30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5454 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5454  hypothetical protein  100 
 
 
289 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.806789  normal  0.501577 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6339  hypothetical protein  87.54 
 
 
289 aa  517  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6554  hypothetical protein  55.28 
 
 
281 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0145506  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01415  hypothetical protein  50.36 
 
 
307 aa  268  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.134141  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2054  hypothetical protein  50.88 
 
 
310 aa  266  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.627069  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0082  hypothetical protein  47.96 
 
 
281 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0911  hypothetical protein  50.73 
 
 
300 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  0.442547 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1303  hypothetical protein  47.75 
 
 
300 aa  255  6e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.138879  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4573  hypothetical protein  46.55 
 
 
293 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0767452  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5649  hypothetical protein  53.24 
 
 
230 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00621516  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0654  hypothetical protein  41.99 
 
 
312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.163272  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1931  hypothetical protein  42.35 
 
 
306 aa  219  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0508  hypothetical protein  41.28 
 
 
312 aa  218  7e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.647298  normal  0.0833781 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0787  hypothetical protein  41.64 
 
 
312 aa  218  1e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.251982  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3139  hypothetical protein  38.3 
 
 
305 aa  211  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3270  hypothetical protein  38.35 
 
 
303 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1285  abortive infection protein AbiGII  29.48 
 
 
281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0680  hypothetical protein  28.74 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4516  hypothetical protein  31.76 
 
 
283 aa  107  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2876  hypothetical protein  35.65 
 
 
287 aa  107  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5578  hypothetical protein  31.91 
 
 
303 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0557  hypothetical protein  29.44 
 
 
285 aa  98.6  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000428757 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1070  hypothetical protein  30 
 
 
299 aa  69.3  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11069  hypothetical protein  33.57 
 
 
251 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.204604 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3282  hypothetical protein  30.94 
 
 
299 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3734  hypothetical protein  44.83 
 
 
62 aa  56.2  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3086  hypothetical protein  26.79 
 
 
319 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25040  protein of unknown function (DUF1814)  30.14 
 
 
302 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2871  hypothetical protein  26.63 
 
 
524 aa  42.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4251  Domain of unknown function DUF1814  26.49 
 
 
537 aa  42.4  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.176604  normal  0.224045 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>