174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2041 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2041  ABC transporter binding protein  100 
 
 
314 aa  633  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00512093  normal  0.331849 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3430  ABC transporter binding protein  42.12 
 
 
316 aa  240  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0397056  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.4 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1208  sugar binding protein of ABC transporter  36.29 
 
 
320 aa  70.9  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0308996  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4849  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999053  normal  0.0394517 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1721  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.53 
 
 
329 aa  67  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.525383  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 
338 aa  66.6  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0916  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  25.34 
 
 
331 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.7 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.7 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0354  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  25.77 
 
 
357 aa  57.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0988695 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1724  twin-arginine translocation pathway signal  37.11 
 
 
337 aa  57.4  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6155  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  24.92 
 
 
317 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0424251 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  28.96 
 
 
332 aa  55.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  26.48 
 
 
330 aa  55.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1691  sugar ABC transporter  31.19 
 
 
304 aa  54.3  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126828  normal  0.746229 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1373  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 
342 aa  53.9  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507324  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1831  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.05 
 
 
309 aa  53.9  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.48 
 
 
349 aa  52.8  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1342  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.88 
 
 
309 aa  52.4  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  38.46 
 
 
350 aa  52  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 
328 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.96 
 
 
347 aa  52  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  24.54 
 
 
370 aa  51.2  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  27.98 
 
 
367 aa  51.2  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.04 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  37.18 
 
 
344 aa  51.6  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  24.65 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1590  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.57 
 
 
319 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1425  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.46 
 
 
316 aa  50.4  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.00000000184688  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 
315 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 
315 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.57 
 
 
342 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.09 
 
 
315 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  34.38 
 
 
331 aa  50.4  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.57 
 
 
342 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  23.57 
 
 
365 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.28 
 
 
311 aa  50.4  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1806  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.21 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.599386 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 
329 aa  50.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.03 
 
 
328 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131793  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1711  sugar ABC transporter periplasmic component-like protein  25.9 
 
 
324 aa  50.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 
343 aa  50.4  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  22.18 
 
 
345 aa  50.1  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.36 
 
 
343 aa  50.1  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  24.88 
 
 
332 aa  49.7  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.57 
 
 
342 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0393  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  30.17 
 
 
321 aa  49.7  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.57 
 
 
342 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.15 
 
 
312 aa  49.3  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  30.58 
 
 
354 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  30.58 
 
 
354 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5835  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  22.37 
 
 
324 aa  49.3  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.55 
 
 
312 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1630  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.82 
 
 
329 aa  48.5  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.19 
 
 
309 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.37 
 
 
311 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1574  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.82 
 
 
329 aa  48.5  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.18 
 
 
351 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  24.88 
 
 
332 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.61 
 
 
317 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  22.81 
 
 
342 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.61 
 
 
316 aa  48.5  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  30.83 
 
 
341 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  26.61 
 
 
333 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  26.24 
 
 
326 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.7 
 
 
312 aa  47.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.02 
 
 
342 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2837  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
309 aa  48.1  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.165899  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  27.62 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  25.51 
 
 
318 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.65 
 
 
368 aa  47.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4035  sugar ABC transporter  32.73 
 
 
327 aa  47  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0387168  normal  0.03522 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  23.83 
 
 
333 aa  47  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.11 
 
 
311 aa  47  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.12 
 
 
358 aa  47  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  21.4 
 
 
355 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.14 
 
 
347 aa  47  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  24.77 
 
 
311 aa  46.6  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.48 
 
 
342 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  27.07 
 
 
330 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.41 
 
 
345 aa  47  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2701  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.45 
 
 
327 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  34.91 
 
 
342 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.55 
 
 
334 aa  46.6  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  31.07 
 
 
356 aa  46.2  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4067  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.61 
 
 
329 aa  46.2  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0151386  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  30.86 
 
 
340 aa  46.2  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.66 
 
 
347 aa  46.2  0.0008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  30.3 
 
 
313 aa  46.2  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.67 
 
 
319 aa  46.2  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
325 aa  45.8  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.78 
 
 
351 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2690  sugar ABC transporter  27.91 
 
 
341 aa  45.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>