More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2339 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  100 
 
 		 316 aa  623  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  60.84 
 
 		 309 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  61.59 
 
 		 309 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  61.78 
 
 		 321 aa  315  4e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  59.23 
 
 		 282 aa  298  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  57.69 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  54.28 
 
 		 296 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  55.6 
 
 		 297 aa  279  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  52.96 
 
 		 291 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  47.04 
 
 		 312 aa  242  6e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  45.21 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  43.3 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  42.12 
 
 		 323 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  43.24 
 
 		 329 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  41.2 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  42.41 
 
 		 302 aa  205  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  40.86 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  45.91 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  44.83 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  43.85 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  44.63 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  40.64 
 
 		 273 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.47 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  42.15 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  39.69 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  40.47 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  39.92 
 
 		 360 aa  168  8e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.32 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  37.32 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  37.32 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  40.31 
 
 		 357 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  40.6 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  40.6 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.47 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  40.07 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  39.69 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.47 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.47 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.47 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  42.86 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  37.45 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  37.98 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  40.31 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  36.82 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  40.08 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  40.66 
 
 		 272 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  39.53 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  39.53 
 
 		 305 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  39.59 
 
 		 272 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  36.58 
 
 		 276 aa  159  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  36.72 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  37.6 
 
 		 280 aa  152  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  34.8 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  36.86 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  38.46 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  35 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 270 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  35.85 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  33.33 
 
 		 355 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  32.95 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  32.95 
 
 		 284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  35.91 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  35.88 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  34.09 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  32.58 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  35.52 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  34.82 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  34.17 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  32.17 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  34.75 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 348 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  34.27 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  33.81 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  34.48 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  34.05 
 
 		 343 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  35.96 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  34.05 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  34.05 
 
 		 331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  33.33 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  33.84 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  32.7 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  31.2 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  33.96 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  31.87 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  29.66 
 
 		 318 aa  113  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 380 aa  113  5e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  32.34 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  32.31 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  31.02 
 
 		 394 aa  107  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  30.47 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2124  periplasmic binding protein  29.43 
 
 		 346 aa  91.3  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355272  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  33.8 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  28.06 
 
 		 268 aa  89.4  8e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>