262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2149 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2149  ribose-5-phosphate isomerase B  100 
 
 		 145 aa  291  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4652  ribose-5-phosphate isomerase B  88.28 
 
 		 148 aa  259  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.278077 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0870  ribose-5-phosphate isomerase B  60.81 
 
 		 151 aa  174  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0817  ribose-5-phosphate isomerase B  60.81 
 
 		 151 aa  174  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2905  ribose-5-phosphate isomerase B  60.81 
 
 		 152 aa  174  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5329  ribose-5-phosphate isomerase B  62.84 
 
 		 151 aa  173  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3112  ribose-5-phosphate isomerase B  60.27 
 
 		 153 aa  165  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0171013  hitchhiker  0.000249114 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1815  ribose 5-phosphate isomerase  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12125  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1791  ribose 5-phosphate isomerase B  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0813  ribose 5-phosphate isomerase  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1104  ribose 5-phosphate isomerase  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0454  ribose 5-phosphate isomerase B  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0359  ribose 5-phosphate isomerase B  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2077  ribose 5-phosphate isomerase  57.64 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  53.74 
 
 		 153 aa  147  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4584  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  57.04 
 
 		 157 aa  144  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.782125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1460  ribose-5-phosphate isomerase  53.06 
 
 		 149 aa  142  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0410  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  54.93 
 
 		 149 aa  141  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.52921 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1640  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  53.52 
 
 		 152 aa  139  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000194465  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1334  ribose-5-phosphate isomerase  54.23 
 
 		 148 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.126498  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22120  Ribose 5-phosphate isomerase B protein  48.65 
 
 		 157 aa  137  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2150  ribose-5-phosphate isomerase B  54.23 
 
 		 152 aa  137  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2042  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  54.23 
 
 		 159 aa  137  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3289  ribose-5-phosphate isomerase B  52.94 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0952  ribose-5-phosphate isomerase B  52.94 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3422  ribose-5-phosphate isomerase B  52.94 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208549  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0652  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.62 
 
 		 149 aa  134  5e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.867126  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0621  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  55.38 
 
 		 152 aa  133  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0747  ribose-5-phosphate isomerase B  54.07 
 
 		 152 aa  133  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32090  ribose 5-phosphate isomerase  51.06 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.124709  normal  0.300701 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0357  ribose-5-phosphate isomerase  52.63 
 
 		 166 aa  131  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0983  ribose-5-phosphate isomerase B  53.19 
 
 		 152 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2572  ribose/galactose isomerase  49.32 
 
 		 153 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  48.99 
 
 		 149 aa  130  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  48.99 
 
 		 149 aa  130  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  50 
 
 		 148 aa  128  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  48.59 
 
 		 181 aa  125  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1359  ribose-5-phosphate isomerase  48.97 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.632474  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  45.21 
 
 		 152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0885  ribose 5-phosphate isomerase  49.3 
 
 		 163 aa  124  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0405085  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  50.39 
 
 		 149 aa  124  6e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4071  ribose 5-phosphate isomerase  46.48 
 
 		 156 aa  122  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204632  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05907  conserved hypothetical protein  43.62 
 
 		 157 aa  121  4e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08060  conserved hypothetical protein  54.81 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.85 
 
 		 143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  51.18 
 
 		 149 aa  118  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2482  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.96 
 
 		 163 aa  117  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1548  ribose 5-phosphate isomerase  41.56 
 
 		 152 aa  116  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.672639  normal  0.270598 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00530  ribose 5-phosphate isomerase  45.83 
 
 		 156 aa  116  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03270  ribose-5-phosphate isomerase  44.22 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  47.69 
 
 		 322 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.26 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  44.52 
 
 		 149 aa  114  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4226  ribose 5-phosphate isomerase  45.45 
 
 		 167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.245693  normal  0.688481 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2561  ribose 5-phosphate isomerase  41.26 
 
 		 159 aa  112  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1918  ribose 5-phosphate isomerase  45.45 
 
 		 167 aa  112  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2606  ribose 5-phosphate isomerase  41.26 
 
 		 159 aa  112  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2600  ribose 5-phosphate isomerase  41.26 
 
 		 159 aa  112  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  43.84 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0185  ribose 5-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000979367 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28680  ribose 5-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.786447  normal  0.033398 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29800  ribose 5-phosphate isomerase  46.85 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4221  ribose 5-phosphate isomerase  43.36 
 
 		 158 aa  110  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  45.38 
 
 		 148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  45.38 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1505  ribose 5-phosphate isomerase  47.62 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.85 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0615  ribose-5-phosphate isomerase B  42.31 
 
 		 152 aa  107  5e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0881  ribose 5-phosphate isomerase  54.44 
 
 		 165 aa  105  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.729816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40.97 
 
 		 148 aa  105  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.48 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.78 
 
 		 149 aa  104  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3745  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.31 
 
 		 142 aa  104  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0446576  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  41.72 
 
 		 148 aa  104  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2515  ribose-5-phosphate isomerase B  36.3 
 
 		 148 aa  104  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499695  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  40.77 
 
 		 370 aa  104  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3131  ribose-5-phosphate isomerase B  34.01 
 
 		 148 aa  104  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00448812 
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  39.23 
 
 		 152 aa  103  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  39.23 
 
 		 152 aa  103  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1638  ribose-5-phosphate isomerase B  39.73 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_583  ribose-5-phosphate isomerase-like protein  38.93 
 
 		 154 aa  102  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.31 
 
 		 146 aa  102  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57049  Ribose-5-phosphate isomerase B (Phosphoriboisomerase B) (LACB) (RPIB)  38.67 
 
 		 156 aa  102  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.392593  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  40 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  40 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2385  ribose 5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000941182  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  40.31 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2648  ribose 5-phosphate isomerase  48.96 
 
 		 160 aa  102  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  40 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  40 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  40 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.19 
 
 		 149 aa  100  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3952  ribose-5-phosphate isomerase  51.65 
 
 		 163 aa  100  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1880  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.89 
 
 		 149 aa  100  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  38.73 
 
 		 151 aa  100  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0412  ribose 5-phosphate isomerase  37.25 
 
 		 163 aa  100  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2809  ribose-5-phosphate isomerase B  42.31 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3746  ribose-5-phosphate isomerase B  38.76 
 
 		 148 aa  99.8  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.307071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0488  ribose-5-phosphate isomerase B  36.3 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.136003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>