More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3590 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
301 aa  603  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.657903  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
262 aa  185  8e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.772214  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000108841  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
296 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
317 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.529199  hitchhiker  0.000478367 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
294 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
317 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5641  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
310 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.568061 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
318 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.415839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3555  putative ABC transporter permease protein  37.27 
 
 
317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
310 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.369054 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
286 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.262739  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
324 aa  169  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
309 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
307 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
314 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3673  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.86 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.246744  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166359  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
301 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
304 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.44429  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
318 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.400754  normal  0.350094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
314 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
317 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0740262  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0943  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
312 aa  160  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.301949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
315 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
309 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
365 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
307 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
309 aa  159  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0434884 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
319 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.243677  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.31 
 
 
328 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
293 aa  157  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
293 aa  157  3e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0949  permease protein of sugar ABC transporter  32.48 
 
 
292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688345  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
299 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
330 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0584633  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
330 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
315 aa  155  7e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
289 aa  155  8e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 
321 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000522199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
296 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
314 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.906597  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
299 aa  154  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
292 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0419  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
291 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.476032  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
414 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00128894  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9092  trehalose/maltose transport inner membrane protein  33.22 
 
 
326 aa  152  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.309735  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
320 aa  152  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0178947  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
312 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  35 
 
 
287 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  35.59 
 
 
307 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01820  permease component of ABC-type sugar transporter  33.22 
 
 
312 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
307 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.33 
 
 
310 aa  151  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
337 aa  151  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168888 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  32.42 
 
 
293 aa  150  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
326 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
311 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.421015  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
293 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.215175  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
293 aa  150  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
319 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.198584  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
311 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.224374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
307 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.38 
 
 
324 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
300 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  0.466467 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
309 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.801646 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
300 aa  149  7e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000378352  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
311 aa  148  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
315 aa  149  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0566045  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
324 aa  148  9e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156181  normal  0.0141251 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
305 aa  148  9e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
435 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0305  sugar ABC transporter, permease protein  29.29 
 
 
325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0474821  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0695484  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.44322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
300 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
289 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
312 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.481723 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
319 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
304 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.707606 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
320 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.227719  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0280  sugar ABC transporter, permease protein  29.29 
 
 
325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.982578  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6238  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  32.39 
 
 
294 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
339 aa  145  9e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
328 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.511246  normal  0.17987 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
308 aa  145  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.03308  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.11 
 
 
291 aa  144  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
299 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
289 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0438989  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
316 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
325 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.295531  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
313 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
293 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.71913  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>