More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4501 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004311  BRA0443  glycerol kinase  70.65 
 
 
498 aa  742    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.59607  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3316  glycerol kinase  75.6 
 
 
497 aa  773    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307354  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4501  glycerol kinase  100 
 
 
497 aa  1019    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.212836 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0281  glycerol kinase  64.39 
 
 
519 aa  662    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.512898  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2662  glycerol kinase  63.62 
 
 
493 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1239  glycerol kinase  65.99 
 
 
502 aa  680    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0386  glycerol kinase  71.05 
 
 
498 aa  745    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.791585  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1763  glycerol kinase  66.33 
 
 
501 aa  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.197449  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3683  glycerol kinase  67.21 
 
 
489 aa  681    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.625574  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2231  glycerol kinase  64.98 
 
 
529 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.633532  normal  0.0750986 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3544  glycerol kinase  66.4 
 
 
500 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.303428  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0360  glycerol kinase  64.59 
 
 
503 aa  669    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7067  glycerol kinase  65.59 
 
 
500 aa  672    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.417411 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4226  glycerol kinase  66.13 
 
 
500 aa  651    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0545781  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3440  glycerol kinase  65.17 
 
 
494 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.382167  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1598  glycerol kinase  72.38 
 
 
500 aa  759    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1966  glycerol kinase  66.74 
 
 
507 aa  684    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225206  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6463  glycerol kinase  67.4 
 
 
500 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.977008  normal  0.690577 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5976  glycerol kinase  68.01 
 
 
500 aa  711    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2618  glycerol kinase  64.37 
 
 
495 aa  667    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4386  glycerol kinase  64.17 
 
 
496 aa  666    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365616  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3420  glycerol kinase  66.05 
 
 
519 aa  679    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1200  glycerol kinase  63.41 
 
 
493 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.279675  normal  0.769167 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2859  glycerol kinase  79.19 
 
 
497 aa  836    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.298483  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3131  glycerol kinase  79.19 
 
 
497 aa  833    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.259303  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1320  glycerol kinase  63.82 
 
 
493 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.254425  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2809  glycerol kinase  61.91 
 
 
497 aa  615  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.507542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1564  glycerol kinase  60.04 
 
 
494 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3345  glycerol kinase  60.24 
 
 
495 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18010  putative glycerol kinase  59.76 
 
 
494 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00302845  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2104  glycerol kinase  58.35 
 
 
501 aa  607  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.235028  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00242  probable carbohydrate kinase  57.61 
 
 
494 aa  595  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2319  glycerol kinase  58.01 
 
 
493 aa  597  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160007  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3533  glycerol kinase  57.96 
 
 
497 aa  594  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2704  glycerol kinase  59.23 
 
 
497 aa  588  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3953  glycerol kinase  56.91 
 
 
494 aa  587  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1011  glycerol kinase  55.62 
 
 
501 aa  582  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00463589  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1141  glycerol kinase  55.82 
 
 
514 aa  583  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.125497  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2522  glycerol kinase  58.79 
 
 
505 aa  579  1e-164  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1020  glycerol kinase  56.28 
 
 
497 aa  580  1e-164  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2845  glycerol kinase  56.71 
 
 
501 aa  575  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000107322  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0284  glycerol kinase  55.28 
 
 
498 aa  575  1.0000000000000001e-163  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1359  glycerol kinase  55.35 
 
 
498 aa  577  1.0000000000000001e-163  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00195196  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1385  glycerol kinase  55.35 
 
 
498 aa  577  1.0000000000000001e-163  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0514122  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0867  glycerol kinase  54.55 
 
 
499 aa  572  1.0000000000000001e-162  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.111674  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0437  glycerol kinase  57.55 
 
 
520 aa  574  1.0000000000000001e-162  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000112542  decreased coverage  0.00471602 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0948  glycerol kinase  54.84 
 
 
496 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000269449  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3533  glycerol kinase  57.72 
 
 
499 aa  562  1.0000000000000001e-159  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.904687  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1029  glycerol kinase  57.14 
 
 
496 aa  563  1.0000000000000001e-159  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.21153 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1322  glycerol kinase  54.18 
 
 
496 aa  558  1e-158  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.537601  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2762  glycerol kinase  57.23 
 
 
496 aa  556  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161395  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0947  glycerol kinase  54.12 
 
 
496 aa  556  1e-157  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000337015  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0938  glycerol kinase  54.12 
 
 
496 aa  556  1e-157  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000262863  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1066  glycerol kinase  53.72 
 
 
496 aa  555  1e-157  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000818027  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1106  glycerol kinase  54.12 
 
 
496 aa  556  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23662e-43 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2150  glycerol kinase  55.85 
 
 
496 aa  555  1e-157  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1364  glycerol kinase  53.77 
 
 
496 aa  557  1e-157  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1195  glycerol kinase  54.12 
 
 
496 aa  556  1e-157  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000355688  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2675  glycerol kinase  53.82 
 
 
498 aa  552  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.732872  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0960  glycerol kinase  53.92 
 
 
496 aa  555  1e-156  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0226948  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1268  glycerol kinase  54.84 
 
 
496 aa  552  1e-156  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000199841  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1026  glycerol kinase  53.92 
 
 
496 aa  555  1e-156  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000330334  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4233  glycerol kinase  53.72 
 
 
496 aa  554  1e-156  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000910223  decreased coverage  0.00000000961259 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1465  glycerol kinase  56.28 
 
 
505 aa  553  1e-156  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0252  glycerol kinase  55.56 
 
 
497 aa  552  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0912912  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0807  glycerol kinase  53.72 
 
 
496 aa  551  1e-155  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000315642  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0727  glycerol kinase  54.1 
 
 
513 aa  550  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000015647 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2688  glycerol kinase  55.6 
 
 
496 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03811  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4059  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5381  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4366  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.569877 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0100  glycerol kinase  53.47 
 
 
507 aa  543  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4408  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  544  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0055  glycerol kinase  56.59 
 
 
501 aa  544  1e-153  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0101  glycerol kinase  53.47 
 
 
507 aa  543  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4047  glycerol kinase  53.75 
 
 
502 aa  544  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0410  glycerol kinase  53.75 
 
 
497 aa  541  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4460  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0246  glycerol kinase  54.19 
 
 
501 aa  544  1e-153  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4681  glycerol kinase  53.54 
 
 
494 aa  542  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.648243  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03760  hypothetical protein  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4092  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0341  glycerol kinase  54.16 
 
 
495 aa  545  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.424974  normal  0.511119 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4113  glycerol kinase  53.47 
 
 
507 aa  543  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4157  glycerol kinase  53.35 
 
 
502 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4485  glycerol kinase  53.14 
 
 
502 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4798  glycerol kinase  52.94 
 
 
502 aa  539  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000311367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2213  glycerol kinase  53.58 
 
 
516 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256504  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2009  glycerol kinase  55.71 
 
 
495 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.904533  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0809  glycerol kinase  54.95 
 
 
497 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.344576 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4415  glycerol kinase  53.14 
 
 
502 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4332  glycerol kinase  53.14 
 
 
502 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0533738  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4302  glycerol kinase  53.14 
 
 
502 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2002  glycerol kinase  52.86 
 
 
500 aa  539  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0078  glycerol kinase  53.25 
 
 
507 aa  539  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503423  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4417  glycerol kinase  53.14 
 
 
502 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0906  glycerol kinase  52.76 
 
 
503 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2067  glycerol kinase  52.66 
 
 
500 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.469281  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1063  glycerol kinase  54.14 
 
 
503 aa  536  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0902987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>