More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5859 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173304  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4988  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.35 
 
 
301 aa  552  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.75 
 
 
318 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
318 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
322 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535373  normal  0.626108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
336 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5739  ABC transporter permease  35 
 
 
318 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
313 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3226  putative sugar ABC transporter, permease protein  35.36 
 
 
310 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
300 aa  169  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0114019  normal  0.0892858 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
310 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0144983  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
435 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631921  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
307 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
320 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
294 aa  161  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
312 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0867066 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
313 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.394829 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
305 aa  160  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
427 aa  160  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000129291  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2171  carbohydrate ABC transporter permease  34.24 
 
 
280 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0580768  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2279  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
286 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  36.84 
 
 
287 aa  159  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2083  carbohydrate ABC transporter permease  33.72 
 
 
286 aa  158  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0183943 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
307 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
324 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  33.11 
 
 
307 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0305  sugar ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 
325 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0474821  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
286 aa  157  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.771132  normal  0.363599 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0280  sugar ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 
325 aa  156  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.511246  normal  0.17987 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
295 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0832027  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
293 aa  154  1e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.215175  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
262 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.772214  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
311 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
301 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
286 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000108841  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
320 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.227719  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
311 aa  152  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
309 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
309 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000282921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7824  putative ABC transporter permease protein  34.03 
 
 
295 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
293 aa  151  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1261  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.22 
 
 
298 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196832  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
318 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
318 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
318 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.177004  normal  0.445691 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
294 aa  150  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  32.97 
 
 
293 aa  150  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
289 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
310 aa  149  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.82 
 
 
312 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
289 aa  149  6e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1755  ABC transporter permease  31.71 
 
 
312 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.576454  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
289 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
289 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
289 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.28 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0634568 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.205446  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  32.97 
 
 
315 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
310 aa  147  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.944367  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  33.7 
 
 
288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0940  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.98 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.235933  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.80505  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.524108  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
296 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
316 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
330 aa  146  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0584633  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
324 aa  145  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
299 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.270687  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
330 aa  145  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
299 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
315 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0566553  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
294 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.23 
 
 
310 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  32.16 
 
 
294 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
306 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.306567  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02940  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.97 
 
 
318 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
306 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000185658  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
293 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.22308 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  31.85 
 
 
317 aa  143  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  32.5 
 
 
322 aa  143  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
300 aa  144  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000378352  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
319 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.84 
 
 
301 aa  143  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
293 aa  143  4e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>