More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3308 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3308  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 528 aa  1090    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7015  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  63.53 
 
 		 528 aa  682    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0208042  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  28.23 
 
 		 515 aa  192  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 516 aa  182  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.11 
 
 		 516 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 516 aa  177  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  28.11 
 
 		 516 aa  177  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 516 aa  177  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.11 
 
 		 516 aa  177  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.11 
 
 		 516 aa  176  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.72 
 
 		 516 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.04 
 
 		 539 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.06 
 
 		 520 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.91 
 
 		 509 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 501 aa  150  6e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 		 566 aa  150  7e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 501 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.26 
 
 		 531 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 528 aa  146  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 547 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 		 547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 505 aa  141  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 521 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 534 aa  139  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 503 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.53 
 
 		 535 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 503 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.47 
 
 		 547 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 531 aa  136  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 528 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 		 532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1188  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 499 aa  134  3e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000019193  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1781  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 501 aa  134  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000533035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 541 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.57 
 
 		 510 aa  134  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 494 aa  133  7.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  24.95 
 
 		 502 aa  133  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3126  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 510 aa  133  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.06 
 
 		 541 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  27.45 
 
 		 533 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 544 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.82 
 
 		 541 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2107  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 532 aa  130  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 541 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 		 512 aa  129  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.42 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4049  twin-arginine translocation pathway signal  27.36 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.6 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 515 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.42 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 510 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 531 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  24.64 
 
 		 516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.26 
 
 		 495 aa  129  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.42 
 
 		 512 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  24.23 
 
 		 544 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 531 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.42 
 
 		 512 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  25.42 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  25.56 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 527 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.27 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.27 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.27 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3804  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 501 aa  127  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000726853  hitchhiker  0.0000406829 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0182  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.32 
 
 		 542 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 526 aa  127  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4235  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 542 aa  127  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.88 
 
 		 516 aa  127  7e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 538 aa  127  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  23.64 
 
 		 495 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 533 aa  126  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  126  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  25.19 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1660  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 		 539 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.40005  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.95 
 
 		 493 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.48 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4293  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 541 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.5263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 529 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  23.84 
 
 		 544 aa  125  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  25.14 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 525 aa  125  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 540 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 542 aa  125  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 		 542 aa  125  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  25.26 
 
 		 540 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 493 aa  124  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.58 
 
 		 508 aa  124  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>