30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2089 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2089  hypothetical protein  100 
 
 
132 aa  257  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00742769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2601  hypothetical protein  62.71 
 
 
157 aa  141  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.415207  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2861  hypothetical protein  62.83 
 
 
166 aa  137  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.898114  normal  0.0144994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2898  hypothetical protein  48.2 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1438  hypothetical protein  44.03 
 
 
133 aa  102  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.371938  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1395  hypothetical protein  44.03 
 
 
133 aa  102  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.549071  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1737  hypothetical protein  41.79 
 
 
133 aa  97.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2014  hypothetical protein  45.88 
 
 
128 aa  85.9  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0954  hypothetical protein  33.03 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.353325  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2414  hypothetical protein  31.18 
 
 
123 aa  61.2  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5470  hypothetical protein  33.7 
 
 
153 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0809121  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4055  hypothetical protein  32.58 
 
 
127 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0047292  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3478  hypothetical protein  33.7 
 
 
126 aa  55.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0056  secreted (periplasmic) protein-like protein  32.89 
 
 
289 aa  55.1  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5103  hypothetical protein  33.7 
 
 
143 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4640  hypothetical protein  33.7 
 
 
143 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0336468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2364  hypothetical protein  32.61 
 
 
137 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85477  normal  0.0631893 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1987  hypothetical protein  33.7 
 
 
127 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646582  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0262  hypothetical protein  31.96 
 
 
164 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.042109  normal  0.0475233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5179  putative exported protein of unknown function  33.7 
 
 
143 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1272  hypothetical protein  29.77 
 
 
126 aa  50.8  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1044  hypothetical protein  29.01 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0957  secreted (periplasmic) protein-like  27.54 
 
 
156 aa  47.4  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3401  hypothetical protein  32.61 
 
 
127 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0669705  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0685  hypothetical protein  31.52 
 
 
130 aa  47  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6181  hypothetical protein  31.3 
 
 
130 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.356695 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1851  hypothetical protein  32.84 
 
 
203 aa  46.2  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2187  hypothetical protein  29.77 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0734029  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3177  putative inner-membrane translocator  25.93 
 
 
284 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.523516  normal  0.620402 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2768  hypothetical protein  26.09 
 
 
119 aa  41.6  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.36439  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>