More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4060 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4060  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 552 aa  1112    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1237  putative signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.232329  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0973  putative signal transduction histidine kinase  25.18 
 
 		 592 aa  100  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0709163  normal  0.0408636 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3354  histidine kinase  26.46 
 
 		 555 aa  83.2  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  29.41 
 
 		 492 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  29.41 
 
 		 463 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  29.41 
 
 		 463 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  29.41 
 
 		 492 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 492 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  29.41 
 
 		 492 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  29.41 
 
 		 492 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1242  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000812126  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4896  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 		 517 aa  73.9  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0133704  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2634  histidine kinase  28.87 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000175326  hitchhiker  0.00557176 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 387 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0173853  decreased coverage  0.000998378 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3069  histidine kinase  25.76 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0020907  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1317  sensory box sensor histidine kinase  25.38 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1562  sensor histidine kinase  28.64 
 
 		 351 aa  72  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000749794  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1494  sensor histidine kinase  29.61 
 
 		 351 aa  72  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000467986  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1600  sensor histidine kinase  29.13 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000696667  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3850  sensor histidine kinase  29.61 
 
 		 351 aa  72  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000154691  hitchhiker  0.000000000165716 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1286  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.76 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000249738  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0440  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 		 795 aa  71.2  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1362  histidine kinase  29.13 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0117705  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5809  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.250191 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3261  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 		 463 aa  70.5  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0443  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 795 aa  70.5  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.351986  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 795 aa  70.5  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 748 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  25.75 
 
 		 458 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  27.03 
 
 		 515 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  27.23 
 
 		 463 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  27.83 
 
 		 1809 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1347  sensor histidine kinase  28.64 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.31288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1321  sensor histidine kinase  28.64 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375238  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1320  sensor histidine kinase  28.64 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00123004  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2580  histidine kinase  28.91 
 
 		 422 aa  68.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.880661  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1456  sensor histidine kinase  28.64 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00592106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1530  sensor histidine kinase  28.64 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.90364e-25 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0073  Histidine kinase  29.82 
 
 		 409 aa  69.3  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2838  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.38 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.209887 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1201  histidine kinase  27.32 
 
 		 566 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 1168 aa  67  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07820  putative histidine kinase  28.04 
 
 		 797 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0365473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 		 546 aa  67  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02360  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarP (NarL)  27.32 
 
 		 566 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3690  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.32 
 
 		 566 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2598  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.32 
 
 		 566 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2748  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.32 
 
 		 566 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.560652  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02322  hypothetical protein  27.32 
 
 		 566 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147876  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2615  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.32 
 
 		 566 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.538567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1208  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.32 
 
 		 566 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 		 373 aa  66.6  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1955  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 		 374 aa  65.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.630058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  25 
 
 		 1093 aa  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4793  cyclic nucleotide-binding protein  27.1 
 
 		 795 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1567  histidine kinase  29.33 
 
 		 452 aa  65.1  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21830  histidine kinase  28.1 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00305219  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0744  sensory box histidine kinase  28.04 
 
 		 799 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13864  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  26.87 
 
 		 495 aa  64.7  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3230  histidine kinase  31.58 
 
 		 1033 aa  64.7  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.704109  normal  0.047539 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1587  sensor protein  25.46 
 
 		 493 aa  64.3  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.234957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.38 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2624  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.84 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2673  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.84 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2739  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.84 
 
 		 566 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4276  histidine kinase  29.05 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574796  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2846  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.84 
 
 		 566 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5549  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.96 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.441753  normal  0.532681 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2713  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.84 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.774679 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04460  two-component system sensor protein  26.69 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0748  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.279755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1983  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 		 469 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1874  histidine kinase  28.44 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.23 
 
 		 603 aa  63.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6699  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 621 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 		 456 aa  63.2  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2964  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.84 
 
 		 564 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.551015 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0647  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.27 
 
 		 570 aa  63.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.469097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 665 aa  63.5  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0699  histidine kinase  24.32 
 
 		 526 aa  62.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00253859  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0559  sensory box histidine kinase  25.59 
 
 		 671 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4858  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.935263  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4619  PAS  27.09 
 
 		 670 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2714  putative signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 		 614 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.4 
 
 		 602 aa  62  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  25.73 
 
 		 772 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 541 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0623  sensor protein UhpB  29.31 
 
 		 527 aa  62.4  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 		 682 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.203059 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1238  histidine kinase  28.37 
 
 		 377 aa  62  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0477765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1268  histidine kinase  27.23 
 
 		 392 aa  62  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>