More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2428 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2428  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 
240 aa  487  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2591  cytochrome c oxidase subunit III  85.4 
 
 
239 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0750722  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2265  cytochrome c oxidase subunit III  85.4 
 
 
239 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06442  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3895  cytochrome c oxidase subunit III  76.29 
 
 
240 aa  361  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2361  cytochrome c oxidase subunit III  76.82 
 
 
241 aa  361  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2477  cytochrome c oxidase, subunit III  74.58 
 
 
240 aa  345  3e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3635  cytochrome-C oxidase subunit III oxidoreductase protein  71.19 
 
 
231 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.074977  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5127  cytochrome c oxidase subunit III  68.33 
 
 
234 aa  316  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0729  cytochrome c oxidase, subunit III  70.59 
 
 
236 aa  315  5e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3958  cytochrome c oxidase subunit III  68.33 
 
 
234 aa  310  9e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.178096 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0251  cytochrome c oxidase subunit III  70.09 
 
 
248 aa  290  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00348503 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1567  cytochrome-C oxidase subunit III oxidoreductase protein  66.39 
 
 
234 aa  278  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5939  cytochrome c oxidase subunit III  65.95 
 
 
240 aa  277  9e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7359  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  64.56 
 
 
239 aa  277  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.617384 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6212  cytochrome c oxidase, subunit III  62.2 
 
 
240 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3798  cytochrome c oxidase subunit III  65.98 
 
 
230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4875  cytochrome c oxidase subunit III  65.98 
 
 
230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.617721  normal  0.156188 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2342  cytochrome c oxidase subunit III  61.99 
 
 
225 aa  262  4e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0519  cytochrome c oxidase subunit III  45.54 
 
 
224 aa  169  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0892634  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5675  cytochrome c oxidase subunit III  40.91 
 
 
265 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.670128 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0299  cytochrome c oxidase subunit III  43.23 
 
 
235 aa  154  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405282 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2202  cytochrome c oxidase, subunit III  40.32 
 
 
251 aa  154  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00239455  normal  0.978852 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3466  cytochrome c oxidase subunit III  41 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0380593 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0440  cytochrome c oxidase subunit III  42.08 
 
 
208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2070  cytochrome c oxidase subunit III  33.33 
 
 
204 aa  108  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515134 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2265  cytochrome c oxidase, subunit III  34.05 
 
 
202 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1586  cytochrome c oxidase subunit III  30.24 
 
 
234 aa  105  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3556  cytochrome c oxidase subunit III  36.14 
 
 
203 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0106  cytochrome c oxidase subunit III  34.5 
 
 
208 aa  104  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1900  Cytochrome-c oxidase  35.03 
 
 
208 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.910491  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0231  cytochrome c oxidase subunit III  30.53 
 
 
226 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38618  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0956  cytochrome c oxidase, subunit III  34.72 
 
 
205 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.479145  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0786  cytochrome c oxidase subunit I  33.95 
 
 
832 aa  101  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0454101  normal  0.689784 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1742  cytochrome ubiquinol oxidase subunit III  31.62 
 
 
215 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.182535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4704  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  33.67 
 
 
215 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0566641  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4048  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  32.65 
 
 
221 aa  99  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235206  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4335  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  33.67 
 
 
215 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4852  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  34.18 
 
 
215 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0958681  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0897  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  32.65 
 
 
204 aa  98.2  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.021824  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2248  cytochrome c oxidase subunit I  32.87 
 
 
825 aa  97.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2704  cytochrome c oxidase subunit III  33.66 
 
 
224 aa  96.3  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0352  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  95.9  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5610  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  32.65 
 
 
218 aa  95.1  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  38.46 
 
 
295 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0120  cytochrome c oxidase, subunit III  38.46 
 
 
295 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532779  normal  0.0155575 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0240  cytochrome c oxidase, subunit III  32.65 
 
 
209 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00381  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00313759  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3179  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000613684  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0106  cytochrome c oxidase, subunit III  38.46 
 
 
295 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753759  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3203  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.350739  hitchhiker  0.0000785376 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0985  cytochrome c oxidase subunit III  29.36 
 
 
206 aa  93.6  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0805  cytochrome c oxidase, subunit III  29.9 
 
 
209 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0465  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0181495  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0470  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0234669  normal  0.574469 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0853  cytochrome c oxidase subunit III  29.41 
 
 
209 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0505  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00786861  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0514  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128074  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00385  hypothetical protein  31.12 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00541093  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0857  cytochrome c oxidase subunit III  29.41 
 
 
209 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1857  Cytochrome-c oxidase  30.3 
 
 
206 aa  93.6  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4370  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  33.16 
 
 
210 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0513  cytochrome c oxidase subunit III  33.5 
 
 
202 aa  93.2  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4776  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  32.65 
 
 
222 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1143  cytochrome c oxidase, subunit III  30.61 
 
 
210 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.537108  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5815  cytochrome c oxidase subunit III  31.51 
 
 
225 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186525  hitchhiker  0.0033512 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2994  cytochrome c oxidase, subunit III  31 
 
 
229 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6884  cytochrome c oxidase subunit III  30.83 
 
 
215 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0125  cytochrome c oxidase subunit III  37.28 
 
 
295 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1041  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  32.14 
 
 
204 aa  92.4  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0463711  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3075  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  32.14 
 
 
204 aa  92.4  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0780989  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0543  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  30.1 
 
 
204 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.118907  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0482  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  30.1 
 
 
204 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.114141  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0480  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  30.1 
 
 
204 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0470237  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0499  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  30.1 
 
 
204 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.51952  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0488  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  30.1 
 
 
204 aa  92  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128023  hitchhiker  0.00584206 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0161  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.63 
 
 
202 aa  91.7  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5987  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  32.14 
 
 
208 aa  91.7  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1327  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  30.61 
 
 
210 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4437  cytochrome c oxidase, subunit III  32.67 
 
 
209 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.424494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3575  cytochrome c oxidase subunit III  33.99 
 
 
222 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515089  normal  0.0102703 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7137  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  32.14 
 
 
208 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1546  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  31.68 
 
 
221 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523038  normal  0.149516 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1875  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  31.68 
 
 
221 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0147055  normal  0.117743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3793  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  33.17 
 
 
211 aa  90.1  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2267  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  31.12 
 
 
211 aa  90.9  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1141  cytochrome aa3 quinol oxidase subunit III  31.46 
 
 
201 aa  90.9  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1118  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit III  31.46 
 
 
201 aa  90.9  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.182944  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3271  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  31.63 
 
 
204 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0644  quinol oxidase, subunit III  30.19 
 
 
201 aa  90.1  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.244808  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2221  cytochrome c oxidase, subunit III  30.61 
 
 
210 aa  89.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109522  normal  0.1095 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3141  cytochrome c oxidase subunit III  32.49 
 
 
201 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.785996 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2884  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  31.98 
 
 
203 aa  89.7  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1506  cytochrome c oxidase, subunit III  33.5 
 
 
208 aa  89.7  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.105054  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3105  cytochrome c oxidase subunit I  31.43 
 
 
819 aa  89.4  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3151  cytochrome c oxidase, subunit III  38.1 
 
 
270 aa  89  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.874863 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0597  cytochrome c oxidase, subunit III  31.12 
 
 
209 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.788928  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3100  cytochrome c oxidase subunit III  33.5 
 
 
222 aa  89  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01165  probable cytochrome-C oxidase subunit III oxidoreductase protein  40 
 
 
326 aa  89  6e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0654  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  29.08 
 
 
202 aa  89  6e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0263  cytochrome c oxidase subunit I  30.94 
 
 
827 aa  89  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0374509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>