170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2888 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3915  protein of unknown function DUF490  39.22 
 
 		 2032 aa  666    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.411951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3627  protein of unknown function DUF490  34.69 
 
 		 2140 aa  719    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.1533 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4089  hypothetical protein  45.41 
 
 		 1404 aa  768    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2888  hypothetical protein  100 
 
 		 1869 aa  3627    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.547557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6778  protein of unknown function DUF490  32.45 
 
 		 1530 aa  367  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1717  hypothetical protein  29.57 
 
 		 1423 aa  363  2e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0158292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6385  hypothetical protein  32.41 
 
 		 1448 aa  363  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4225  hypothetical protein  33.25 
 
 		 1428 aa  353  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.436488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2889  protein of unknown function DUF490  32.65 
 
 		 1441 aa  353  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.913216 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2766  hypothetical protein  32.71 
 
 		 1463 aa  348  7e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.70976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2993  protein of unknown function DUF490  32.92 
 
 		 1463 aa  346  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.407315 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2388  hypothetical protein  31.92 
 
 		 1451 aa  341  8e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130143  normal  0.0161246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1520  hypothetical protein  39.03 
 
 		 1538 aa  328  5e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0049  hypothetical protein  37.91 
 
 		 1515 aa  317  9.999999999999999e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1343  hypothetical protein  33.87 
 
 		 1550 aa  317  9.999999999999999e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0048  hypothetical protein  38.64 
 
 		 1510 aa  314  7.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0054  hypothetical protein  39.63 
 
 		 1578 aa  309  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0874  hypothetical protein  32.14 
 
 		 1489 aa  309  4.0000000000000004e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2617  protein of unknown function DUF490  29.93 
 
 		 1424 aa  280  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1002  hypothetical protein  29.02 
 
 		 1487 aa  274  9e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19226  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1183  hypothetical protein  34.02 
 
 		 1276 aa  261  9e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2845  hypothetical protein  33.85 
 
 		 1276 aa  260  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2622  hypothetical protein  33.97 
 
 		 1276 aa  255  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3382  protein of unknown function DUF490  30.97 
 
 		 1084 aa  239  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2678  hypothetical protein  28.66 
 
 		 1501 aa  210  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0244  hypothetical protein  35.67 
 
 		 1206 aa  204  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0413  protein of unknown function DUF490  23.44 
 
 		 1405 aa  195  9e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2098  hypothetical protein  26.57 
 
 		 1500 aa  194  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0432  protein of unknown function DUF490  25.47 
 
 		 1448 aa  190  3e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.883753 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0166  hypothetical protein  29.34 
 
 		 1319 aa  185  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2482  hypothetical protein  25.02 
 
 		 1462 aa  177  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.915526  normal  0.262243 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0383  hypothetical protein  25.53 
 
 		 1395 aa  174  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2396  hypothetical protein  29.81 
 
 		 1335 aa  172  6e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4828  hypothetical protein  26.93 
 
 		 1392 aa  159  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.470253  normal  0.310225 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2200  hypothetical protein  31.83 
 
 		 1396 aa  155  8.999999999999999e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.339994 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0070  hypothetical protein  28.21 
 
 		 1270 aa  154  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1130  hypothetical protein  30.27 
 
 		 1783 aa  144  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.455724 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1103  hypothetical protein  30.14 
 
 		 1398 aa  138  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2904  protein of unknown function DUF490  31.42 
 
 		 1937 aa  136  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125236 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1561  hypothetical protein  25.95 
 
 		 1406 aa  134  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.222268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2645  hypothetical protein  26.09 
 
 		 1362 aa  126  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0464  protein of unknown function DUF490  23.78 
 
 		 1550 aa  112  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2893  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1224 aa  110  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2889  hypothetical protein  23.41 
 
 		 1224 aa  102  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.224565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2797  hypothetical protein  23.54 
 
 		 1206 aa  102  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.149049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28850  hypothetical protein  24.6 
 
 		 1232 aa  89  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2396  hypothetical protein  22.93 
 
 		 1223 aa  87.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2809  hypothetical protein  25.68 
 
 		 1377 aa  86.7  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0834  putative signal peptide protein  23.89 
 
 		 1243 aa  86.3  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0654835  normal  0.24318 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2750  hypothetical protein  23.36 
 
