65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6346 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009622  Smed_6346  hypothetical protein  100 
 
 
140 aa  289  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.343516  normal  0.443955 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4384  hypothetical protein  82.86 
 
 
151 aa  241  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.941275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2131  protein of unknown function DUF1452  60 
 
 
155 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0895325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1922  protein of unknown function DUF1452  57.39 
 
 
159 aa  154  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.829708  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6412  protein of unknown function DUF1452  56.2 
 
 
152 aa  149  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6107  protein of unknown function DUF1452  56.2 
 
 
146 aa  148  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1464  protein of unknown function DUF1452  56.49 
 
 
135 aa  148  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.136392  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7034  protein of unknown function DUF1452  60.87 
 
 
132 aa  147  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6243  hypothetical protein  59.13 
 
 
153 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.186882  normal  0.931122 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1265  hypothetical protein  51.49 
 
 
162 aa  141  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0835472  normal  0.0149766 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1887  hypothetical protein  49.62 
 
 
149 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.645116  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1145  hypothetical protein  56.36 
 
 
162 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3960  hypothetical protein  59.8 
 
 
159 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0988  protein of unknown function DUF1452  46.67 
 
 
160 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0079  protein of unknown function DUF1452  44.6 
 
 
160 aa  126  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.469341  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2040  protein of unknown function DUF1452  55.96 
 
 
172 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  hitchhiker  0.00000004255 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4128  hypothetical protein  52.94 
 
 
181 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2012  hypothetical protein  55.05 
 
 
158 aa  124  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0102105 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2306  hypothetical protein  67.05 
 
 
136 aa  124  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00866785  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4801  protein of unknown function DUF1452  60.19 
 
 
143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853628  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0074  hypothetical protein  53.21 
 
 
169 aa  123  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.809247  hitchhiker  0.00118298 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4180  hypothetical protein  55.34 
 
 
143 aa  122  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5867  hypothetical protein  44.53 
 
 
173 aa  122  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1697  hypothetical protein  52.89 
 
 
136 aa  123  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3113  hypothetical protein  53.21 
 
 
141 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95899  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4800  hypothetical protein  50 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.060799 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4091  hypothetical protein  57.43 
 
 
142 aa  121  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.672437  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2994  hypothetical protein  43.7 
 
 
148 aa  120  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6293  protein of unknown function DUF1452  48.8 
 
 
148 aa  120  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.298566  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3342  hypothetical protein  52.89 
 
 
154 aa  120  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1416  protein of unknown function DUF1452  51.46 
 
 
168 aa  119  9e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.534453  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2666  hypothetical protein  52.63 
 
 
131 aa  119  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.805383  normal  0.0712153 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0450  hypothetical protein  64.56 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0954224 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0878  hypothetical protein  56.9 
 
 
136 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.498628  normal  0.337584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1801  hypothetical protein  52.38 
 
 
136 aa  118  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.611763  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0387  protein of unknown function DUF1452  51.38 
 
 
189 aa  117  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4318  hypothetical protein  42.65 
 
 
163 aa  116  9e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6150  hypothetical protein  45.59 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374838  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6172  protein of unknown function DUF1452  65.82 
 
 
153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714343  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6797  hypothetical protein  50 
 
 
170 aa  114  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6543  hypothetical protein  48.76 
 
 
168 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.687161  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1288  hypothetical protein  48.76 
 
 
168 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.71134  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0402  hypothetical protein  52.29 
 
 
332 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1925  hypothetical protein  67.09 
 
 
158 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235756  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1870  hypothetical protein  53.33 
 
 
183 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.346041  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1963  hypothetical protein  53.33 
 
 
183 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.801757  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2630  hypothetical protein  47.41 
 
 
124 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.98341  normal  0.332594 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5514  hypothetical protein  50 
 
 
170 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.415748 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4617  hypothetical protein  58.33 
 
 
166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.654735  hitchhiker  0.00475786 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5070  hypothetical protein  45.32 
 
 
199 aa  111  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5349  hypothetical protein  40.58 
 
 
168 aa  111  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36360  hypothetical protein  51.72 
 
 
140 aa  110  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000190615  normal  0.857259 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6778  protein of unknown function DUF1452  39.71 
 
 
155 aa  110  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1999  hypothetical protein  45.05 
 
 
124 aa  104  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0935237  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3464  protein of unknown function DUF1452  51.61 
 
 
140 aa  103  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0272  hypothetical protein  54.55 
 
 
142 aa  101  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1325  hypothetical protein  51.46 
 
 
136 aa  100  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2859  protein of unknown function DUF1452  51.43 
 
 
156 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.471643  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2766  protein of unknown function DUF1452  51.43 
 
 
135 aa  87  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0851587  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8259  protein of unknown function DUF1452  55.88 
 
 
111 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.653302  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2673  hypothetical protein  49.52 
 
 
135 aa  82.8  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2590  protein of unknown function DUF1452  54.41 
 
 
111 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2181  hypothetical protein  66.04 
 
 
85 aa  80.5  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.685529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3461  protein of unknown function DUF1452  45.78 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.126188  hitchhiker  0.000453581 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3036  hypothetical protein  58.14 
 
 
46 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.367965  normal  0.733204 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>