38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5197 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5197  cation efflux protein  100 
 
 		 341 aa  686    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0750922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2938  cation diffusion facilitator family transporter  61.56 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.197596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2130  cation efflux protein  60.06 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.052432  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1227  cation efflux protein  55.34 
 
 		 319 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.873181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1256  cation efflux protein  55.34 
 
 		 319 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.274158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3985  cation efflux protein  56.31 
 
 		 319 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.561091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4191  cation efflux protein  54.05 
 
 		 319 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2718  cation efflux protein  55.66 
 
 		 317 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3086  cation diffusion facilitator family transporter  57.14 
 
 		 308 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0625445  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0225  cation diffusion facilitator family transporter  49.84 
 
 		 370 aa  299  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0856806  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2043  hypothetical protein  40.79 
 
 		 303 aa  265  8e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2041  hypothetical protein  40.13 
 
 		 303 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0350  cation diffusion facilitator family transporter  39.94 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0122115 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1766  cation diffusion facilitator family transporter  39.42 
 
 		 312 aa  235  7e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000394316  hitchhiker  0.00956613 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1607  cation diffusion facilitator family transporter  39.42 
 
 		 312 aa  235  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0711616  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1502  cation diffusion facilitator family transporter  38.78 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000419943  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37230  cation diffusion facilitator family transporter  43.52 
 
 		 320 aa  232  7.000000000000001e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0128  cation diffusion facilitator family transporter  37.5 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00780296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2392  cation diffusion facilitator family transporter  36.81 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.546441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0558  cation efflux protein  33.66 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000438262  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2127  cation diffusion facilitator family transporter  30.29 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1226  cation diffusion facilitator family transporter  26.97 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1874  cation efflux family protein  23.27 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0135582  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2169  cation diffusion facilitator family transporter  22.8 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2240  cation diffusion facilitator family transporter  23.86 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.178806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0401  hypothetical protein  31.15 
 
 		 317 aa  99.8  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.414063  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2193  cation diffusion facilitator family transporter  21.7 
 
 		 323 aa  82.4  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001476  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  25.64 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.320249  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05417  hypothetical protein  26.15 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0337  cation efflux protein  24.8 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1043  putative cation efflux pump  26.32 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2062  hypothetical protein  22.26 
 
 		 305 aa  49.7  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00314891 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20770  cation diffusion facilitator family transporter  29.7 
 
 		 380 aa  46.2  0.0009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.799337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1615  cation transporter, permease component  22.18 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0151047  normal  0.0448748 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1049  putative Co/Zn/Cd cation transporter  26.21 
 
 		 302 aa  44.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0088  cation diffusion facilitator family transporter  21.38 
 
 		 300 aa  43.5  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3467  cation diffusion facilitator family transporter  28.76 
 
 		 300 aa  42.7  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0970  cation diffusion facilitator family transporter  26.35 
 
 		 390 aa  42.7  0.009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000558459  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>