55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3525 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3525  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  100 
 
 
1672 aa  3207    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2394  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  42.49 
 
 
4500 aa  248  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3430  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  40.41 
 
 
5613 aa  218  5.9999999999999996e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0177269 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1512  filamentous haemagglutinin-like protein  32.37 
 
 
1999 aa  214  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5785  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  37.7 
 
 
4855 aa  186  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.352944 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0940  filamentous haemagglutinin family outer membrane protein  36.51 
 
 
1691 aa  174  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0686  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  35.08 
 
 
680 aa  123  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
691 aa  110  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0582843  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1530  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  32.16 
 
 
1537 aa  109  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.277699  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0892  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  32.73 
 
 
682 aa  109  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3062  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  28.21 
 
 
4016 aa  108  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00313386 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0596  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  29.48 
 
 
680 aa  108  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.056787  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1055  filamentous haemagglutinin-like protein  37.37 
 
 
1451 aa  107  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0430168  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1053  filamentous haemagglutinin-like protein  37.61 
 
 
1447 aa  102  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0559145  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1230  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  30.87 
 
 
680 aa  97.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.491664  normal  0.307013 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0481  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  30.35 
 
 
2744 aa  92  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5079  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  29.82 
 
 
693 aa  91.7  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2123  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  30.02 
 
 
587 aa  89.7  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.14818 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2981  NHL repeat containing protein  30.25 
 
 
2296 aa  85.5  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2403  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  27.31 
 
 
659 aa  84.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000436928  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0725  filamentous haemagglutinin-like protein  37.5 
 
 
2334 aa  80.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6754  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  28.06 
 
 
627 aa  80.9  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1931  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  26.04 
 
 
684 aa  81.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0195615  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0780  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  46.67 
 
 
3132 aa  76.6  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.630028 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1375  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  30.04 
 
 
674 aa  75.5  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5100  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  27.52 
 
 
548 aa  74.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.908648  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4621  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  31.77 
 
 
830 aa  73.6  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.184337  normal  0.0506116 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11500  conserved repeat protein  30.15 
 
 
3920 aa  73.2  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1775  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  30.79 
 
 
609 aa  71.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.910823  normal  0.14038 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5142  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  27.16 
 
 
529 aa  71.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0225115  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0423  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  29.34 
 
 
824 aa  69.3  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.657056  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2122  Integrin alpha beta-propellor repeat protein  27.43 
 
 
590 aa  68.6  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.553057  normal  0.356017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3059  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  37.17 
 
 
2387 aa  67.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.820187  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3798  filamentous hemagglutinin outer membrane protein  30.95 
 
 
1526 aa  64.7  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0575475  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1865  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  25.47 
 
 
575 aa  64.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46170  predicted protein  27.93 
 
 
1069 aa  62.4  0.00000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48888  predicted protein  26.69 
 
 
645 aa  60.1  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0512  PKD domain-containing protein  28 
 
 
706 aa  57.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0022816  normal  0.634462 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0594  PKD domain-containing protein  24.74 
 
 
466 aa  57.4  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0377  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  26.12 
 
 
404 aa  55.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1411  sugar-binding domain protein  29.37 
 
 
2126 aa  53.9  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.183423  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12280  hypothetical protein  29.57 
 
 
2716 aa  54.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2195  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  25.13 
 
 
676 aa  53.1  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.848428  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2695  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  26.52 
 
 
3589 aa  53.5  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4093  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  32.8 
 
 
946 aa  52  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000114159 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1055  hypothetical protein  30.61 
 
 
666 aa  51.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  unclonable  0.00001121  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8620  hypothetical protein  29.89 
 
 
458 aa  52  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0943  filamentous haemagglutinin-like protein  33.33 
 
 
2328 aa  48.5  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1333  hypothetical protein  34.81 
 
 
232 aa  47.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2172  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  31.4 
 
 
2834 aa  46.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.718813 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6514  hypothetical protein  25.82 
 
 
651 aa  46.6  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3830  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  39.56 
 
 
3537 aa  46.2  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0570  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  39.56 
 
 
3535 aa  46.6  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37890  Filamentous hemagglutinin domain-containing protein  29.77 
 
 
1419 aa  45.8  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687016  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5271  hemagglutination activity domain-containing protein  31.03 
 
 
2271 aa  45.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>