64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5570 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5570  putative transmembrane protein  100 
 
 		 317 aa  615  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0431678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3714  putative transmembrane protein  89.37 
 
 		 322 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1941  hypothetical protein  40.83 
 
 		 315 aa  213  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3565  hypothetical protein  39.32 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0090  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.07 
 
 		 326 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0082  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.41 
 
 		 326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1369  hypothetical protein  29.7 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1305  putative transmembrane protein  29.61 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.508017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2029  hypothetical protein  31.82 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0982031  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1460  hypothetical protein  27.95 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1996  hypothetical protein  30.33 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269533  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6081  hypothetical protein  30.33 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2016  hypothetical protein  30.67 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.558153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1315  hypothetical protein  29.39 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4763  inner membrane protein YtfF  31.29 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2052  hypothetical protein  30.23 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0439765  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2409  integral membrane protein  30.55 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.246175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2556  integral membrane protein  30.55 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2029  hypothetical protein  30.55 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.827093  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1529  hypothetical protein  30.55 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.326947  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2463  integral membrane protein  30.55 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.126131  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5306  hypothetical protein  30.52 
 
 		 327 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.146478 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3283  hypothetical protein  30.23 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.793801  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1300  hypothetical protein  30.23 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1857  transmembrane protein  27.78 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4678  inner membrane protein YtfF  31.29 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.121802  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4668  inner membrane protein YtfF  31.29 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4818  hypothetical protein  31.29 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.451451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4798  inner membrane protein YtfF  30.95 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2432  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.02 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532838  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1898  hypothetical protein  30.13 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1271  hypothetical protein  30.19 
 
 		 327 aa  99.4  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1748  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.28 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0355136 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1705  DMT family permease  30.23 
 
 		 325 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3644  hypothetical protein  28 
 
 		 347 aa  95.9  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379203  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1428  hypothetical protein  27.81 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0113552  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1280  hypothetical protein  29.65 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162856  normal  0.301034 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0510  hypothetical protein  28.57 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00686238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0952  hypothetical protein  34.73 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.330098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4751  hypothetical protein  27.78 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.289249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3796  hypothetical protein  27.78 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0293258  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04082  predicted inner membrane protein  27.78 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0217591  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04045  hypothetical protein  27.78 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0233  putative integral membrane transmembrane protein  29.31 
 
 		 326 aa  89  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5727  hypothetical protein  27.45 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.229908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4689  hypothetical protein  27.78 
 
 		 321 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.16874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4779  hypothetical protein  27.78 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00613349  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4464  hypothetical protein  27.78 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577375  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3783  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.78 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.242799  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2538  hypothetical protein  27.36 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3880  hypothetical protein  27.87 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1790  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.42 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2508  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.01 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1897  hypothetical protein  28.19 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.45 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.633325  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0381  hypothetical protein  26.64 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.822543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0911  hypothetical protein  26.48 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1288  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.27 
 
 		 327 aa  75.9  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1392  hypothetical protein  28.19 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2678  hypothetical protein  27.05 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3016  putative transmembrane protein  26.58 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04617  integral membrane protein  28.46 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.938571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0727  hypothetical protein  26.56 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563319  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_002620  TC0303  hypothetical protein  21.14 
 
 		 341 aa  46.2  0.0006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.277394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>