More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2633 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  79.8 
 
 
404 aa  684    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  79.56 
 
 
404 aa  685    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.894975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.64 
 
 
406 aa  778    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.409017  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2569  UDP-sulfoquinovose synthase  79.8 
 
 
404 aa  687    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2633  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
406 aa  841    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2128  UDP-sulfoquinovose synthase  85.93 
 
 
406 aa  743    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.15 
 
 
406 aa  772    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.108515  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.3 
 
 
406 aa  691    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.733864 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21351  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  64.97 
 
 
397 aa  536  1e-151  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1264  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  64.97 
 
 
397 aa  535  1e-151  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00511  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  65.15 
 
 
398 aa  531  1e-150  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17921  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  63.71 
 
 
397 aa  529  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.236777  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1509  UDP-sulfoquinovose synthase  64.6 
 
 
406 aa  530  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32933  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18551  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  62.97 
 
 
397 aa  529  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.33868  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2598  UDP-sulfoquinovose synthase  64.6 
 
 
401 aa  530  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.816239  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18741  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  62.69 
 
 
397 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.110238  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1757  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  63.2 
 
 
397 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0578  UDP-sulfoquinovose synthase  64.45 
 
 
402 aa  527  1e-148  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.177862  normal  0.0605947 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18551  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  62.69 
 
 
397 aa  523  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.66 
 
 
398 aa  523  1e-147  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.915594  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0049  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  62.94 
 
 
398 aa  518  1e-146  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2097  UDP-sulfoquinovose synthase  62.08 
 
 
386 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0052  UDP-sulfoquinovose synthase  63.2 
 
 
398 aa  517  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6269  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.06 
 
 
401 aa  513  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0836078 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_21201  UDP-sulfoquinovose synthase, plastid precursor  58.31 
 
 
456 aa  495  1e-139  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0444  UDP-sulfoquinovose synthase  61.56 
 
 
391 aa  484  1e-136  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.52178  normal  0.455696 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4564  UDP-sulfoquinovose synthase  62.68 
 
 
361 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4652  UDP-sulfoquinovose synthase  62.68 
 
 
361 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4947  UDP-sulfoquinovose synthase  62.68 
 
 
361 aa  454  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.109303 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1240  UDP-sulfoquinovose synthase  48.72 
 
 
399 aa  340  2e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.715585  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33880  UDP-sulfoquinovose synthase  45.1 
 
 
384 aa  320  3e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.454951 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1333  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.15 
 
 
382 aa  315  8e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0639  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.56 
 
 
384 aa  315  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.246431 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0623  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.56 
 
 
384 aa  315  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.97 
 
 
399 aa  313  2.9999999999999996e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.55488  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.23 
 
 
404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26880  UDP-sulfoquinovose synthase  44.87 
 
 
382 aa  310  2e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.646966  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.06 
 
 
383 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.297404 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_46754  predicted protein  43.26 
 
 
390 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0293  UDP-sulfoquinovose synthase  46.45 
 
 
384 aa  306  5.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.45 
 
 
384 aa  305  8.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.693676 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3746  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.55 
 
 
384 aa  301  2e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.70469  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.87 
 
 
383 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.016409 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0398  UDP-sulfoquinovose synthase  43.86 
 
 
418 aa  290  2e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0462  UDP-sulfoquinovose synthase  41.73 
 
 
417 aa  272  7e-72  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.604505  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1939  UDP-sulfoquinovose synthase  41.21 
 
 
418 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1303  UDP-sulfoquinovose synthase  38.08 
 
 
395 aa  252  6e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0192123  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.92 
 
 
382 aa  246  4e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0241  UDP-sulfoquinovose synthase  39.83 
 
 
384 aa  240  2.9999999999999997e-62  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.603555 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0393  UDP-sulfoquinovose synthase  36.21 
 
 
388 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.955663  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
389 aa  209  7e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0521974 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
392 aa  207  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.01 
 
 
390 aa  205  1e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1116  UDP-sulfoquinovose synthase  36.03 
 
 
392 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0993953  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.59 
 
 
382 aa  182  9.000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.31 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28436  predicted protein  23.18 
 
 
360 aa  70.9  0.00000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.981299  normal  0.211421 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_33729  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.91 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000000109637  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28493  predicted protein  22.91 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000203706  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.99 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2118  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 
336 aa  68.2  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.292316  normal  0.0790503 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  27.76 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
377 aa  67  0.0000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.29 
 
 
308 aa  65.9  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0877  UDP-glucose 4-epimerase  27.79 
 
 
330 aa  64.7  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.73 
 
 
302 aa  64.3  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
367 aa  64.3  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 
321 aa  64.3  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.14 
 
 
301 aa  63.5  0.000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  26.15 
 
 
327 aa  63.5  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.47 
 
 
367 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.44 
 
 
285 aa  62.8  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
299 aa  62.4  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  24.28 
 
 
326 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.88 
 
 
317 aa  62.4  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
343 aa  62  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.23 
 
 
311 aa  61.6  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1804  UDP-glucose 4-epimerase  26.83 
 
 
337 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  23.66 
 
 
338 aa  60.5  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  24.51 
 
 
335 aa  60.5  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  25.07 
 
 
323 aa  60.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.26 
 
 
308 aa  60.1  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
316 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
332 aa  59.7  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1774  UDP-galactose 4-epimerase  30 
 
 
336 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.81 
 
 
326 aa  59.3  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  31.33 
 
 
328 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  28.71 
 
 
334 aa  58.5  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
325 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1728  UDP-glucose 4-epimerase  23.21 
 
 
338 aa  58.9  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87625  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.73 
 
 
684 aa  58.2  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
685 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.03 
 
 
309 aa  57.4  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.77 
 
 
364 aa  57.8  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.25 
 
 
336 aa  57.4  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 
306 aa  57  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
322 aa  57.4  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0330143  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>