More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5234 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5234  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  711    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0793  hypothetical protein  48.82 
 
 		 348 aa  294  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1228  hypothetical protein  45.92 
 
 		 338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2449  hypothetical protein  47.32 
 
 		 338 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00490145  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1044  protein of unknown function UPF0118  43.08 
 
 		 345 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3619  hypothetical protein  39.4 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542852  normal  0.0156067 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  28.7 
 
 		 344 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  29.17 
 
 		 344 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  28.4 
 
 		 344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  28.4 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  28.4 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  28.4 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4788  hypothetical protein  32.77 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  30.15 
 
 		 360 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  30.79 
 
 		 350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1118  transport protein  29.65 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  28 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1640  transport protein  26.2 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2996  hypothetical protein  36.31 
 
 		 414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.229433 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3345  hypothetical protein  36.9 
 
 		 432 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2437  hypothetical protein  28.28 
 
 		 341 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.705178  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  29.34 
 
 		 344 aa  106  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1675  putative transport protein  29.34 
 
 		 344 aa  107  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01570  predicted inner membrane protein  29.34 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  29.34 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1787  putative transport protein  29.34 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.619529  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  29.34 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  29.34 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3659  hypothetical protein  36.75 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0638108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1808  putative transport protein  29.34 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  27.99 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  27.99 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0172  hypothetical protein  33.33 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000263309  normal  0.0370984 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  27.99 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  26.93 
 
 		 370 aa  103  4e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2014  hypothetical protein  36.21 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2009  hypothetical protein  36.21 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  29.21 
 
 		 350 aa  103  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1598  putative transport protein  28.44 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3864  hypothetical protein  33.71 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285096  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  26.22 
 
 		 354 aa  100  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1957  hypothetical protein  29.71 
 
 		 354 aa  99.8  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.654804  normal  0.114361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  36.48 
 
 		 405 aa  97.8  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  32.1 
 
 		 359 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  31.87 
 
 		 349 aa  97.1  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  32.1 
 
 		 359 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  32.1 
 
 		 359 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  26.61 
 
 		 644 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  25.6 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  30.14 
 
 		 345 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3908  hypothetical protein  27.14 
 
 		 383 aa  92.8  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  29.95 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  31.66 
 
 		 369 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2070  hypothetical protein  31.61 
 
 		 348 aa  90.9  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  31.16 
 
 		 358 aa  90.9  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23200  predicted permease  25.31 
 
 		 398 aa  90.5  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  31.16 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  31.16 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  31.16 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  25.5 
 
 		 801 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1150  hypothetical membrane spanning protein  27.5 
 
 		 376 aa  89.7  7e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2517  hypothetical protein  30.9 
 
 		 361 aa  89.7  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3774  inner membrane protein YhhT  29.44 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.505829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3894  hypothetical protein  29.44 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3784  inner membrane protein YhhT  29.44 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0123  hypothetical protein  28.71 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0266583  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  25 
 
 		 782 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3954  inner membrane protein YhhT  29.44 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  30.11 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  25.74 
 
 		 663 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  30.65 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3067  hypothetical protein  34.93 
 
 		 354 aa  87.4  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722131  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  31.82 
 
 		 420 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1020  hypothetical protein  27 
 
 		 344 aa  87.8  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  30.15 
 
 		 368 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4853  protein of unknown function UPF0118  28.98 
 
 		 359 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  31.19 
 
 		 372 aa  87  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  30.15 
 
 		 368 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  30.15 
 
 		 368 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  31.16 
 
 		 368 aa  87  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  26.25 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  30.2 
 
 		 404 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  32.67 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  29.06 
 
 		 406 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0006  membrane protein  32.35 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  25.98 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  32.67 
 
 		 434 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  26.43 
 
 		 662 aa  83.2  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3065  hypothetical protein  22.64 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.499692  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  32.54 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  32.54 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>