35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4757 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4757  hypothetical protein  100 
 
 
149 aa  291  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.13862  normal  0.0394716 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5607  hypothetical protein  56.06 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000835416 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1782  hypothetical protein  42.36 
 
 
151 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0429  hypothetical protein  42.36 
 
 
151 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.055069  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0258  hypothetical protein  43.88 
 
 
153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2708  hypothetical protein  38.26 
 
 
173 aa  82  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1447  hypothetical protein  34.31 
 
 
159 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1387  membrane protein  34.07 
 
 
195 aa  76.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2790  hypothetical protein  29.93 
 
 
173 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.49529 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1488  hypothetical protein  28.99 
 
 
180 aa  70.5  0.000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2915  hypothetical protein  27.92 
 
 
154 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.39688 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3478  hypothetical protein  33.33 
 
 
175 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1786  hypothetical protein  38.17 
 
 
142 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.913708  hitchhiker  0.00540789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2828  hypothetical protein  32.62 
 
 
142 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1955  hypothetical protein  34.45 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.220825  normal  0.605963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3614  hypothetical protein  35.25 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.66214  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3688  hypothetical protein  38.14 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.292524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3111  hypothetical protein  34.68 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3826  hypothetical protein  32.74 
 
 
171 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.492638 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1428  hypothetical protein  36.54 
 
 
170 aa  60.1  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.536406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2301  hypothetical protein  31.11 
 
 
142 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576316  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0782  succinate dehydrogenase cytochrome b subunit family protein  34.59 
 
 
141 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2316  hypothetical protein  34.15 
 
 
164 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.614466  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3848  hypothetical protein  33.06 
 
 
160 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2820  membrane protein-like protein  32.81 
 
 
175 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0157  hypothetical protein  32.73 
 
 
160 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.486831  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2153  hypothetical protein  27.33 
 
 
153 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4597  conserved hypothetical conserved membrane protein  61.54 
 
 
39 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01474  membrane protein-like protein  31.4 
 
 
156 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11160  hypothetical protein  32.79 
 
 
165 aa  48.9  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3788  hypothetical protein  33.93 
 
 
146 aa  45.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15952  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3895  hypothetical protein  30.43 
 
 
186 aa  45.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2265  membrane protein-like protein  28.57 
 
 
152 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.560629  normal  0.0217418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2844  hypothetical protein  31.82 
 
 
141 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.279762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33460  hypothetical protein  34.51 
 
 
141 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.24564  normal  0.0632738 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>