61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2667 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2667  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  100 
 
 		 217 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.324965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3568  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  79.17 
 
 		 217 aa  350  8.999999999999999e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0666672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3269  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  79.17 
 
 		 217 aa  349  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3675  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  68.22 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1208  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.43 
 
 		 221 aa  235  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1707  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  60.38 
 
 		 221 aa  233  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1650  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  60.38 
 
 		 221 aa  233  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.694327  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3182  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.29 
 
 		 219 aa  201  6e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.442853  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0155  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.16 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0313  thiamine monophosphate synthase  34.8 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2104  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.04 
 
 		 223 aa  85.1  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245468  normal  0.0211222 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3522  thiamine monophosphate synthase  32.32 
 
 		 214 aa  85.1  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.852533  normal  0.110459 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1315  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.05 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.706384 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3078  thiamine monophosphate synthase  36.31 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657942  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1962  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.43 
 
 		 213 aa  81.3  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.247513  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1080  thiamine-phosphate diphosphorylase  30.05 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6930  putative thiamine phosphate pyrophosphorylase (thiamin phosphate synthase/diphosphorylase)  34.25 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2738  thiamine monophosphate synthase  33.71 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.621055  normal  0.93927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4774  thiamine monophosphate synthase  36.52 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6005  thiamine monophosphate synthase  35.09 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2591  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.32 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7282  thiamine monophosphate synthase  36.68 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00853533  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.14 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.694137  normal  0.669772 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3535  thiamine monophosphate synthase  36.36 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4318  thiamine monophosphate synthase  36.36 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261199  normal  0.404897 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0381  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.7 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1009  thiamine monophosphate synthase  33.57 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3151  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.36 
 
 		 255 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0155  thiamine monophosphate synthase  31.34 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.119372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0750  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.63 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4472  thiamine monophosphate synthase  36.04 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3697  thiamine monophosphate synthase  27.78 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1337  thiamine monophosphate synthase  27.61 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0828  thiamine-phosphate diphosphorylase  27.27 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3521  thiamine monophosphate synthase  25.68 
 
 		 226 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3828  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.68 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3809  hypothetical protein  23.56 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0604  thiamine-phosphate diphosphorylase  31.1 
 
 		 217 aa  52.8  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0199515  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2326  thiamine monophosphate synthase  35.77 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.762723  normal  0.234321 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2628  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  26.09 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2763  phosphomethylpyrimidine kinase  27.64 
 
 		 492 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00755044  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1514  putative thiamine monophosphate synthase  22.73 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.176973  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2647  thiamine monophosphate synthase  33.12 
 
 		 222 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19208  normal  0.895196 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2370  thiamine monophosphate synthase  33.12 
 
 		 222 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.467805 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2434  thiamine monophosphate synthase  23.02 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.366919  normal  0.0278074 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0276  hypothetical protein  23.6 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.714214 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3685  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.17 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2062  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.22 
 
 		 216 aa  45.1  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114882  normal  0.0947623 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2235  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  27.88 
 
 		 479 aa  44.3  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.81 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309762 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2556  thiamine monophosphate synthase  27.97 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0209  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.66 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0730  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.62 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0124065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4659  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.16 
 
 		 207 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448839  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4783  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.16 
 
 		 207 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.655377  normal  0.0379586 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2595  phosphomethylpyrimidine kinase  27.98 
 
 		 494 aa  42.7  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.61105  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4837  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.16 
 
 		 207 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2420  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.46 
 
 		 211 aa  42.4  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.656978  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1712  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.08 
 
 		 220 aa  42.4  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0573115  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0958  thiamine monophosphate synthase  27.66 
 
 		 212 aa  42  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.578889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09270  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.47 
 
 		 209 aa  41.6  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>