53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6255 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6255  hypothetical protein  100 
 
 
200 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  0.147576 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6550  protein of unknown function DUF1185  86.5 
 
 
200 aa  362  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0260848  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5583  protein of unknown function DUF1185  87 
 
 
200 aa  362  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.565377  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6083  hypothetical protein  86 
 
 
200 aa  360  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6119  hypothetical protein  72.45 
 
 
200 aa  303  9.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.205354  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2217  peptide synthase  71.58 
 
 
195 aa  285  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0532152  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4153  hypothetical protein  68 
 
 
199 aa  284  5.999999999999999e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2480  hypothetical protein  62.5 
 
 
199 aa  266  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2409  hypothetical protein  59.07 
 
 
196 aa  241  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.408733  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2086  hypothetical protein  58.67 
 
 
198 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.234769  normal  0.411891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2259  hypothetical protein  58.67 
 
 
198 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.128222  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2264  hypothetical protein  58.67 
 
 
198 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.966939  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2675  hypothetical protein  58.42 
 
 
196 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3437  hypothetical protein  60 
 
 
196 aa  235  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3231  hypothetical protein  57.37 
 
 
196 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675483  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1966  hypothetical protein  52.94 
 
 
197 aa  210  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0987839  normal  0.289885 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2287  hypothetical protein  53.37 
 
 
196 aa  208  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0119695 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4326  hypothetical protein  53.72 
 
 
201 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.0725647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2521  hypothetical protein  54.21 
 
 
196 aa  206  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5502  protein of unknown function DUF1185  52.11 
 
 
200 aa  198  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106646 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0082  protein of unknown function DUF1185  44.51 
 
 
221 aa  157  7e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0083  protein of unknown function DUF1185  48.31 
 
 
183 aa  149  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2527  protein of unknown function DUF1185  39.33 
 
 
182 aa  118  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1664  hypothetical protein  42.08 
 
 
194 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0369  hypothetical protein  39.44 
 
 
184 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.555873  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2145  protein of unknown function DUF1185  38.83 
 
 
194 aa  106  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2427  hypothetical protein  38.8 
 
 
194 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6724  hypothetical protein  37.36 
 
 
201 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.855191  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6489  hypothetical protein  37.36 
 
 
201 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2129  hypothetical protein  38.12 
 
 
193 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.613913  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0856  hypothetical protein  37.7 
 
 
194 aa  100  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0657  hypothetical protein  38.25 
 
 
194 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452265  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0181  protein of unknown function DUF1185  38.25 
 
 
194 aa  99.8  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.885926  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4326  protein of unknown function DUF1185  38.25 
 
 
194 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.136074  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4214  hypothetical protein  37.97 
 
 
194 aa  99.4  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4065  hypothetical protein  38.8 
 
 
194 aa  99.8  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00340638  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1430  hypothetical protein  35.2 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1060  protein of unknown function DUF1185  37.7 
 
 
194 aa  95.5  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13092  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1665  hypothetical protein  37.57 
 
 
194 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.144766  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5715  protein of unknown function DUF1185  36.76 
 
 
192 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1072  protein of unknown function DUF1185  35.56 
 
 
192 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.573144  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4213  hypothetical protein  34.97 
 
 
194 aa  89.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.199933 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3814  hypothetical protein  36.11 
 
 
181 aa  89.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.249604  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2104  hypothetical protein  33.33 
 
 
192 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.707478  decreased coverage  0.00974706 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3662  hypothetical protein  35.2 
 
 
194 aa  88.6  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal  0.0552159 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0437  hypothetical protein  32.97 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.480916  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0656  hypothetical protein  32.79 
 
 
196 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4325  protein of unknown function DUF1185  32.79 
 
 
196 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532972  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0855  hypothetical protein  32.86 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4066  hypothetical protein  32.84 
 
 
213 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00119297  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0180  protein of unknown function DUF1185  32.34 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0152  protein of unknown function DUF1185  36.59 
 
 
181 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4259  hypothetical protein  32.24 
 
 
181 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090692  hitchhiker  0.000156871 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>