More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5508 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5508  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 158 aa  324  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  54.41 
 
 		 168 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  53.68 
 
 		 164 aa  147  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  54.41 
 
 		 168 aa  147  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  53.73 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  50.74 
 
 		 153 aa  142  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 182 aa  134  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  43.94 
 
 		 145 aa  93.6  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.24 
 
 		 164 aa  86.3  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  38.52 
 
 		 144 aa  84.3  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  40.65 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  37.61 
 
 		 141 aa  77.4  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 145 aa  75.9  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3902  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 156 aa  74.7  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  36.59 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 162 aa  73.9  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 327 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  34.17 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  34.06 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 322 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.6 
 
 		 156 aa  68.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 311 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 291 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 311 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 311 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2902  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000233249  hitchhiker  0.0000148724 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 311 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 300 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 346 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 148 aa  67  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 146 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 146 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 146 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 158 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  39.53 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5736  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.756773 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 330 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 335 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 315 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 291 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 291 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 678 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 301 aa  65.1  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 293 aa  65.1  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.62 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 143 aa  64.7  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 284 aa  64.7  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 301 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 290 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 291 aa  64.3  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 		 303 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 291 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  38.55 
 
 		 306 aa  63.9  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  35.83 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00320  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  39.77 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0325  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7719  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  36.63 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>