52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4388 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4388  hypothetical protein  100 
 
 
365 aa  731    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6115  hypothetical protein  80.68 
 
 
353 aa  584  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3632  hypothetical protein  82.52 
 
 
363 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3332  hypothetical protein  79.18 
 
 
363 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.643264  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0459  hypothetical protein  73.96 
 
 
360 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2112  hypothetical protein  73.96 
 
 
360 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0312  hypothetical protein  75.71 
 
 
364 aa  511  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2380  hypothetical protein  77.29 
 
 
361 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1706  hypothetical protein  65.62 
 
 
355 aa  455  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1465  hypothetical protein  68.36 
 
 
353 aa  454  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1419  hypothetical protein  69.93 
 
 
319 aa  427  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2194  hypothetical protein  62.97 
 
 
348 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0136744  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2044  hypothetical protein  58.06 
 
 
355 aa  385  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0961  hypothetical protein  58.33 
 
 
350 aa  385  1e-106  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.107414  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0244  hypothetical protein  54.9 
 
 
348 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2476  hypothetical protein  55.78 
 
 
339 aa  311  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1007  hypothetical protein  49.12 
 
 
333 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0770  hypothetical protein  46.48 
 
 
355 aa  300  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1787  hypothetical protein  46.48 
 
 
355 aa  300  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0307879 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0764  hypothetical protein  46.76 
 
 
355 aa  300  3e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.599399  normal  0.114508 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1846  hypothetical protein  45.59 
 
 
341 aa  292  6e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5505  hypothetical protein  48.23 
 
 
359 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.324013  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4653  hypothetical protein  47.16 
 
 
359 aa  288  8e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.219524  normal  0.625872 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2516  hypothetical protein  46.79 
 
 
354 aa  288  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0076  hypothetical protein  45.94 
 
 
362 aa  281  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000415937  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0358  hypothetical protein  44.41 
 
 
324 aa  271  1e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0783627  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3310  hypothetical protein  42.43 
 
 
380 aa  266  5.999999999999999e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0534  hypothetical protein  46.45 
 
 
345 aa  265  8e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0740403  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0472  hypothetical protein  46.15 
 
 
345 aa  263  3e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02894  hypothetical protein  45.43 
 
 
341 aa  257  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0017  hypothetical protein  44.84 
 
 
325 aa  256  5e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3191  protein of unknown function DUF475  46.53 
 
 
383 aa  256  6e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0757781  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3015  hypothetical protein  42.19 
 
 
379 aa  253  5.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000228142  decreased coverage  0.0000469398 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33950  hypothetical protein  44.13 
 
 
419 aa  250  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  0.695383 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4752  protein of unknown function DUF475  41.09 
 
 
380 aa  247  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1056  hypothetical protein  42.59 
 
 
422 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.969674 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3676  hypothetical protein  42.01 
 
 
390 aa  246  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4201  protein of unknown function DUF475  45.9 
 
 
364 aa  243  5e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1294  hypothetical protein  46.18 
 
 
355 aa  243  5e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1193  hypothetical protein  48.25 
 
 
339 aa  241  2e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.622103  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0047  hypothetical protein  41.74 
 
 
348 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2489  protein of unknown function DUF475  44.31 
 
 
374 aa  229  6e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.384164  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13660  hypothetical protein  44.51 
 
 
365 aa  222  8e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00606112 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2208  hypothetical protein  36.42 
 
 
356 aa  184  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0346  hypothetical protein  32.21 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1629  hypothetical protein  33.56 
 
 
307 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.458622  normal  0.0210196 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1043  hypothetical protein  31.23 
 
 
294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.3637 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2120  hypothetical protein  31.95 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1635  hypothetical protein  30.57 
 
 
323 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1726  hypothetical protein  31.73 
 
 
255 aa  47.4  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.185755  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1856  Integral membrane protein TerC  31.07 
 
 
266 aa  46.6  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00332833  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2770  Integral membrane protein TerC  33.68 
 
 
255 aa  45.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>