More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2693 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009672  Oant_4827  short chain dehydrogenase  50.36 
 
 		 684 aa  650    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2693  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 682 aa  1394    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0195  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 705 aa  596  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25371  short chain dehydrogenase  45.87 
 
 		 715 aa  598  1e-169  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2746  short chain dehydrogenase  42.92 
 
 		 705 aa  590  1e-167  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2009  short chain dehydrogenase  41.99 
 
 		 705 aa  585  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.333883 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2413  short chain dehydrogenase  46.88 
 
 		 688 aa  586  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2311  short chain dehydrogenase  46.73 
 
 		 688 aa  585  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1803  short chain dehydrogenase  41.89 
 
 		 705 aa  570  1e-161  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1642  short chain dehydrogenase  42.55 
 
 		 705 aa  568  1e-160  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1972  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 		 705 aa  568  1e-160  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000839125  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2336  short chain dehydrogenase  42.43 
 
 		 706 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.308198  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2003  short chain dehydrogenase  42.94 
 
 		 705 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0410  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 		 701 aa  546  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4460  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 657 aa  389  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134448  normal  0.127863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4397  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 657 aa  389  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1970  short chain dehydrogenase  35.28 
 
 		 653 aa  384  1e-105  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3516  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 664 aa  370  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390317  normal  0.0637754 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3212  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 		 689 aa  348  1e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2857  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  35.86 
 
 		 701 aa  346  6e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.886438 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2254  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  34.12 
 
 		 691 aa  343  8e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658882  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1895  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 		 698 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.196702  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1679  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 		 696 aa  334  3e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.962871  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0705  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 		 680 aa  333  6e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2988  short chain dehydrogenase  35.96 
 
 		 700 aa  330  5.0000000000000004e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2454  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 		 694 aa  325  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.86013  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1802  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  32.03 
 
 		 701 aa  323  6e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310518  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3499  short chain dehydrogenase  42.79 
 
 		 413 aa  312  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.110567  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3145  short chain dehydrogenase  42.56 
 
 		 413 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4610  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 		 707 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.11401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1605  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 690 aa  306  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.043834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3046  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 		 676 aa  303  1e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.854691  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4810  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  35.25 
 
 		 695 aa  301  3e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0223  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 		 699 aa  301  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133149  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6264  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 		 703 aa  300  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340053  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6708  short chain dehydrogenase  31.42 
 
 		 698 aa  299  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3572  short chain dehydrogenase  32.05 
 
 		 698 aa  298  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3884  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 		 706 aa  296  9e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4925  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 		 707 aa  292  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000252534  normal  0.445415 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29640  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 		 683 aa  292  2e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5807  short chain dehydrogenase  32.01 
 
 		 698 aa  292  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402593  normal  0.0411689 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4771  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 		 677 aa  292  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0401  short chain dehydrogenase  34.97 
 
 		 652 aa  291  3e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05820  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  32.79 
 
 		 689 aa  289  1e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2592  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 		 700 aa  288  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4672  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 		 679 aa  288  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.174921  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0429  short chain dehydrogenase  33.14 
 
 		 680 aa  287  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.683758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4215  short chain dehydrogenase  31.5 
 
 		 713 aa  287  4e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.252283  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4390  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 		 677 aa  283  7.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639544  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4477  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 		 677 aa  283  7.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3743  short chain dehydrogenase  36.42 
 
 		 571 aa  283  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2381  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  34.07 
 
 		 677 aa  277  5e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2214  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 		 707 aa  275  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2532 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1386  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 		 691 aa  275  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.88189  normal  0.0321561 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2115  short chain dehydrogenase  32.65 
 
 		 702 aa  275  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0694  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  30.58 
 
 		 726 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.180727  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6711  short chain dehydrogenase  31.7 
 
 		 677 aa  271  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3625  short chain dehydrogenase  32.44 
 
 		 687 aa  268  2.9999999999999995e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000228222  normal  0.0356352 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2436  short chain dehydrogenase  30.75 
 
 		 700 aa  267  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3305  short chain dehydrogenase  31.35 
 
 		 680 aa  266  8e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3704  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  30.85 
 
 		 678 aa  265  2e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.701668 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3106  short chain dehydrogenase  31.35 
 
 		 685 aa  263  6.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3316  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 730 aa  262  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193646 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0887  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  32.01 
 
 		 684 aa  254  3e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2731  short chain dehydrogenase  29.4 
 
 		 729 aa  253  6e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.550366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1303  short chain dehydrogenase  28.99 
 
 		 729 aa  249  2e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.851428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3454  short chain dehydrogenase  29.31 
 
 		 730 aa  248  3e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.117557 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1724  short chain dehydrogenase  32.5 
 
 		 705 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616533  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  33.99 
 
 		 259 aa  117  8.999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 247 aa  117  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 		 254 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 261 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 		 266 aa  112  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.471953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.25 
 
 		 266 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6250  short chain dehydrogenase  36.65 
 
 		 258 aa  110  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 		 249 aa  109  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 260 aa  107  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 		 254 aa  104  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2220  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.98 
 
 		 260 aa  104  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 		 247 aa  104  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2264  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.56 
 
 		 260 aa  103  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2236  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.56 
 
 		 260 aa  103  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 249 aa  103  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 249 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 249 aa  102  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.16 
 
 		 260 aa  102  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 		 258 aa  102  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 		 247 aa  102  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 		 249 aa  101  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 257 aa  100  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  30.18 
 
 		 260 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 		 249 aa  99.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0494  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.91 
 
 		 260 aa  99.8  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  35.08 
 
 		 261 aa  100  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 		 254 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 		 255 aa  99  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 		 247 aa  99.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 		 257 aa  99.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 		 262 aa  99.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 257 aa  99.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>