 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753759  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0125  cytochrome c oxidase subunit III  21.85 
 
 
295 aa  41.2  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>