More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1958 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1958  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  100 
 
 
229 aa  471  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160415  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4038  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  61.54 
 
 
206 aa  209  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.71131  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5811  hypothetical protein  58.28 
 
 
223 aa  207  9e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3032  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  57.58 
 
 
249 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0133  putative lipoprotein  57.32 
 
 
206 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00900677  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0139  putative lipoprotein  57.32 
 
 
206 aa  193  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0152  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  57.32 
 
 
206 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1682  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.96 
 
 
264 aa  192  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2001  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.96 
 
 
264 aa  191  6e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0500  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.25 
 
 
230 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4362  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  58.55 
 
 
217 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00426459  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4246  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  57.32 
 
 
224 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  57.76 
 
 
228 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0397  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  57.86 
 
 
228 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.66713  normal  0.167161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0302  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  56.69 
 
 
305 aa  189  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.833959  normal  0.0865771 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0346  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  56.69 
 
 
305 aa  189  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.590288  normal  0.965922 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4415  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  53.12 
 
 
199 aa  189  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1167  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.13 
 
 
224 aa  188  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.398405 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0453  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.01 
 
 
258 aa  188  7e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.114035 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3014  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.26 
 
 
255 aa  187  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1639  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  60 
 
 
210 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.420797  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0190  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  62 
 
 
263 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0593076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3650  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  62 
 
 
267 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.016263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1092  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.14 
 
 
204 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.193233 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1269  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  45.19 
 
 
224 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.090481  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0121  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.67 
 
 
282 aa  186  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0550797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0378  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  56.05 
 
 
307 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal  0.998145 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1273  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.1 
 
 
193 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3518  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.41 
 
 
195 aa  185  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.886237  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4122  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.95 
 
 
263 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3056  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  61.9 
 
 
240 aa  185  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6578  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.49 
 
 
274 aa  184  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0943  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.67 
 
 
204 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16324  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1965  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  58.97 
 
 
233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.575279  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0133  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.67 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80826  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4909  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.05 
 
 
226 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6213  hypothetical protein  59.62 
 
 
231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0055  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.85 
 
 
241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0398  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.42 
 
 
246 aa  182  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.177632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4084  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.33 
 
 
239 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239202  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6969  hypothetical protein  52.47 
 
 
219 aa  182  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.95 
 
 
265 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4932  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.85 
 
 
227 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6604  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.7 
 
 
271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.119045 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1841  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  55.63 
 
 
263 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00844535 
 
 
-
 
NC_004310  BR0050  putative lipoprotein  53.85 
 
 
241 aa  181  7e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0049  putative lipoprotein  53.85 
 
 
241 aa  181  7e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1585  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.64 
 
 
344 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.219191  normal  0.6493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0706  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG domain-containing protein  57.33 
 
 
197 aa  181  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1072  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58 
 
 
225 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5407  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  60 
 
 
269 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831337  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0902  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  55.92 
 
 
286 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3424  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  58.97 
 
 
232 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.636366  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4144  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  56 
 
 
282 aa  180  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.65 
 
 
231 aa  179  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4115  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  53.46 
 
 
184 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0859  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  54.66 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.585921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6995  hypothetical protein  47.85 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2570  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.95 
 
 
283 aa  179  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.162019  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2851  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.5 
 
 
214 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0243  putative lipoprotein  43.75 
 
 
342 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.955469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1886  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.75 
 
 
342 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4771  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.49 
 
 
267 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5810  hypothetical protein  56.33 
 
 
266 aa  178  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.93 
 
 
225 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.203712 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2893  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.93 
 
 
225 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.43196  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3192  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.29 
 
 
259 aa  178  7e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0619  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  45.05 
 
 
221 aa  177  9e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.677678  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0184  hypothetical protein  53.12 
 
 
244 aa  177  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2171  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.05 
 
 
236 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.436029  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0165  hypothetical protein  53.75 
 
 
313 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.526923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1675  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.63 
 
 
259 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1215  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.14 
 
 
223 aa  176  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398332  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1336  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.63 
 
 
262 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3879  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  60.54 
 
 
205 aa  176  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206472 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3870  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  62.5 
 
 
257 aa  176  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0939038 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4291  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  45.6 
 
 
225 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0168565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5282  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.55 
 
 
197 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.269288  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2891  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  47.21 
 
 
196 aa  174  8e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.740038  decreased coverage  0.00406868 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0473  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54 
 
 
264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0244617  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4701  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.15 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.493501  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4672  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  54.19 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.497967  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3680  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.13 
 
 
199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539399  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0501  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.03 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.134631 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4025  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  51.53 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.333261 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4381  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  53.55 
 
 
197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3017  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  55.41 
 
 
187 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1783  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  56.76 
 
 
199 aa  171  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2711  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  51.57 
 
 
219 aa  171  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2752  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.35 
 
 
192 aa  171  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.304244  normal  0.152699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2829  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  56.77 
 
 
419 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  0.0616505 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4192  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.5 
 
 
220 aa  170  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.631941 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  47.87 
 
 
187 aa  170  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0540206  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.89 
 
 
316 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269032  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3406  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.93 
 
 
182 aa  169  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.326874  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1371  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  53.16 
 
 
250 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0360  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  53.8 
 
 
266 aa  169  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5015  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.25 
 
 
226 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.699836  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2647  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.16 
 
 
248 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.659126  normal  0.288591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3409  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  51.3 
 
 
236 aa  168  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>