More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2421 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
311 aa  605  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.224374 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.07 
 
 
317 aa  494  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0740262  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.22 
 
 
326 aa  487  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.57 
 
 
311 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.421015  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.44 
 
 
311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
291 aa  219  7e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
304 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.707606 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
291 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.476032  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
307 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1088  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.16 
 
 
288 aa  191  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.616528  hitchhiker  0.00755847 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
308 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166359  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3673  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  40.14 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.246744  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
309 aa  188  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
296 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
295 aa  181  2e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.982578  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0949  permease protein of sugar ABC transporter  39.41 
 
 
292 aa  177  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688345  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
427 aa  175  9e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000129291  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.121734 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
289 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
262 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.772214  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
310 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.568061 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
310 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.369054 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02940  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.24 
 
 
318 aa  169  7e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
309 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
319 aa  165  8e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.198584  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0584633  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
294 aa  162  6e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
435 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
309 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0434884 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
311 aa  161  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01820  permease component of ABC-type sugar transporter  36.07 
 
 
312 aa  161  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
309 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.801646 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
316 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  39.91 
 
 
307 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
307 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 
325 aa  159  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.295531  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
293 aa  159  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.215175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
306 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.306567  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
300 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000378352  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
301 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.657903  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0419  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.28 
 
 
296 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
296 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168888 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
290 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0463372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 
306 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
316 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
312 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
326 aa  153  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
294 aa  153  4e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
365 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
319 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
299 aa  152  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
319 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.243677  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
314 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3555  putative ABC transporter permease protein  35.74 
 
 
317 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
313 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1885  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.21 
 
 
317 aa  151  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.44963 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
300 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
299 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
300 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
314 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
302 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.159905  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
305 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.371496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000108841  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.529199  hitchhiker  0.000478367 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.44429  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0305  sugar ABC transporter, permease protein  31.29 
 
 
325 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0474821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
318 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.415839 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0943  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
312 aa  147  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.301949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
297 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0280  sugar ABC transporter, permease protein  31.29 
 
 
325 aa  147  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.1 
 
 
320 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.227719  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
320 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
330 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
319 aa  145  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
317 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5641  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
295 aa  145  9e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0749  sugar ABC transporter, permease protein, putative  32.98 
 
 
289 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
312 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.44322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
324 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156181  normal  0.0141251 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
318 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.400754  normal  0.350094 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  36.24 
 
 
287 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
314 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
293 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423035  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11610  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.93 
 
 
295 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.798667 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
320 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0272526  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
305 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
314 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.906597  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
290 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.1 
 
 
320 aa  143  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  30.63 
 
 
293 aa  143  4e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
365 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
321 aa  143  4e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1261  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.9 
 
 
298 aa  143  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196832  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
337 aa  143  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>