More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2785 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2785  ABC transporter related  100 
 
 
359 aa  704    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1145  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  60.23 
 
 
377 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0563  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  55.15 
 
 
356 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1610  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  57.39 
 
 
368 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3225  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  55.94 
 
 
382 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.384288  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5160  ABC transporter related  57.02 
 
 
388 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193433  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0129  ABC D-methionine uptake transporter, ATPase subunit  57.46 
 
 
353 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539804  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2457  ABC transporter related  54.11 
 
 
368 aa  374  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1766  ABC transporter related  57.18 
 
 
353 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4306  ABC transporter related  55.71 
 
 
377 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4331  NLPA lipoprotein  57.26 
 
 
353 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0798419  normal  0.109457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4491  ABC transporter related  55.65 
 
 
387 aa  362  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.565642  normal  0.031599 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0759  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.69 
 
 
344 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1650  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.87 
 
 
344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0414  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2980  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0215  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2558  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0934  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2870  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2931  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.57 
 
 
344 aa  352  4e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0995  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.39 
 
 
344 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2245  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  54.28 
 
 
385 aa  350  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1018  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.98 
 
 
344 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0580  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.98 
 
 
385 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.300402  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1059  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.98 
 
 
385 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46952  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3281  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  51.88 
 
 
355 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.48827 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4172  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.39 
 
 
344 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.781042  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0935  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.98 
 
 
344 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2988  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  52.51 
 
 
344 aa  345  6e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.550247  hitchhiker  0.00296949 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0939  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.69 
 
 
344 aa  345  7e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.446687  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2604  ABC transporter related  52.79 
 
 
354 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0861  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  51.9 
 
 
349 aa  335  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.232562  normal  0.527075 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0788  ABC transporter component  51.01 
 
 
351 aa  334  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0790  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  51.6 
 
 
349 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264335  normal  0.409094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0429  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.88 
 
 
344 aa  333  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2553  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  51.35 
 
 
344 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0734  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.35 
 
 
344 aa  332  8e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2652  ABC transporter related  52 
 
 
340 aa  330  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0920  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.87 
 
 
350 aa  329  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3791  ABC transporter related  52.78 
 
 
377 aa  329  4e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0886  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.97 
 
 
344 aa  328  7e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0853  ABC methionine transporter, ATPase subunit  52.3 
 
 
386 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00389788  hitchhiker  0.00726443 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1769  ABC transporter related  48.68 
 
 
344 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000333241  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004238  methionine ABC transporter ATP-binding protein  49.85 
 
 
344 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3538  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.44 
 
 
344 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0233022 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2367  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  55.74 
 
 
359 aa  326  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0612638  normal  0.765055 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4539  ABC transporter related  51.61 
 
 
386 aa  325  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.342354  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01202  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.15 
 
 
344 aa  324  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3172  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.9 
 
 
348 aa  322  6e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.255507  hitchhiker  0.00172815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3753  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  322  8e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000257186  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2345  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.6 
 
 
348 aa  322  8e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1512  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.6 
 
 
348 aa  322  8e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1096  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.67 
 
 
343 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000220357  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1043  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.38 
 
 
343 aa  319  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163916  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3405  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.38 
 
 
343 aa  319  5e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164729  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1781  ABC transporter related  52.63 
 
 
397 aa  319  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1533  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.97 
 
 
345 aa  317  3e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0757943  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1103  D-methionine ABC transporter, ATP-binding protein  50.15 
 
 
344 aa  315  6e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3393  ABC transporter related  51.93 
 
 
391 aa  315  7e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.671185  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0285  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.3 
 
 
343 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00936615  normal  0.383177 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0847  D-methionine ABC transporter, ATPase subunit  50.3 
 
 
343 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000211162  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2100  ABC transporter related  49.71 
 
 
347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.182492  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3029  ABC transporter related  51.77 
 
 
394 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193089  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5337  ABC transporter related  51.77 
 
 
394 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.874002  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0311  ABC metal ion transporter, ATPase subunit  54.52 
 
 
398 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0269  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.3 
 
 
343 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0053957  normal  0.255493 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0269  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.3 
 
 
343 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000470965  normal  0.859728 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0274  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.3 
 
 
343 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0116933  normal  0.0903375 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0236  ABC transporter-like  47.84 
 
 
374 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127209  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0288  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.3 
 
 
343 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000549841  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4931  ABC transporter related  51.77 
 
 
392 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247063  normal  0.893842 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00198  DL-methionine transporter subunit  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000236  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0193  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000317621  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0203  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000442829  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0206  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000462586  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0210  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000485974  normal  0.606224 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3460  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000625697  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00197  hypothetical protein  50 
 
 
343 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000135351  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0211  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
343 aa  311  9e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000167757  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3499  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.12 
 
 
343 aa  311  9e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00014071  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3342  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.12 
 
 
343 aa  311  9e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000749199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3403  D-methionine ABC transporter, ATPase subunit  49.7 
 
 
343 aa  311  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000150207  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4687  ABC transporter related  52.78 
 
 
391 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00669309  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0961  ABC transporter, ATP-binding protein  51.53 
 
 
352 aa  310  2e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0902  ABC transporter, ATP-binding protein  51.53 
 
 
352 aa  310  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.693076  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5216  ABC transporter related  52.78 
 
 
391 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.329969 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0878  D-methionine ABC transporter, ATPase subunit  48.97 
 
 
343 aa  308  6.999999999999999e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000103335  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03093  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  51.38 
 
 
335 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4992  ABC transporter related  48.17 
 
 
369 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3485  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.16 
 
 
335 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.762526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0281  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  53.65 
 
 
335 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2430  hypothetical protein  48.79 
 
 
345 aa  305  7e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0121441  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2536  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50.93 
 
 
352 aa  305  7e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0300192  normal  0.239692 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1395  ABC transporter related  51.84 
 
 
337 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1439  ABC transporter, ATP-binding protein  53.99 
 
 
361 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0737  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.67 
 
 
343 aa  304  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00428338  normal  0.945518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2365  ABC transporter related  47.58 
 
 
365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0817479  hitchhiker  0.00312127 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1487  ABC transporter related  47.38 
 
 
340 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000017469  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22300  ABC transporter related  47.52 
 
 
352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.321678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>