More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4939 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4939  exsB protein  100 
 
 		 236 aa  485  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.232618  normal  0.449143 
 
 
-
 
NC_004310  BR1972  exsB protein  81.94 
 
 		 232 aa  374  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1897  exsB protein  82.38 
 
 		 232 aa  376  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3719  succinoglycan biosynthesis regulator  79.15 
 
 		 235 aa  374  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1010  exsB protein  79.37 
 
 		 232 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3493  exsB protein  77.87 
 
 		 236 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3788  exsB protein  78.3 
 
 		 236 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4053  exsB protein  78.03 
 
 		 232 aa  352  4e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4185  exsB protein  74.44 
 
 		 233 aa  350  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303394  normal  0.206688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2047  ExsB  73.09 
 
 		 233 aa  342  2.9999999999999997e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0106  exsB protein  49.31 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2885  exsB protein  45.16 
 
 		 218 aa  214  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.937408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02725  putative regulator protein  46.54 
 
 		 218 aa  211  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2937  exsB protein  45.16 
 
 		 219 aa  208  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.019832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1099  exsB protein  45.66 
 
 		 221 aa  208  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2420  exsB protein  50.23 
 
 		 243 aa  207  9e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.107202 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2961  exsB protein  45.62 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0861  exsB protein  50.72 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1310  exsB protein  47.71 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1885  exsB protein  47.53 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2105  exsB protein  41.01 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266539 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0191  exsB protein  42.41 
 
 		 221 aa  191  9e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2038  ExsB  44.7 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1097  exsB protein  42.66 
 
 		 217 aa  185  4e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.176063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0657  exsB protein  39.74 
 
 		 237 aa  158  7e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3105  exsB protein  39.37 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4192  exsB protein  40.81 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3989  exsB protein  40.81 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1226  exsB protein  40.36 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.861838 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1207  exsB protein  39.38 
 
 		 223 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000226628  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2210  exsB protein  40.18 
 
 		 222 aa  143  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0149  ExsB  41.78 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1419  ExsB  39.01 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3115  exsB protein  40.54 
 
 		 221 aa  141  9e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543639  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2238  ExsB  40.74 
 
 		 226 aa  141  9e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1107  transcriptional regulator  39.91 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000696721  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3968  exsB protein  39.01 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1255  exsB protein  39.91 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0998  exsB protein  39.91 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.519707  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1877  exsB protein  38.22 
 
 		 222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2602  ExsB  38.14 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.175115  normal  0.073954 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21651  ATPase  37.56 
 
 		 225 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.328104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0068  exsB protein  39.38 
 
 		 229 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0069  exsB protein  39.38 
 
 		 229 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.955333 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1766  exsB protein  37.83 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43675 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0284  exsB protein  36.12 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.106122 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0798  ExsB  39.82 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.126082  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4716  exsB protein  36.84 
 
 		 224 aa  137  1e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.56017  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1293  ExsB  37.09 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4398  ExsB  39.46 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.323025  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0901  ExsB  38.77 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000228539  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1355  ExsB  39.46 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.748  normal  0.236246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2525  ExsB protein  39.21 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.228651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51670  hypothetical protein  38.12 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000703334  hitchhiker  0.000657127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0570  exsB protein  40.89 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.087272  normal  0.978313 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18241  PP-loop superfamily ATPase  34.98 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0777  ExsB  38.53 
 
 		 259 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3217  exsB protein  37.78 
 
 		 233 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808637  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0771  ExsB family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.698325 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2002  exsB protein  36.97 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3693  exsB protein  38.5 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1281  exsB protein  38.57 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.691809  normal  0.984121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0687  exsB protein  39.73 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.877386  normal  0.37979 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0436  exsB protein  37.05 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0043011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2372  exsB protein  39.29 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.252368  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2179  queuosine biosynthesis protein  37.95 
 
 		 244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2202  queuosine biosynthesis protein QueC  37.95 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.887956  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4532  hypothetical protein  36.77 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0731  exsB protein  39.73 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.372152  normal  0.140663 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1288  exsB protein  37.22 
 
 		 226 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.158784  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2362  ExsB  37.28 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000048435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1404  exsB protein  39.38 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.900241  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3788  exsB protein  37.17 
 
 		 225 aa  132  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29671  ATPase  38.25 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36600  ExsB protein  41.26 
 
 		 224 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433901  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1317  exsB protein  36.15 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12660  exsB protein  40.43 
 
 		 240 aa  132  6e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2027  exsB protein  36.49 
 
 		 225 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.769285 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4046  exsB protein  37.33 
 
 		 228 aa  131  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.346738  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18821  ATPase  34.93 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1942  exsB protein  37.89 
 
 		 244 aa  131  9e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.243954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01572  ExsB protein  41.44 
 
 		 224 aa  131  9e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.779183  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0738  putative signal peptide protein  38.57 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.593438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0496  exsB protein  36 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0539  exsB protein  38.77 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.268202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2225  ExsB ATPase  38.84 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18821  ATPase  34.6 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.855612  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2833  ExsB  36.77 
 
 		 220 aa  129  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.106215 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2982  putative transcriptional regulator  36.89 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2335  ExsB  38.22 
 
 		 229 aa  128  6e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000753404  normal  0.063598 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19011  ATPase  34.12 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.422849  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0028  exsB protein  35.38 
 
 		 216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1784  ExsB  34.13 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.115928  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2342  exsB protein  34.68 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2672  ExsB  39.29 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00821244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1957  ExsB  36.68 
 
 		 241 aa  126  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115438  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1355  exsB protein  35.71 
 
 		 222 aa  126  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000618958  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2710  ExsB  39.47 
 
 		 232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3075  ExsB  37.78 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0520876  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1233  exsB protein  38.39 
 
 		 223 aa  124  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.583286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>