 		 1229 aa  85.9  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478411  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4471  protein of unknown function DUF490  25.84 
 
 		 1359 aa  82  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1657  hypothetical protein  24.68 
 
 		 1443 aa  81.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1821  hypothetical protein  23.8 
 
 		 1056 aa  80.1  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0789  protein of unknown function DUF490  24.51 
 
 		 1246 aa  80.1  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2479  hypothetical protein  23.08 
 
 		 1226 aa  78.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.502504 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1089  hypothetical protein  29.81 
 
 		 1434 aa  77  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1217  hypothetical protein  24.93 
 
 		 1361 aa  75.9  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0672  hypothetical protein  24.53 
 
 		 1401 aa  74.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3956  hypothetical protein  25 
 
 		 1473 aa  74.3  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0856  hypothetical protein  27.45 
 
 		 1346 aa  73.9  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.394645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1593  hypothetical protein  26.37 
 
 		 1292 aa  73.2  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03725  pathogenicity protein  26.69 
 
 		 1285 aa  72.8  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1750  protein of unknown function DUF490  25.11 
 
 		 1025 aa  72  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31690  hypothetical protein  23.32 
 
 		 1221 aa  71.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2695  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1221 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0534  hypothetical protein  31.95 
 
 		 1283 aa  70.5  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0817453  normal  0.113617 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0830  hypothetical protein  21.58 
 
 		 1256 aa  69.3  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0579081  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1625  protein of unknown function DUF490  24.37 
 
 		 1184 aa  67.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000031551 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1957  hypothetical protein  24.37 
 
 		 1184 aa  67.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2532  hypothetical protein  24.32 
 
 		 1310 aa  67.4  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0173  protein of unknown function DUF490  23.75 
 
 		 1507 aa  66.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1443  hypothetical protein  22.79 
 
 		 1304 aa  66.6  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0174  hypothetical protein  28.87 
 
 		 1505 aa  66.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0505  hypothetical protein  23.73 
 
 		 1273 aa  65.5  0.000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2884  protein of unknown function DUF490  26.89 
 
 		 1378 aa  65.1  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.358808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0461  hypothetical protein  26.94 
 
 		 1218 aa  64.7  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3646  hypothetical protein  21.36 
 
 		 1224 aa  64.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2011  hypothetical protein  24.94 
 
 		 1255 aa  64.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.592581  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3980  protein of unknown function DUF490  26.48 
 
 		 1285 aa  63.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.556026 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0569  pathogenicity protein  29.13 
 
 		 1273 aa  63.5  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0184  protein of unknown function DUF490  23.08 
 
 		 1507 aa  62.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0447  hypothetical protein  23.13 
 
 		 1352 aa  62  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0187  hypothetical protein  27.52 
 
 		 1308 aa  60.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0823  protein of unknown function DUF490  22.78 
 
 		 1249 aa  61.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11987  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3561  hypothetical protein  26.26 
 
 		 1380 aa  61.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.681268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2433  hypothetical protein  22.17 
 
 		 1226 aa  61.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.751068 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1896  hypothetical protein  23.22 
 
 		 1305 aa  60.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.705923  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3265  hypothetical protein  24.5 
 
 		 1325 aa  59.7  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0371  hypothetical protein  22.62 
 
 		 1262 aa  59.7  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0253  protein of unknown function DUF490  23.84 
 
 		 1503 aa  59.3  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2474  hypothetical protein  24.41 
 
 		 1369 aa  59.3  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1796  hypothetical protein  27.23 
 
 		 1332 aa  58.9  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2113  hypothetical protein  24.27 
 
 		 1385 aa  58.9  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1771  hypothetical protein  29.63 
 
 		 846 aa  58.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2596  protein of unknown function DUF490  22.88 
 
 		 1304 aa  57.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.346321 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0165  hypothetical protein  24.3 
 
 		 1504 aa  57.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.615752  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2771  hypothetical protein  25.51 
 
 		 1392 aa  57.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2173  hypothetical protein  22.18 
 
 		 1299 aa  57.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0467553 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3162  hypothetical protein  27.64 
 
 		 1453 aa  57.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.124572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3415  hypothetical protein  24.03 
 
 		 1340 aa  58.2  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>