33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3881 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3881  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  667    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1311  hypothetical protein  78.11 
 
 		 303 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.549363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2690  hypothetical protein  78.23 
 
 		 305 aa  491  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1260  hypothetical protein  78.57 
 
 		 310 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0500  hypothetical protein  77.89 
 
 		 312 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0186  hypothetical protein  76.87 
 
 		 312 aa  478  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230336  normal  0.97275 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0240  hypothetical protein  77.21 
 
 		 312 aa  480  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2068  hypothetical protein  71.65 
 
 		 311 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390518  normal  0.0103264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0442  hypothetical protein  74.49 
 
 		 311 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131952  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0877  hypothetical protein  70.07 
 
 		 294 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.154511  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3223  hypothetical protein  70.93 
 
 		 289 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.226821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0925  hypothetical protein  70.93 
 
 		 289 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0675759  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0928  hypothetical protein  70.59 
 
 		 289 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3266  hypothetical protein  63.39 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.771752 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.84 
 
 		 685 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 		 684 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.43 
 
 		 672 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.43 
 
 		 672 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 		 669 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 		 680 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1096  hypothetical protein  30.82 
 
 		 602 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809293 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3938  hypothetical protein  31.45 
 
 		 604 aa  66.2  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2109  Carbohydrate-binding family 9  27.59 
 
 		 1276 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000203571  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0717  glycosyl hydrolase 53 protein  28.31 
 
 		 534 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1063  glycoside hydrolase family 5  26.13 
 
 		 398 aa  51.2  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6399  glycoside hydrolase family 5  22.66 
 
 		 415 aa  49.7  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.337804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1040  hypothetical protein  26.09 
 
 		 614 aa  49.3  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3039  hypothetical protein  26.75 
 
 		 803 aa  49.3  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0719131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2630  hypothetical protein  27.37 
 
 		 801 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0790  hypothetical protein  22.38 
 
 		 460 aa  44.3  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35670  putative glycosyl hydrolase  26.54 
 
 		 442 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000648928 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0408  hypothetical protein  24.38 
 
 		 891 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1259  glycoside hydrolase family 39  29.46 
 
 		 501 aa  42.7  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>