More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5345 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5345  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  796    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.040092  normal  0.403221 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  37.98 
 
 
383 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 
392 aa  229  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  34.28 
 
 
384 aa  189  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2636  Extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 
422 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
394 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2793  Extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
412 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0849253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4381  Extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 
407 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 
390 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6099  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
398 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
376 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
419 aa  151  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  30.11 
 
 
392 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 
371 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
399 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.11 
 
 
396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
384 aa  130  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
402 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
390 aa  125  9e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
381 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
386 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.61 
 
 
404 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
404 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.67 
 
 
388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
384 aa  117  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
386 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 
389 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
373 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.18 
 
 
391 aa  110  3e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
370 aa  110  6e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
396 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.12 
 
 
399 aa  110  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
381 aa  109  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.99 
 
 
391 aa  109  9.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.29 
 
 
373 aa  109  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
380 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
397 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
376 aa  107  5e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.05 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
373 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
373 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
373 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
373 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
373 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
370 aa  103  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.8 
 
 
374 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
374 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
405 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
388 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.59 
 
 
402 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
384 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
381 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.53 
 
 
382 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
377 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
400 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
401 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
371 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
375 aa  100  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
387 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
371 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
382 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
381 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
371 aa  98.2  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
370 aa  98.6  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
375 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
393 aa  97.4  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
381 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
387 aa  97.1  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
371 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
382 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
368 aa  95.5  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  27.33 
 
 
377 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
375 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
382 aa  95.5  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
401 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
385 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 
395 aa  94  4e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  27.14 
 
 
379 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  27.14 
 
 
379 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
401 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.58 
 
 
380 aa  94  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
379 aa  94  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
372 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  27.14 
 
 
379 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
393 aa  93.6  5e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
409 aa  93.6  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.14 
 
 
377 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
382 aa  93.6  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>