45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3669 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3669  putative cellulase H precursor protein  100 
 
 
325 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55561  hitchhiker  0.00741413 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0206  putative cellulase H precursor protein  68.86 
 
 
321 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.147392 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0478  endoglucanase family protein  57.59 
 
 
314 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634525  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0547  endoglucanase family protein  57.59 
 
 
314 aa  377  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4412  endoglucanase family protein  58.06 
 
 
314 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4334  putative polysaccharide degradation protein  52.65 
 
 
322 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00591589  hitchhiker  0.00216824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4005  putative polysaccharide degradation protein  52.46 
 
 
322 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0157  Beta-mannanase  50.58 
 
 
299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.252678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1791  beta-mannanase  50.58 
 
 
302 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0568404  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1334  Beta-mannanase-like protein  47.69 
 
 
307 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.65985  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3766  glycosyltransferase  35.28 
 
 
880 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.028255 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0865  cell wall biosynthesis glycosyltransferase-like protein  37.22 
 
 
886 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.288664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3043  Beta-mannanase-like protein  24.72 
 
 
558 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0756266 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0392  endoglucanase family protein  29.96 
 
 
285 aa  89.4  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.564061 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0404  endoglucanase family protein  29.59 
 
 
300 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0413  endoglucanase family protein  29.59 
 
 
285 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0980  glycoside hydrolase family 26  29.6 
 
 
409 aa  83.2  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268802 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06050  hypothetical protein  27.15 
 
 
314 aa  75.1  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.2423  normal  0.199004 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1311  Beta-mannanase  33.76 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0780804 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3259  glycoside hydrolase family protein  30.04 
 
 
330 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2956  beta-mannanase-like protein  28.7 
 
 
415 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0986  hypothetical protein  27.5 
 
 
335 aa  67  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3168  cellulose-binding family II  30 
 
 
490 aa  66.6  0.0000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0614934 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0871  Beta-mannanase-like protein  27.73 
 
 
442 aa  66.2  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2752  PKD domain containing protein  28.22 
 
 
620 aa  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.215191  hitchhiker  0.0000249109 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4471  beta-mannanase-like protein  25.69 
 
 
407 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0091653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3128  glycosyl transferase family 2  25.71 
 
 
1231 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2139  Beta-mannanase-like  26.72 
 
 
519 aa  63.9  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.926185 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0209  endoglucanase  24.79 
 
 
351 aa  58.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.405756  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3203  hypothetical protein  25 
 
 
367 aa  56.6  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2073  copper amine oxidase-like  28.06 
 
 
652 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.195333 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8589  hypothetical protein  27.85 
 
 
357 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321522  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4187  Beta-mannanase-like protein  28.8 
 
 
334 aa  53.9  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7663  hypothetical protein  27.09 
 
 
366 aa  53.9  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0438  hypothetical protein  24.76 
 
 
426 aa  53.1  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1472  carbohydrate-binding family 11 protein  23.29 
 
 
900 aa  53.1  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.980604  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1756  hypothetical protein  27.27 
 
 
358 aa  52.8  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0425875 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1016  hypothetical protein  21.76 
 
 
345 aa  52.4  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.163376 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1096  hypothetical protein  23.2 
 
 
533 aa  50.8  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1778  hypothetical protein  25.57 
 
 
429 aa  48.9  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00290923  normal  0.113414 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0154  hypothetical protein  21.62 
 
 
424 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3193  glycoside hydrolase family 26  26.7 
 
 
519 aa  44.3  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000819014 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48536  predicted protein  30.67 
 
 
486 aa  43.9  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0226991  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0950  hypothetical protein  31.76 
 
 
530 aa  43.5  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.184254  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1162  putative endoglucanase  27.22 
 
 
520 aa  42.7  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>