More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2997 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2997  signal-transduction protein  100 
 
 
223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2233  CBS domain-containing protein  45.33 
 
 
232 aa  174  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1094  signal-transduction protein  38.01 
 
 
230 aa  151  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3889  signal-transduction protein  43.08 
 
 
217 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5760  hypothetical protein  38.46 
 
 
242 aa  144  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4725  putative signal transduction protein with CBS domains  38.64 
 
 
243 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6220  signal-transduction protein  36.4 
 
 
230 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4051  signal-transduction protein  37.27 
 
 
242 aa  141  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1344  putative signal-transduction protein with CBS domains  38.46 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1023  hypothetical protein  38.94 
 
 
243 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1873  hypothetical protein  37.28 
 
 
229 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.994541 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6307  putative signal transduction protein with CBS domains  37.72 
 
 
229 aa  138  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5888  CBS domain-containing protein  38.29 
 
 
242 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361711  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1902  CBS domain-containing protein  36.09 
 
 
231 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1365  signal-transduction protein  37.56 
 
 
243 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5546  CBS domain containing membrane protein  37 
 
 
230 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103522  normal  0.484256 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1028  CBS domain containing membrane protein  34.51 
 
 
226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0495705 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1947  signal-transduction protein  38.57 
 
 
226 aa  131  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.489577  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1912  signal-transduction protein  35.75 
 
 
242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0206039  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1933  CBS domain-containing protein  34.22 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5821  signal-transduction protein  35.96 
 
 
231 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.12685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0680  hypothetical protein  31.86 
 
 
249 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.480825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3570  CBS domain-containing protein  36.28 
 
 
246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.212334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6174  CBS domain containing membrane protein  35.78 
 
 
246 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2522  CBS domain containing membrane protein  37.39 
 
 
235 aa  109  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0807239 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2202  putative signal transduction protein with CBS domains  33.18 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0264  CBS domain-containing protein  36.49 
 
 
153 aa  108  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2338  CBS domain containing membrane protein  35.75 
 
 
247 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1897  signal-transduction protein  31.19 
 
 
231 aa  105  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3596  CBS domain-containing protein  31.3 
 
 
241 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.247468  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1228  signal-transduction protein  39.87 
 
 
339 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1032  putative signal transduction protein with CBS domains  32.65 
 
 
149 aa  103  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0368077  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0305  CBS domain containing membrane protein  37.41 
 
 
147 aa  102  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2805  CBS domain-containing membrane protein  36.73 
 
 
155 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1883  CBS domain-containing protein  33.56 
 
 
154 aa  100  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17501  IMP dehydrogenase-like protein  38.62 
 
 
156 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0610  signal-transduction protein  39.22 
 
 
348 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.909822  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4929  CBS domain containing protein  35.57 
 
 
153 aa  98.6  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.076883 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2812  CBS domain containing membrane protein  32.44 
 
 
201 aa  95.9  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000718769  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1649  CBS domain-containing membrane protein  32 
 
 
234 aa  95.5  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0176167  normal  0.734042 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1630  signal-transduction protein  26.55 
 
 
233 aa  95.1  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4019  hypothetical protein  38.75 
 
 
339 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.191976  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1889  signal transduction protein  33.78 
 
 
152 aa  94  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.617772 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2046  CBS  34.27 
 
 
150 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.455097  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1253  CBS domain-containing protein  34.27 
 
 
150 aa  90.9  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.515572 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2202  CBS domain-containing protein  32.65 
 
 
152 aa  90.5  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000112787  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1413  putative signal-transduction protein with CBS domains  38.26 
 
 
338 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1879  CBS  33.11 
 
 
157 aa  89.4  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0394  CBS domain-containing membrane protein  34.58 
 
 
201 aa  88.6  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.474769  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1812  CBS domain containing membrane protein  35.21 
 
 
132 aa  88.2  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2240  signal transduction protein  30.14 
 
 
153 aa  87.8  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1201  CBS domain-containing protein  30.61 
 
 
152 aa  88.2  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000963836  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1887  CBS domain containing membrane protein  34 
 
 
153 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278261  normal  0.114824 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2494  CBS domain-containing protein  38.78 
 
 
427 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00627763  normal  0.157221 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0991  CBS domain-containing protein  35.07 
 
 
196 aa  85.9  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0576  putative signal transduction protein with CBS domains  30.34 
 
 
152 aa  85.9  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.134096  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4814  CBS domain containing membrane protein  34.01 
 
 
226 aa  85.9  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107222  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1105  CBS domain containing membrane protein  31.61 
 
 
228 aa  85.5  6e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.540911 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0393  CBS domain-containing membrane protein  38 
 
 
193 aa  85.5  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.464074  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0278  CBS domain containing membrane protein  33.56 
 
 
150 aa  85.5  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4751  CBS domain containing membrane protein  39.31 
 
 
154 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142923  hitchhiker  0.00000010565 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2844  CBS domain-containing protein  35.86 
 
 
428 aa  84.3  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3002  signal-transduction protein  39.74 
 
 
333 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1703  CBS domain containing membrane protein  29.66 
 
 
148 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.311156  normal  0.0624027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0646  CBS  35.9 
 
 
332 aa  82  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3042  CBS  29.65 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1134  signal transduction protein  32 
 
 
151 aa  80.1  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1851  CBS domain-containing protein  30.99 
 
 
120 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1851  CBS domain containing membrane protein  29.86 
 
 
151 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.309684  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4839  CBS domain containing membrane protein  33.04 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2008  CBS  36.08 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0675  signal transduction protein  34.72 
 
 
147 aa  79  0.00000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2342  CBS domain-containing protein  35.9 
 
 
145 aa  79  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0803  signal transduction protein  35.95 
 
 
160 aa  78.2  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.708068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1801  CBS domain-containing protein  30.56 
 
 
149 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0256126  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1824  CBS  31.51 
 
 
154 aa  78.2  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.539518 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2260  CBS domain-containing protein  29.45 
 
 
150 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000586041  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1108  CBS domain containing membrane protein  32.65 
 
 
221 aa  77.4  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0947  CBS domain containing protein  32.21 
 
 
216 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0017149 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0774  CBS  30.46 
 
 
157 aa  77.4  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2980  signal transduction protein  35.76 
 
 
423 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1577  AcuB family protein  32.72 
 
 
219 aa  76.6  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4005  CBS domain containing protein  28.57 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5476  signal-transduction protein  31.25 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.184871  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5097  signal-transduction protein  31.25 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.158303  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5185  signal-transduction protein  31.25 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.254661  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3960  CBS domain containing protein  28.57 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3300  CBS domain containing protein  32.21 
 
 
216 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.490249  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1916  CBS domain containing membrane protein  32.17 
 
 
219 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.683041  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1435  CBS domain containing protein  33.57 
 
 
427 aa  75.1  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0490  signal transduction protein  32.9 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0302  signal transduction protein  34.42 
 
 
282 aa  74.3  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.983478  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  27.27 
 
 
907 aa  74.7  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0535  CBS domain-containing protein  29.66 
 
 
256 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2041  CBS domain containing membrane protein  28.06 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000255814  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0990  acetoin utilization protein AcuB, putative  38.03 
 
 
140 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3021  CBS domain containing membrane protein  28.47 
 
 
149 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0243  signal transduction protein  29.8 
 
 
155 aa  72.8  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1289  signal transduction protein  30.07 
 
 
153 aa  72.8  0.000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_8994  predicted protein  37.86 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>