52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3057 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3057  hypothetical protein  100 
 
 
182 aa  371  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3762  hypothetical protein  61.63 
 
 
173 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4226  hypothetical protein  58.58 
 
 
186 aa  205  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4087  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  61.4 
 
 
173 aa  202  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0966  hypothetical protein  51.76 
 
 
181 aa  184  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3423  hypothetical protein  50 
 
 
204 aa  176  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2007  hypothetical protein  51.2 
 
 
167 aa  165  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100253  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1930  hypothetical protein  51.2 
 
 
167 aa  165  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0061  hypothetical protein  44.59 
 
 
202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1856  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.63 
 
 
197 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1577  hypothetical protein  46.63 
 
 
197 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.0747974 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1662  hypothetical protein  49.01 
 
 
197 aa  137  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.35409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2951  hypothetical protein  53.19 
 
 
170 aa  136  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0228  hypothetical protein  41.25 
 
 
225 aa  131  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.202432  normal  0.354498 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0334  hypothetical protein  45.45 
 
 
179 aa  129  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0085748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0176  hypothetical protein  40.24 
 
 
173 aa  121  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754868  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1401  hypothetical protein  44.81 
 
 
177 aa  120  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2376  hypothetical protein  53.6 
 
 
174 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1770  hypothetical protein  41.32 
 
 
178 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.117901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4106  hypothetical protein  46.76 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.382148 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0095  hypothetical protein  41.1 
 
 
213 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.250747  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0287  hypothetical protein  36.46 
 
 
187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1286  hypothetical protein  36.41 
 
 
186 aa  112  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0382  hypothetical protein  39.31 
 
 
189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.687515  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2816  hypothetical protein  44.09 
 
 
171 aa  111  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0043  hypothetical protein  45.11 
 
 
170 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132531  normal  0.0395538 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0088  hypothetical protein  40.94 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.600446  normal  0.0826635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1019  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.15 
 
 
177 aa  108  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0439  hypothetical protein  38.24 
 
 
189 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0281  hypothetical protein  37.97 
 
 
199 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117733 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0845  hypothetical protein  44.9 
 
 
164 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2503  hypothetical protein  44.9 
 
 
164 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.984407 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0041  hypothetical protein  43.79 
 
 
164 aa  104  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000155161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3130  hypothetical protein  44.93 
 
 
164 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00016542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3635  hypothetical protein  41.98 
 
 
167 aa  102  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.514742  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0049  hypothetical protein  43.94 
 
 
151 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.286188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5035  hypothetical protein  36.71 
 
 
170 aa  95.5  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.349078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0415  hypothetical protein  36.73 
 
 
192 aa  84.7  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.659798  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3790  hypothetical protein  36.65 
 
 
168 aa  84  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.231006 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0547  hypothetical protein  36.69 
 
 
275 aa  68.6  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1372  hypothetical protein  31.75 
 
 
503 aa  56.2  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0697094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2911  hypothetical protein  30.95 
 
 
503 aa  53.9  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000449033 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0976  GW repeat-containing protein  25.74 
 
 
530 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.306565  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3257  hypothetical protein  32.09 
 
 
288 aa  52.4  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1793  hypothetical protein  24.41 
 
 
226 aa  50.4  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3678  hypothetical protein  33.33 
 
 
222 aa  50.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0369739  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0607  cell wall binding repeat-containing protein  24.63 
 
 
454 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0735  hypothetical protein  28.89 
 
 
358 aa  45.8  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0966  hypothetical protein  30.88 
 
 
248 aa  44.7  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2092  hypothetical protein  30.43 
 
 
295 aa  43.9  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2747  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.03 
 
 
216 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1667  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.57 
 
 
314 aa  43.5  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>